gmx-trjorder - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-trjorder - مولکول ها را بر اساس فاصله آنها تا یک گروه مرتب کنید

خلاصه

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [ساخته ]
[-in ] [-[no]com] [-r ] [- [نه] z]

شرح

gmx trjorder مولکول ها را بر اساس کوچکترین فاصله از اتم ها در یک مرجع مرتب می کند
گروه یا روی مختصات z (با گزینه -z). با سفارش از راه دور، یک درخواست می کند
گروهی از اتم های مرجع و گروهی از مولکول ها. برای هر فریم از مسیر
مولکول های انتخاب شده با توجه به کوتاه ترین فاصله بین اتم دوباره مرتب می شوند
عدد -in در مولکول و تمام اتم های گروه مرجع. مرکز جرم از
با تنظیم می توان از مولکول ها به جای اتم مرجع استفاده کرد -in به 0. همه اتم ها در
مسیر به مسیر خروجی نوشته می شود.

gmx trjorder می تواند به عنوان مثال برای تجزیه و تحلیل n آب نزدیک به پروتئین مفید باشد. در آن
در صورتي كه گروه مرجع پروتئين و گروه مولكولها از آن تشكيل مي شود
تمام اتم های آب هنگامی که یک گروه شاخص از n آب اول ساخته می شود، مرتب شده است
مسیر را می توان با هر برنامه GROMACS برای تجزیه و تحلیل n نزدیکترین آب استفاده کرد.

اگر فایل خروجی a pdf فایل، فاصله تا هدف مرجع در آن ذخیره می شود
فیلد B-factor به منظور رنگ آمیزی با رسمول.

با گزینه -nshell تعداد مولکول ها در یک پوسته به شعاع -r در اطراف
گروه مرجع چاپ می شوند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ordered.xtc) (اختیاری)
مسیر حرکت: xtc TRR غروب g96 پی دی بی tng

-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

ساخته (3)
تعداد اتم های یک مولکول

-in (1)
اتم مورد استفاده برای محاسبه فاصله، 0 COM است

-[no]com (نه)
از فاصله تا مرکز جرم گروه مرجع استفاده کنید

-r (0)
برش مورد استفاده برای محاسبه فاصله هنگام محاسبه تعداد مولکول ها در
یک پوسته در اطراف به عنوان مثال یک پروتئین

- [نه] z (نه)
ترتیب مولکول ها بر روی مختصات z

از gmx-trjorder به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید