Il s'agit de l'application Windows nommée LoopMatcher dont la dernière version peut être téléchargée en tant que loopmatcher1.3.3.rar. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée LoopMatcher avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN:
LoopMatter
DESCRIPTION:
LoopMatcher est un outil bioinformatique qui recherche des structures en épingle à cheveux dans des séquences d'ADNc/ARNm (au format FASTA, GenBank ou Vienna) avec des séquences consensus spécifiques dans la boucle. Il utilise RNAfold pour prédire la structure de la séquence et UShuffle pour générer des séquences aléatoires avec une fréquence de k nucléotides définie. De plus, les séquences au format GenBank peuvent être téléchargées directement depuis NCBI en utilisant l'ID d'accès NCBI.
Exigences
JAVA Runtime 8. Il est fortement recommandé d'avoir un processeur multicœur pour traiter de grandes séquences.
* Actuellement, cette version ne fonctionne que sous Windows x64.
Fonctionnalités:
- Prise en charge des fichiers au format GenBank, FASTA et Vienna
- Traiter un ou plusieurs fichiers
- Obtenir et traiter des séquences de NCBI
- Recherche de plusieurs modèles à l'aide du code FASTA IUPAC pour les nucléotides
- Générer des versions mélangées avec un paramètre k-let (algorithme Ushuffle)
- Résultats dans un tableau au format CSV
- Deux modes de pliage, localisé ou global (séquence entière)
- Pliage avec RNAFold (structure d'énergie libre minimale)
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Environnement de base de données
Fichier plat
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/find-a-loop/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.