Este es el comando mirabait que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mirabait: seleccione lecturas de una colección de lecturas
SINOPSIS
miraba [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] archivo de cebo
DESCRIPCIÓN
miraba selecciona lecturas de una colección de lecturas que son parcialmente similares o iguales a
secuencias definidas como cebos objetivo. La similitud se define al encontrar un usuario ajustable
número de k-mers comunes (secuencias de k bases consecutivas) que son iguales en el cebo
secuencias y las secuencias cribadas que se seleccionarán, ya sea en avance o en retroceso
dirección del complemento.
CAMPUS
-f
cargue este tipo de archivos de proyecto, donde fromtype es:
secuencias caf de CAF
secuencias maf de MAF
Secuencias de doctorado de un doctorado
secuencias gbf de un GBF
secuencias fasta de un FASTA
secuencias fastq de un FASTQ
-t
escribir las secuencias de este tipo (múltiples menciones de -t están permitidos):
secuencias fasta a FASTA
secuencias fastq a FASTQ
secuencias caf a CAF
secuencias maf a MAF
txt nombres de secuencia a archivo de texto
-k k-mer, longitud del cebo en bases (<32, predeterminado = 31)
-n Min. número de cebos k-mer necesarios (predeterminado = 1)
-i Golpe inverso: escribe solo secuencias que no golpean el cebo
-r Sin verificación de la dirección del complemento inverso
-o Desplazamiento de calidad fastq (solo para -f = 'fastq') Compensación de valores de calidad en FASTQ
expediente. Predeterminado: 33 Un valor de 0 intenta reconocer automáticamente.
-f
cargue este tipo de archivos de proyecto, donde fromtype es:
secuencias caf de CAF
secuencias maf de MAF
Secuencias de doctorado de un doctorado
secuencias gbf de un GBF
secuencias fasta de un FASTA
secuencias fastq de un FASTQ
-t
escribir las secuencias de este tipo (múltiples menciones de -t están permitidos):
secuencias fasta a FASTA
secuencias fastq a FASTQ
secuencias caf a CAF
secuencias maf a MAF
txt nombres de secuencia a archivo de texto
-k k-mer, longitud del cebo en bases (<32, predeterminado = 31)
-n Min. número de cebos k-mer necesarios (predeterminado = 1)
-i Golpe inverso: escribe solo secuencias que no golpean el cebo
-r Sin verificación de la dirección del complemento inverso
-o Desplazamiento de calidad fastq (solo para -f = 'fastq') Compensación de valores de calidad en FASTQ
expediente. Predeterminado: 33 Un valor de 0 intenta reconocer automáticamente.
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