Il s'agit de la commande reprof qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
reprof - prédire la structure secondaire des protéines et l'accessibilité des solvants
SYNOPSIS
reprof -i [requête.blastPsiMat] [OPTIONS]
reprof -i [requête.fasta] [OPTIONS]
reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [OPTIONS]
DESCRIPTION
Prédire la structure secondaire des protéines et l'accessibilité des solvants.
Sortie Format
Le format de sortie est explicite, c'est-à-dire que les colonnes de la sortie sont décrites dans le
fichier de sortie lui-même.
OPTIONS
-je, --saisir=DOSSIER
Entrez le fichier de matrice BLAST PSSM (à partir de l'option Blast -Q) ou le fichier FASTA (unique).
-o, --dehors=DOSSIER
Soit un fichier de sortie, soit un répertoire. S'il n'est pas fourni ou un répertoire, le suffixe de
le nom du fichier d'entrée (c'est-à-dire .fasta ou .blastPsiMat) est remplacé pour créer une sortie
nom de fichier.
--mutation=[tous|FICHIER]
Soit le mot-clé "all" pour prédire toutes les mutations possibles, soit un fichier contenant
les mutations une par ligne telles que "C12M" pour C sont mutées en M en position 12 :
C30Y
R31W
G48D
Ce code de mutation est également attaché au nom de fichier de sortie à l'aide de "_". Un montant supplémentaire de
le fichier se terminant par "_ORI" contient la prédiction n'utilisant aucune information évolutive même si un
La matrice BLAST PSSM a été fournie.
--rép modèle=DIR
Répertoire où sont stockés les fichiers de modèle et de fonction. Défaut: /usr/share/reprof.
Utilisez reprof en ligne en utilisant les services onworks.net
