bowtie2 - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

پاپیون2 - لفاف برای پاپیون2-align-*

شرح

Bowtie 2 نسخه 2.2.6 توسط Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu، www.cs.jhu.edu/~langmea)

طریقه استفاده

پاپیون2 [گزینه ها]* -x {-2 -2 | -U } [-S ]


پیشوند نام فایل فهرست (منهای انتهایی .X.bt2). توجه: شاخص های پاپیون 1 و پاپیون 2
سازگار نیستند.

فایل‌های دارای جفت شماره ۱، جفت شده با فایل‌های داخل . ممکن است gzip'ed شود (پسوند: .gz)
یا bzip2'ed (پسوند: .bz2).

فایل‌های دارای جفت شماره ۱، جفت شده با فایل‌های داخل . ممکن است gzip'ed شود (پسوند: .gz)
یا bzip2'ed (پسوند: .bz2).

فایل هایی با خواندن های جفت نشده. ممکن است gzip'ed (پسوند: .gz) یا bzip2'ed باشد
(پسوند: .bz2).

فایل برای خروجی SAM (پیش‌فرض: stdout)

، ، می توان لیست هایی را با کاما از هم جدا کرد (بدون فضای خالی) و می تواند مشخص شود
چندین بار. به عنوان مثال '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

OPTIONS (پیش فرض in پرانتز)

ورودی:
-q فایل های ورودی پرس و جو FASTQ .fq/.fastq هستند (پیش فرض)

--qseq فایل های ورودی query در قالب qseq Illumina هستند

-f فایل های ورودی پرس و جو (چند) FASTA .fa/.mfa هستند

-r فایل های ورودی پرس و جو خام یک دنباله در هر خط هستند

-c ، ، خود توالی هستند نه فایل

-s/--پرش
اولی را رد کنید خواندن/جفت شدن در ورودی (هیچ کدام)

-u/--تا
توقف بعد از اول خواندن/جفت (بدون محدودیت)

-5/--trim5
کوتاه کردن پایه‌ها از 5'/ انتهای چپ خوانده‌ها (0)

-3/--trim3
کوتاه کردن پایه ها از 3' / انتهای سمت راست قرائت ها (0)

--phred33
کیفیت ها Phred+33 (پیش فرض) هستند

--phred64
کیفیت ها Phred+64 هستند

--int-quals
کیفیت هایی که به صورت اعداد صحیح محدود شده با فضا کدگذاری می شوند

ایستگاه از پیش تنظیم شده:
مثل:

برای -- انتها به انتها:

--خیلی سریع -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--سریع -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50

--حساس -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (پیش‌فرض)

--بسیار حساس -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

برای -- محلی:

-- بسیار سریع محلی -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00

-- سریع-محلی -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75

--حساس-محلی -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (پیش‌فرض)

--بسیار حساس-محلی -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50

هم ترازی:
-N
حداکثر # عدم تطابق در تراز بذر. می تواند 0 یا 1 (0) باشد

-L
طول زیر رشته های بذر؛ باید >3، <32 (22) باشد

-i
فاصله بین زیر رشته های بذر w/r/t len ​​read (S,1,1.15)

--n-سقف
تابع برای حداکثر # غیرA/C/G/Ts مجاز در aln (L,0,0.15)

--dpad
عبارتند از کاراکترهای ref اضافی در طرفین جدول DP (15)

--gbar
شکاف های درون را مجاز نکنید اصول خواندن افراطی (4)

- نادیده گرفته می شود
تمام مقادیر کیفیت را 30 در مقیاس Phred در نظر بگیرید (خاموش)

--nofw نسخه رو به جلو (اصلی) خواندن (خاموش) را تراز نکنید

-- نورک نسخه متمم معکوس خواندن (خاموش) را تراز نکنید

-- بدون - 1 میلی متر - از جلو
قبل از اینکه بخواهید بذر بهینه را اسکن کنید، اجازه 1 تراز عدم تطابق را ندهید
ترازها

-- انتها به انتها
کل خوانده شده باید تراز شود. بدون برش (روشن)

OR

-- محلی
هم ترازی محلی؛ انتهای آن ممکن است نرم بریده شود (خاموش)

امتیاز دهی:
-- مامان
پاداش مسابقه (0 برای -- انتها به انتها، 2 برای -- محلی)

--mp
حداکثر مجازات برای عدم تطابق؛ کیفیت کمتر = جریمه کمتر (6)

--np
جریمه برای غیرA/C/G/Ts در خواندن/ref (1)

--rdg ،
باز کردن فاصله خواندن، افزایش جریمه ها (5,3،XNUMX)

--rfg ،
شکاف مرجع باز، تمدید مجازات ها (5,3،XNUMX)

--امتیاز-دقیقه حداقل نمره تراز قابل قبول با طول خواندن
(G,20,8 برای محلی, L,-0.6,-0.6 برای انتها به انتها)

گزارش نویسی:
(به طور پیش فرض)
به دنبال ترازهای چندگانه باشید، بهترین گزارش را با MAPQ ارائه دهید

OR

-k
گزارش تا alns در هر خواندن; MAPQ معنی ندارد

OR

-a/--همه
گزارش همه ترازها؛ بسیار کند، MAPQ معنی ندارد

تلاش:
-D
پس از تمدید منصرف شوید ناموفق تمدید در یک ردیف (15)

-R
برای خواندن با دانه های تکراری، سعی کنید مجموعه دانه ها (2)

پایان زوج:

-I/--مینین
حداقل طول قطعه (0)

-X/--حداکثر
حداکثر طول قطعه (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 جفت‌ها fw/rev، rev/fw، fw/fw (--fr)

-- غیر مخلوط
ترازهای جفت نشده را برای خواندن های جفتی سرکوب کنید

-- بدون ناسازگاری
ترازهای ناهماهنگ را برای خواندن های زوجی سرکوب کنید

-- بدون دم کبوتر
زمانی که جفت از کنار هم می گذرد، هماهنگ نیست

-- بدون حاوی
زمانی که یک همترازی جفتی حاوی دیگری باشد، هماهنگ نیست

-- بدون همپوشانی
زمانی که زوجین اصلاً با هم همپوشانی دارند هماهنگ نیست

خروجی:
-t/--زمان
چاپ زمان ساعت دیواری توسط مراحل جستجو

-- un
خواندن های جفت نشده ای بنویسید که با آنها مطابقت نداشته باشد

--ال
خواندن های جفت نشده ای بنویسید که حداقل یک بار به آن تراز شوند

-- un-conc
جفت هایی را بنویسید که مطابق با آنها نیستند

--ال-conc
جفت هایی را بنویسید که حداقل یک بار با هم تراز شده باشند

(توجه: برای -- un, --ال, -- un-conc، یا --ال-conc، "-gz" را به نام گزینه اضافه کنید، به عنوان مثال
--un-gz ، به خروجی فشرده سازی gzip یا افزودن '-bz2' به خروجی فشرده سازی bzip2.)
--ساکت چیزی به جز خطاهای جدی در stderr چاپ نکنید
--met-فایل سنجه ها را به فایل ارسال کنید (خاموش)
--met-stderr ارسال معیارها به stderr (خاموش)
--ملاقات کرد شمارنده‌ها و معیارهای داخلی را هر کدام گزارش کنید ثانیه (1)
--نه-اونال سرکوب رکوردهای SAM برای خواندن های بدون تراز
-- بدون سر سرکوب خطوط سرصفحه، یعنی خطوطی که با @ شروع می شوند
--بدون مربع خطوط سرصفحه @SQ را سرکوب کنید
--rg-id شناسه گروه خواندن را تنظیم کنید، که در خط @RG و فیلد انتخاب RG:Z: منعکس شده است
--rg اضافه کردن ("lab:value") به خط @RG سرصفحه SAM.

توجه: خط @RG فقط زمانی چاپ می شود --rg-id تنظیم شده است

-------sec-seq
برای ترازهای ثانویه، "*" را در فیلدهای SEQ و QUAL قرار دهید.

عملکرد:
-p/--موضوعات تعداد رشته های هم ترازی برای راه اندازی (1)

-- سفارش مجدد
مجبور کردن ترتیب خروجی SAM برای مطابقت با ترتیب خواندن ورودی

- میلی متر از ورودی/خروجی نگاشت حافظه برای ایندکس استفاده کنید. بسیاری از پاپیون ها می توانند به اشتراک بگذارند

دیگر:
--qc-فیلتر
طبق فیلتر QSEQ، خواندن هایی که بد هستند را فیلتر کنید

-- دانه
دانه برای مولد اعداد تصادفی (0)

--غیرقطعی دانه رند ژنرال خودسرانه به جای استفاده از ویژگی های خواندن

- نسخه
اطلاعات نسخه را چاپ کنید و از آن خارج شوید

-h/--کمک
این پیام استفاده را چاپ کنید

با استفاده از خدمات onworks.net از bowtie2 به صورت آنلاین استفاده کنید