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PROGRAMME:

Nom

prof - structure secondaire et prédicteur d'accessibilité au solvant

SYNOPSIS

prof [FICHIER D'ENTRÉE+] [OPTIONS]

DESCRIPTION

La structure secondaire est prédite par un système de réseaux de neurones évalué à une valeur attendue
précision moyenne > 72 % pour les trois états hélice, brin et boucle (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599 ; et Rost & Sander,
Protéines, 1994, 19, 55-72; évaluation de la précision). Évalué sur le même ensemble de données,
PROFsec est évalué à dix points de pourcentage de plus de précision à trois états que les méthodes utilisant
uniquement des informations sur une seule séquence, et à plus de six points de pourcentage de plus que,
par exemple, une méthode utilisant des informations d'alignement basées sur des statistiques (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). Les prédictions PHDsec ont trois caractéristiques principales :

1. précision améliorée grâce aux informations évolutives provenant de plusieurs alignements de séquences
2. amélioration de la prédiction du brin bêta grâce à une procédure d'entraînement équilibrée
3. prédiction plus précise des segments de structure secondaire en utilisant un système à plusieurs niveaux

L'accessibilité des solvants est prédite par une évaluation de la méthode du réseau neuronal à une corrélation
coefficient (corrélation entre le solvant relatif observé expérimentalement et le solvant relatif prédit
accessibilité) de 0.54 croisées validées sur un ensemble de 238 protéines globulaires (Rost & Sander,
Protéines, 1994, 20, 216-226; évaluation de la précision). La sortie du réseau de neurones
codes pour 10 états d'accessibilité relative. Exprimé en unités de la différence
entre prédiction par modélisation par homologie (meilleure méthode) et prédiction aléatoire (pire
méthode), PROFacc est supérieur d'environ 26 points de pourcentage à un réseau de neurones comparable
utilisant trois états de sortie (enterré, intermédiaire, exposé) et n'utilisant aucune information de
plusieurs alignements.

Les hélices transmembranaires dans les protéines membranaires intégrales sont prédites par un système de neurones
réseaux. L'inconvénient du système de réseau est que souvent des hélices trop longues sont
prédit. Ceux-ci sont coupés par un filtre empirique. La prédiction finale (Rost et al.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; évaluation de l'exactitude) a une valeur attendue par résidu
précision d'environ 95%. Le nombre de faux positifs, c'est-à-dire d'hélices transmembranaires
prédit dans les protéines globulaires, est d'environ 2%. La prédiction du réseau de neurones de
Les hélices transmembranaires (PHDhtm) sont affinées par un algorithme de type programmation dynamique. Cette
La méthode a donné des prédictions correctes de toutes les hélices transmembranaires pour 89 % des 131
protéines utilisées dans un test de validation croisée; plus de 98 % des hélices transmembranaires étaient
correctement prédit. La sortie de cette méthode est utilisée pour prédire la topologie, c'est-à-dire la
orientation du N-terme par rapport à la membrane. La précision attendue de la
la prédiction de la topologie est > 86 %. La précision des prédictions est supérieure à la moyenne pour les eucaryotes
protéines et inférieur à la moyenne pour les procaryotes. PHDtopology est plus précis que tout
d'autres méthodes testées sur des ensembles de données identiques.

Si aucune option de fichier de sortie (telle que --fileRdb or --fileOut) reçoit le RDB formaté
la sortie est écrite dans ./INPUTFILENAME.prof où 'prof' remplace l'extension du
fichier d'entrée. En l'absence d'extension '.prof' est ajouté au nom du fichier d'entrée.

Sortie le format
Le format RDB est auto-annoté, voir des exemples de sorties dans /share/profphd/prof/exa.

Références

Rost, B. et Sander, C. (1994a). Combinant des informations évolutives et des réseaux de neurones pour
prédire la structure secondaire de la protéine. Protéines, 19(1), 55-72.
Rost, B. et Sander, C. (1994b). Conservation et prédiction de l'accessibilité des solvants dans
familles de protéines. Protéines, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. et Sander, C. (1995). Hélices transmembranaires
prédit avec une précision de 95 %. Protéine Sci, 4(3), 521-33.

OPTIONS

Voir chaque mot-clé pour plus d'aide. La plupart d'entre eux sont susceptibles d'être cassés.

un modèle de connectivité alternatif (par défaut=3)

3 prédire sec + acc + htm

acc prévoir l'accessibilité des solvants, seulement

ali ajoute un alignement au(x) fichier(s) de sortie PROF « lisibles par l'homme »

arche
architecture système (ex : SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)

ascii
écrire le(s) fichier(s) de sortie PROF « lisibles par l'homme »

les meilleurs
PROF avec la meilleure précision et la plus longue durée d'exécution

tous les deux
prédire la structure secondaire et l'accessibilité des solvants

données
données= pour la sortie HTML : uniquement les parties des prédictions écrites

déboguer
conserver la plupart des fichiers intermédiaires, imprimer les messages de débogage

dirTravail
répertoire de travail, par défaut : un répertoire temporaire de File::Temp::tempdir. Doit être entièrement
voie qualifiée.

Connu pour travailler.

faireEval
Évaluation DO pour la liste (uniquement pour les structures et les listes connues)

doFiltreHssp
filtrer le fichier HSSP d'entrée (à l'exception de certaines paires)

doHtmfil
FAIRE filtrer la prédiction membranaire (par défaut)

faireHtmisit
VÉRIFIER la force de l'hélice de membrane prévue (par défaut)

doHtmref
Affiner la prédiction membranaire (par défaut)

faireHtmtop
Topologie d'hélice à membrane DO (par défaut)

dsp
convertir PROF au format DSSP

expand
étendre les insertions lors de la conversion de la sortie au format MSF

vite
PROF avec la précision la plus faible et la vitesse la plus élevée

fichierCasp
nom de la sortie PROF au format CASP (fichier.caspProf)

fichierDssp
nom de la sortie PROF au format DSSP (fichier.dsspProf)

fichierHtml
nom de la sortie PROF au format HTML (file.htmlProf)

fichierMsf
nom de la sortie PROF au format MSF (fichier.msfProf)

fichierNotHtm
nom du fichier signalant qu'aucune hélice de membrane n'a été trouvée

fichierSortie
nom de la sortie PROF au format RDB (fichier.rdbProf)

Connu pour travailler.

fichierProf
nom de la sortie PROF au format lisible par l'homme (file.prof)

Cassé.

fichierRdb
nom de la sortie PROF au format RDB (fichier.rdbProf)

Connu pour travailler.

fichierSaf
nom de la sortie PROF au format SAF (fichier.safProf)

une fonction filtre
filtrer le fichier HSSP d'entrée (à l'exception de certaines paires)

Bien
PROF avec une bonne précision et une vitesse modérée

graphique
ajouter un graphique ASCII au(x) fichier(s) de sortie PROF « lisibles par l'homme »

htm utilise : 'htm= ' donne une hélice transmembranaire minimale détectée par défaut est 'htm=0'
(resp. htm=0.8) plus petits nombres plus de faux positifs et moins de faux négatifs !

argument html
'hmtl' ou 'html= ' écrire le format HTML de la prédiction 'html' entraînera
que la sortie PROF est convertie en HTML 'html=body' restreint le fichier HTML au
La partie de balise HTML_BODY 'html=head' restreint le fichier HTML à la partie de balise HTML_HEADER
'html=all' donne à la fois HEADER et BODY

garderConv
conserver la conversion du fichier d'entrée au format HSSP

Argument keepFilter
<*|doKeepFilter=1> conserve le fichier HSSP filtré

argument garderHssp
<*|doKeepHssp=1> conserver le fichier HSSP intermédiaire

argument keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> conserver le(s) fichier(s) DbNet intermédiaire(s)

liste d'arguments
<*|isList=1> le fichier d'entrée est une liste de fichiers

msf convertir PROF au format MSF

agréable
donner 'nice-D' pour définir la valeur nice (priorité) du travail

noProfHead
ne copiez PAS le fichier avec les tables dans le répertoire local

pas de recherche
abréviation de doSearchFile=0, c'est-à-dire pas de recherche de fichiers DB

noascii
supprimer l'écriture de fichiers de résultats ASCII (c'est-à-dire lisibles par l'homme)

pas de HTML
supprimer l'écriture des fichiers de résultats HTML

pas bien
le travail ne sera pas accepté, c'est-à-dire qu'il ne sera pas exécuté avec une priorité inférieure

notEval
NE PAS vérifier l'exactitude même lorsque des structures connues

pasHtmfil
NE PAS filtrer la prédiction de la membrane

pasHtmisit
NE PAS vérifier si l'hélice de la membrane est assez forte ou non

notHtmref
NE PAS affiner la prédiction membranaire

pasHtmtop
NE PAS membraner la topologie en hélice

nresPerLineAli
Nombre de caractères utilisés pour le fichier MSF. Par défaut : 50.

nombresMin
Nombre minimal de résidus pour exécuter le réseau, sinon prd=symbolPrdShort. Par défaut : 9.

optJury
Ajoute un doctorat au jury. Par défaut : "normal, usePHD".

De nombreux autres paramètres modifient la valeur par défaut de celui-ci comme effet secondaire, la liste est
non exhaustif :

doctorat, nophd, /^para(3|Both|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct

para3
Fichier de paramètres pour sec+acc+htm. Par défaut : ` /net/PROFboth_best.par'.

paraAcc
Fichier de paramètres pour acc. Par défaut : ` /net/PROFacc_best.par'.

paraLes deux
Fichier de paramètres pour sec+acc. Par défaut : ` /net/PROFboth_best.par'.

paraSec
Fichier de paramètres pour sec. Par défaut : ` /net/PROFsec_best.par'.

riSubAcc
Indice de fiabilité minimal (RI) pour le sous-ensemble PROFacc. Par défaut : 4.

riSubSec
Indice de fiabilité minimal (RI) pour le sous-ensemble PROFsec. Par défaut : 5.

riSousSym
Symbole pour les résidus prédits avec RI < riSubSec/Acc. Par défaut : « . »

sauter
problèmes, manuel, astuces, notation, txt, connu, TERMINÉ, date, date, aa, Lhssp, numaa,
code

saf convertir PROF au format SAF

scrAjouterAide
scrObjectif
commutation de réseau de neurones

scrAideTexte
Formats de fichiers d'entrée acceptés :
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,suisse

scIn
list_of_files (ou fichier unique) fichier_paramètre

nom scr
prof

scrNarg
2

sec prédire la structure secondaire, seulement

silencieux
aucune information écrite à l'écran - c'est la valeur par défaut

sauterManquant
ne pas abandonner si le fichier d'entrée est manquant !

fichier source
prof

tester
est juste un test (plus rapide)

traduire-jobid-en-valeurs-param
La chaîne 'jobid' est remplacée par $par{jobid}

tst programme d'exécution rapide, faible précision

utilisateur
Nom d'utilisateur

--version
Version imprimée

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