Il s'agit de l'application Linux nommée MIPGen dont la dernière version peut être téléchargée sous mipgen_v15.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MIPGen avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN:
MIPGen
DESCRIPTION:
Générateur de potentiel d'interaction moléculaire
MIPGEN est un programme python qui calculera les grilles de potentiel d'interaction moléculaire
sur une molécule donnée, qui peut être soit une protéine, soit un petit composé organique (médicament).
La sortie sera une série de grilles au format DX (*.dx) que l'utilisateur pourra
pour visualiser en utilisant n'importe quel programme de visualisation moléculaire comme VMD, PyMol, Chimera...
Pour plus d'informations sur les dépendances et l'utilisation, veuillez lire la documentation.
Les utilisateurs sont invités à publier n'importe quel bogue ou demande dans le menu BUGS & REQUESTS. (un compte sourceforge sera nécessaire).
Fonctionnalités:
- Génération MIP entièrement automatique à partir d'un simple fichier PDB.
- Code open source. Les utilisateurs sont invités à contribuer à étendre les sondes ou à améliorer le code.
- Calculer les potentiels d'interaction moléculaire basés sur une grille sur des peptides et d'autres systèmes macromoléculaires (probablement encore lent pour les grands systèmes)
- Calculer le MIP sur de petites molécules
- Sondes personnalisables. Déjà implémenté : Hydrophobe, H-Bond donneur, H-Bond accepteur et sondes électrostatiques.
- Affectation automatique des types d'atomes aux petites molécules et protéines en s'interfaçant avec l'antichambre open source et tLeap du package AmbertTools (http://ambermd.org)
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux avancés, Développeurs, Utilisateurs finaux/Bureau
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Python
Environnement de base de données
SQLite
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.