Il s'agit de la commande formatrpsdb qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
formatrpsdb - Construire des bases de données pour RPS Blast
SYNOPSIS
formatrpsdb [-] [-E N] [-G N] [-S X] [-U str] [-b] [-f X] -i nom de fichier [-l nom de fichier]
[-n str] [-o] [-t str] [-v N]
DESCRIPTION
Formateurpsdb est un utilitaire qui convertit une collection de séquences d'entrée en une base de données
convient pour une utilisation avec le dynamitage spécifique à la position inversée (RPS). Chaque séquence d'entrée,
avec sa matrice de notation spécifique à la position (PSSM), est codé en ASN.1 dans un
PssmWithParameters (ou `scoremat') et réside dans un fichier séparé. Tapis de score
les objets peuvent être créés en utilisant blastpgp. Formateurpsdb reçoit une liste de ces fichiers et
produit la base de données correspondante.
Formateurpsdb est conçu pour effectuer le travail de formatdb, faire un tapis et tapis de copie
simultanément, sans générer le grand nombre de fichiers intermédiaires que ces utilitaires
aurait besoin de créer une base de données RPS Blast. De plus, les objets scoremat sont en général
utilisation que le format binaire makemat nécessite. On espère que la manipulation directe de
les objets scoremat encourageront la conversion de collections de séquences plus diverses en RPS
Blast bases de données.
Les bases de données générées par formatrpsdb sont binairement compatibles avec les bases de données générées par
formatdb/faire un tapis/tapis de copie, bien que les fichiers de base de données ne soient généralement pas octets pour-
octet identique.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-E N La pénalité d'extension d'écart (si elle n'est pas spécifiée dans le scoremat ; par défaut = 1)
-G N La pénalité d'ouverture de l'écart (si non spécifié dans le scoremat; par défaut = 11)
-S X Pour les scoremats qui ne contiennent que des fréquences de résidus, le facteur d'échelle à appliquer
lors de la création de PSSM (par défaut = 100)
-U str Matrice de score sous-jacente (si non spécifié dans le scoremat ; par défaut = BLOSUM62)
-b Les fichiers Scoremat sont binaires (vs. texte) ASN1.
-f X Seuil d'extension des hits pour la base de données RPS (par défaut = 11)
-i nom de fichier
Fichier d'entrée contenant la liste des noms de fichiers ASN.1 Scoremat
-l nom de fichier
Nom du fichier journal (par défaut = formatrpsdb.log)
-n str Nom de base de la base de données de sortie (identique au fichier d'entrée si non spécifié)
-o Créer des fichiers d'index pour la base de données
-t str Titre du fichier de base de données
-v N Taille du volume de la base de données en millions de lettres (par défaut = 0, ce qui signifie vraiment non
limite)
Utilisez formatrpsdb en ligne à l'aide des services onworks.net
