Il s'agit de l'application Linux nommée NGSEP à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom NGSEPcore_4.0.1.jar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée NGSEP pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
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NGSEP pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
NGSEP est un cadre intégré pour l'analyse des données de séquençage d'ADN à haut débit. L'utilisation principale du NGSEP est la construction et l'analyse en aval de grands ensembles de données de variation génomique. NGSEP effectue une détection et un génotypage précis des variants nucléotidiques simples (SNV), des indels petits et grands, des répétitions en tandem courtes (STR), des inversions et des variants du nombre de copies (CNV). NGSEP fournit également des modules pour l'annotation fonctionnelle, le filtrage, la conversion de format, la comparaison, le regroupement, l'imputation, l'analyse d'introgression et différents types de statistiques. Une liste complète des fonctionnalités est disponible dans notre wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NEWS : Nous venons de mettre à disposition la première version en ligne de commande de la version 4, y compris notre propre implémentation d'un aligneur de lecture basé sur l'index FM. L'utilisation de la ligne de commande a été standardisée sur l'ensemble de l'application. Veuillez prendre le temps de mettre à jour les scripts pour passer à cette nouvelle version. Plus de détails sont disponibles dans le wiki.
Features
- Détection de SNP, CNV et Variantes Structurelles
- Alignement des lectures brutes sur un génome de référence
- Manipulation VCF : annotation fonctionnelle, fusion, filtrage, comparaison, conversion de format, imputation
- Calcul et tracé des statistiques SAM/BAM et VCF
- Démultiplexage des lectures
- Alignement des assemblages de génomes annotés
- Statistiques et filtrage sur les annulations du transcriptome au format GFF3
Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Autre public, Agriculture
Interface utilisateur
Java SWT, console/terminal, Eclipse
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
