Este es el comando gt-matchtool que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-matchtool: analiza los formatos de coincidencia y / o invoca herramientas de coincidencia.
SINOPSIS
gt herramienta de fósforo [opción ...]
DESCRIPCIÓN
Tipo [...]
elija el formato de archivo de coincidencia: OPENMATCH: habiertos partido formato, por ejemplo, vmatch BLASTOUT: tabular
Salida BLAST (-m 8) BLASTALLP: invocar BLASTALL con blastp BLASTALLN: invocar BLASTALL
con blastn BLASTP: invocar blastp BLASTN: invocar blastn LAST: invocar LAST SW: usar
Smith-Waterman (predeterminado: OPENMATCH)
-archivo de coincidencia [nombre de archivo]
establecer el nombre del archivo de entrada (predeterminado: indefinido)
-Db [nombre de archivo]
establecer el nombre del archivo de la base de datos (predeterminado: indefinido)
-swminlen [propuesta de]
establecer la longitud de alineación mínima requerida (para la alineación Smith-Waterman) (predeterminado: 10)
-swmaxedista [propuesta de]
establecer la distancia de edición máxima permitida (para la alineación Smith-Waterman) (predeterminado: 0)
-consulta [nombre de archivo]
establecer el nombre del archivo de consulta (predeterminado: indefinido)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores agt-users@genometools.org>.
Use gt-matchtool en línea usando los servicios de onworks.net