Esta es la aplicación de Linux llamada NGSEP para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como NGSEPcore_4.0.1.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada NGSEP para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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NGSEP para ejecutarse en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
NGSEP es un marco integrado para el análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento de ADN. El uso principal de NGSEP es la construcción y análisis posterior de grandes conjuntos de datos de variación genómica. NGSEP realiza una detección y un genotipado precisos de variantes de un solo nucleótido (SNV), indeles pequeños y grandes, repeticiones cortas en tándem (STR), inversiones y variantes de número de copias (CNV). NGSEP también proporciona módulos para anotación funcional, filtrado, conversión de formato, comparación, agrupamiento, imputación, análisis de introgresión y diferentes tipos de estadísticas. Una lista completa de funcionalidades está disponible en nuestra wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NOTICIAS: Acabamos de poner a disposición la primera versión de línea de comandos de la versión 4, incluida nuestra propia implementación de un alineador de lecturas basado en índices FM. El uso de la línea de comandos se estandarizó en toda la aplicación. Tómese un tiempo para actualizar los scripts para actualizar a esta nueva versión. Más detalles están disponibles en la wiki.
Caracteristicas
- Detección de SNP, CNV y variantes estructurales
- Alineación de lecturas sin procesar con un genoma de referencia
- Manipulación de VCF: anotación funcional, fusionar, filtrar, comparar, conversión de formato, imputación
- Cálculo y trazado de estadísticas SAM / BAM y VCF
- Lee demultiplexado
- Alineación de conjuntos genómicos anotados
- Estadísticas y filtrado de las anotaciones del transcriptoma en formato GFF3
Audiencia
Industria de la salud, Ciencia / Investigación, Otro público, Agricultura
Interfaz de usuario
Java SWT, consola / terminal, Eclipse
Lenguaje de programación
Java
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
