Il s'agit de la commande ClonalFrame qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ClonalFrame - inférence de la microévolution bactérienne à l'aide de données de séquence multilocus
SYNOPSIS
ClonalFrame [OPTIONS] fichier d'entrée fichier de sortie
DESCRIPTION
ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un échantillon, tandis que
estimer également la position chromosomique des événements de recombinaison homologue qui ont
perturbé l'héritage clonal.
Options:
-x NUM Définit le nombre d'itérations après le burn-in (la valeur par défaut est 50000)
-y NUM Définit le nombre d'itérations de rodage (la valeur par défaut est 50000)
-z NUM Définit le nombre d'itérations entre les échantillons (la valeur par défaut est 100)
-e NUM Définit le nombre de mouvements d'échange de branches par itérations (par défaut, la moitié de
le temps est passé à changer de branche)
-m NUM Définit la valeur initiale de thêta sur NUM (la valeur par défaut est l'estimation de Watterson)
-d NUM Définit la valeur initiale de delta sur NUM (la valeur par défaut est 0.001)
-n NUM Définit la valeur initiale de nu sur NUM (la valeur par défaut est 0.01)
-r NUM Définit la valeur initiale de R sur NUM (la valeur par défaut est le thêta/10 initial)
-M Mettez à jour la valeur de thêta
-D Ne pas mettre à jour la valeur de delta
-N Ne pas mettre à jour la valeur de nu
-R Ne pas mettre à jour la valeur de R
-T Ne pas mettre à jour la topologie
-A Ne pas mettre à jour les âges des nœuds
-G Supprimer toutes les lacunes
-H Supprimer tous les espaces aux positions non polymorphes
-t NUM Indiquer quel arbre initial utiliser : 0 pour un arbre nul, 1 pour un
arbre coalescent et 2 pour l'arbre UPGMA (par défaut)
-w DOSSIER
Utiliser le fichier Newick pour l'arborescence initiale
-a NUM Définit le premier paramètre de la distribution a priori bêta de nu
-b NUM Définit le deuxième paramètre de la distribution a priori bêta de nu
-U Utiliser des priors uniformes pour rho, thêta et delta
-B Exécuter en mode BURST
-C Exécuter en mode UPGMA avec une procédure d'amorçage site par site
-c Exécuter en mode UPGMA avec une procédure d'amorçage fragment par fragment
-S NUM Définit la valeur de départ du générateur de nombres aléatoires sur NUM
-E NUM Définit le taux de croissance exponentielle (la valeur par défaut est 0)
-I Ignore le premier bloc de l'alignement
-L Nettoyer l'alignement avant d'exécuter ClonalFrame
-l Distance minimale entre deux sites de référence (la valeur par défaut est 50)
-v Mode verbeux
Utilisez ClonalFrame en ligne en utilisant les services onworks.net
