hhsearch - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

hhsearch - rechercher une base de données de HMM avec un alignement de requête ou une requête HMM

SYNOPSIS

hhrecherche -i question -d base de données [Options]

DESCRIPTION

HHsearch version 2.0.16 (janvier 2013) Rechercher une base de données de HMM avec un alignement de requête ou
requête HMM (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser Soding,
J. Détection d'homologie de protéines par comparaison HMM-HMM. Bioinformatique 21:951-960 (2005).

-i
alignement de séquences multiples d'entrée/requête (a2m, a3m, FASTA) ou HMM

-d
Base de données HMM des HMM concaténés au format hhm, HMMER ou a3m, OU, si le fichier a
pal d'extension, liste des noms de fichiers HMM, un par ligne. Plusieurs dbs, HMM ou pal
fichiers avec -d ' ...'

peut être 'stdin' ou 'stdout' partout.

Sortie options:
-o
écrire les résultats au format standard dans un fichier (par défaut = )

-Ofas
écrire des alignements par paires de correspondances significatives au format FASTA Analogue pour
sortie au format a3m, a2m et psi (par exemple -Oa3m)

-oa3m
écrire MSA des correspondances significatives au format a3m Analogue pour la sortie en a2m, psi,
et le format hhm (par exemple -ohhh)

-e [0,1]
Seuil de valeur E pour l'inclusion dans l'alignement multiple (def = 0.001)

-séq
max. nombre de séquences requêtes/modèles affichées (def=1) Attention aux débordements ! Tous
ces séquences sont stockées en mémoire.

-les inconvénients afficher la séquence consensus en tant que séquence maîtresse de la requête MSA

-nocons
ne pas afficher la séquence de consensus dans les alignements (par défaut = afficher)

-nopré
ne pas afficher la structure secondaire prédite dans les alignements (par défaut = afficher)

-nodssp
ne pas afficher la structure DSSP 2ndary dans les alignements (par défaut = afficher)

-ssconf
montrer les confiances pour la structure 2ndaire prédite dans les alignements

-p
probabilité minimale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=20)

-E
valeur E maximale dans la liste récapitulative et d'alignement (def=1E+06)

-Z
nombre maximum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=500)

-z
nombre minimum de lignes dans la liste des résultats récapitulatifs (def=10)

-B
nombre maximum d'alignements dans la liste d'alignements (def=500)

-b
nombre minimum d'alignements dans la liste d'alignements (def=10)

-aliw [40,..[
nombre de colonnes par ligne dans la liste d'alignement (def=80)

-dbstrlen
longueur maximale de la chaîne de base de données à imprimer dans le fichier hhr

Requête de filtre alignement de séquences multiples

-identifiant [0,100] identité de séquence par paire maximale (%) (def=90)

-diff [0,inf[
filtrer MSA en sélectionnant l'ensemble de séquences le plus diversifié, en gardant au moins ce nombre
seqs dans chaque bloc MSA de longueur 50 (def=100)

-cov [0,100] couverture minimale avec requête (%) (def=0)

-qid [0,100] identité de séquence minimale avec requête (%) (def=0)

-qsc [0,100] score minimum par colonne avec requête (def=-20.0)

-neff [1,inf]
cible diversité d'alignement (par défaut=off)

Entrée alignement Format:
-M a2m utilise A2M/A3M (par défaut) : majuscule = Correspondance ; minuscule = Insérer ; '-' = Supprimer ; '.' =
espaces alignés sur les inserts (peut être omis)

-M premier
utiliser FASTA : les colonnes avec des résidus dans la 1ère séquence sont des états de correspondance

-M [0,100]
utiliser FASTA : les colonnes avec moins de X % d'écarts sont des états de correspondance

-Mots clés NE PAS neutraliser les séquences de reconnaissance His-, C-myc-, FLAG-tags et trypsine pour
répartition en arrière-plan

HMM-HMM alignement options:
-noréaligner
NE PAS réaligner les hits affichés avec l'algorithme MAC (def=realign)

-mact [0,1[
seuil de probabilité a posteriori pour le réalignement MAC (def=0.350) Contrôles des paramètres
gourmandise d'alignement : 0:global >0.1:local

-glob/-loc
utiliser le mode d'alignement global/local pour la recherche/le classement (def=local)

-alt
afficher ces nombreux alignements alternatifs significatifs (def=2)

-vit utiliser l'algorithme de Viterbi pour la recherche/le classement (par défaut)

-Mac utiliser l'algorithme de précision maximale (MAC) pour la recherche/le classement

-effronté
utiliser la probabilité directe pour la recherche

-hors
exclure les positions de requête de l'alignement, par exemple '1-33,97-168'

-décalage [-1,1 XNUMX]
décalage de score (def=-0.03)

-corr [0,1]
poids du terme pour les corrélations de paires (def=0.10)

-sc score d'acides aminés (tja : modèle HMM à la colonne j) (def=1)

0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa : fréquences de fond aa)

1 = log2 Somme(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )

2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta : moy. aa freqs in template)

3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa : moy. aa freqs in query)

5 correction de composition d'acides aminés locaux

-ssm {0,..,4}
0 : pas de score ss 1,2 : score ss après ou pendant l'alignement [par défaut=2] 3,4 : ss
score après ou pendant l'alignement, prédit vs prédit

-ssw [0,1] poids du score ss par rapport au score de la colonne (def=0.11)

-ssa [0,1] matrice de substitution SS = (1-ssa)*I + ssa*full-SS-substition-matrix
[déf=1.00)

Gap sables moins coûteux options:
-écart [0,inf[
Mélange de pseudo-compte de transition (def=1.00)

-gapd [0,inf[
Mélange de pseudo-compte de transition pour l'espace ouvert (par défaut = 0.15)

-bâiller [0,1.5]
Mélange de pseudo-compte de transition pour étendre l'écart (def = 1.00)

-écart ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire la pénalité d'ouverture d'écart pour les suppressions (def=0.60)

-gapg ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire la pénalité d'ouverture d'écart pour les inserts (def=0.60)

-gaph ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire l'écart étendre la pénalité pour les suppressions (def=0.60)

-gapi ]0,inf]
facteur pour augmenter/réduire l'écart étendre la pénalité pour les inserts (def=0.60)

-egq [0,inf[ pénalité (bits) pour les écarts de fin alignés sur les résidus de requête (def=0.00)

-egt [0,inf[ pénalité (bits) pour les espaces de fin alignés sur les résidus de modèle (def=0.00)

Pseudocompte (ordinateur) options:
-pcm {0,..,3}
dépendance de la position du mélange pc 'tau' (mode pc, par défaut=2) 0 : pas de pseudo-comptes :
tau = 0 1 : tau constant = a 2 : dépendant de la diversité : tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i] : nombre de séquences effectives dans le MSA local autour de la colonne i)
3: pseudocomptes à diversité constante

-pca [0,1] mélange de pseudo-compte global (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Valeur seuil Neff pour -pcm 2 (déf=1.5)

-pcc [0,3] exposant d'extinction c pour -pcm 2 (déf=1.0)

Spécifique au contexte pseudo-comptes :
-nocontxt
utiliser la matrice de substitution au lieu de pseudocomptes spécifiques au contexte

-contexte fichier de contexte pour le calcul de pseudocomptes spécifiques au contexte
(par défaut=./data/context_data.lib)

-cslib
fichier d'état de colonne pour un préfiltrage rapide de la base de données (default=./data/cs219.lib)

-csw [0,inf] poids de la position centrale en mode pseudocount cs (def=1.6)

-csb [0,1] paramètre de décroissance du poids pour les positions en mode cs pc (def=0.9)

Autres options:
-CPU
nombre de CPU à utiliser (pour les SMP de mémoire partagée) (par défaut=1)

-v
mode verbeux : 0 : pas de sortie d'écran 1 : uniquement les avertissements 2 : verbeux

-maxres
nombre maximum de colonnes HMM (def=15002)

-maxmem [1,inf[ mémoire disponible max en Go (def=3.0)

-scores écrire les scores pour toutes les comparaisons par paires dans un fichier

-calmer {0,..,3} étalonnage empirique du score de 0 : requête 1 : modèle 2 : les deux

par défaut 3 : estimation basée sur le réseau de neurones des paramètres EVD

Exemple : hhrecherche -i a1.1.1.a3m -d scop70_1.71.hhm

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