Il s'agit de la commande DBshow qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
DBshow - affiche les lectures stockées dans une base de données Dazzler
SYNOPSIS
DBshow [-unqUQ] [-wint(80)] [-msuivre]+ chemin:db|dam [ lit : FICHIER | lectures:plage ...]
DESCRIPTION
Affiche les lectures demandées dans la base de données chemin.db ou chemin.endiguer. Par défaut la commande
s'applique à la base de données découpée, mais si -u est défini, la totalité de la base de données est utilisée. Si non lu
les arguments sont donnés, puis chaque lecture dans la base de données ou le bloc de base de données est affichée.
Sinon le fichier d'entrée ou la liste des plages d'entiers fournis donnent les positions ordinales
dans la partie activement chargée de la base de données. Dans le cas d'un dossier, il doit simplement contenir
un index de lecture, un par ligne. Dans l'autre cas, une plage de lecture est soit un entier isolé, soit
le symbole $, auquel cas la plage de lecture se compose uniquement de cette lecture (la dernière lecture dans
la base de données si $). On peut aussi donner deux entiers positifs séparés par un tiret à
indiquer une plage d'entiers, où encore un $ représente l'index de la dernière lecture dans le
db activement chargé. Par exemple, 1 3-5 $ affiche les lectures 1, 3, 4, 5 et la dernière lecture
la base de données active. Comme autre exemple, 1-$ affiche chaque lecture dans la base de données active (le
défaut).
Par défaut, un fichier .fasta des séquences de lecture est affiché. Si la -q l'option est définie,
puis les flux QV sont également affichés dans une modification non standard du format fasta.
Si la -n l'option est définie, la séquence d'ADN est pas affiché. Si la -Q l'option est définie
alors un fichier .quiva s'affiche et dans ce cas le -n et -m les options peuvent ne pas être définies (et
le -q et -w les options n'ont aucun effet).
Si un ou plusieurs masques sont définis avec le -m option, les intervalles de piste sont également
affiché dans une ligne d'en-tête supplémentaire et les bases dans un intervalle sont affichées dans
le cas ci-contre celui utilisé pour toutes les autres bases. Par défaut, les séquences de sortie sont
en minuscules et 80 caractères par ligne. Les -U l'option spécifie que les majuscules doivent être utilisées,
et les caractères par ligne, ou largeur de ligne, peuvent être définis sur n'importe quelle valeur positive avec le -w
option.
Les fichiers .fasta ou .quiva qui sont sortis peuvent être convertis en une base de données en fasta2DBde Géographie (1) et avec la
quiva2DB(1) (si le -q et -n les options ne sont pas définies et non -m les options sont définies), ce qui donne à un
moyen simple de créer une base de données d'un sous-ensemble des lectures à des fins de test.
Utilisez DBshow en ligne en utilisant les services onworks.net
