एक्सट्रेक्टफीट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

एक्सट्रेक्टफीट - अनुक्रम से विशेषताएं निकालें

SYNOPSIS

निकालने का करतब -अनुक्रम Seqall [-इससे पहले पूर्णांक] [-बाद पूर्णांक] [स्रोत स्ट्रिंग]
[प्रकार स्ट्रिंग] [-समझ पूर्णांक] [-मिन्सकोर नाव] [-मैक्सस्कोर नाव]
[-टैग स्ट्रिंग] [-value स्ट्रिंग] [-जगह बूलियन] [-featinname बूलियन]
[-वर्णन करना स्ट्रिंग] -आउटसेक सीकआउट

निकालने का करतब -मदद

वर्णन

निकालने का करतब EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "एडिट, फीचर टेबल्स" कमांड ग्रुप (समूहों) का हिस्सा है।

विकल्प

निवेश अनुभाग
-अनुक्रम Seqall

अतिरिक्त अनुभाग
-इससे पहले पूर्णांक
यदि यह मान 0 से अधिक है तो उससे पहले आधारों या अवशेषों की संख्या
फीचर को निकाले गए अनुक्रम में शामिल किया गया है। यह आपको इसका संदर्भ प्राप्त करने की अनुमति देता है
विशेषता। यदि यह मान ऋणात्मक है तो निकाले गए अनुक्रम की शुरुआत होगी
सुविधा के अंत से पहले आधारों/अवशेषों की यह संख्या हो। तो '10' का मान
अनुक्रम शुरू होने से 10 आधारों/अवशेषों का निष्कर्षण शुरू हो जाएगा, और a
'-10' का मान समाप्ति से 10 आधार/अवशेषों का निष्कर्षण शुरू कर देगा
विशेषता। यदि अनुक्रम हो तो आउटपुट अनुक्रम 'एन' या 'एक्स' वर्णों से भरा होगा
निष्कर्षण की आवश्यक शुरुआत के बाद शुरू होता है।

-बाद पूर्णांक
यदि यह मान 0 से अधिक है तो उसके बाद आधारों या अवशेषों की संख्या
फीचर को निकाले गए अनुक्रम में शामिल किया गया है। यह आपको इसका संदर्भ प्राप्त करने की अनुमति देता है
विशेषता। यदि यह मान ऋणात्मक है तो निकाले गए अनुक्रम का अंत होगा
सुविधा के प्रारंभ होने के बाद आधारों/अवशेषों की यह संख्या। तो '10' का मान होगा
अनुक्रम के अंत के बाद निष्कर्षण 10 आधारों/अवशेषों को समाप्त करें, और का एक मान
'-10' सुविधा शुरू होने के बाद 10 आधारों/अवशेषों का निष्कर्षण समाप्त कर देगा।
यदि अनुक्रम पहले समाप्त होता है तो आउटपुट अनुक्रम 'एन' या 'एक्स' वर्णों से भरा होगा
निष्कर्षण का आवश्यक अंत.

स्रोत स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में कोई भी फ़ीचर स्रोत दिखाया जाता है। आप इसे मिलान के लिए सेट कर सकते हैं
कोई भी फीचर स्रोत जिसे आप दिखाना चाहते हैं। स्रोत का नाम आमतौर पर या तो का नाम होता है
प्रोग्राम जिसने फीचर का पता लगाया या यह फीचर टेबल है (उदाहरण: ईएमबीएल) जो कि
फीचर से आया. स्रोत को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप और अधिक दिखाना चाहते हैं
एक से अधिक स्रोत, उनके नामों को '|' वर्ण से अलग करें, उदाहरण: जीन* | एंबल डिफ़ॉल्ट
कीमत: *

प्रकार स्ट्रिंग
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में प्रत्येक फ़ीचर निकाला जाता है। आप इसे किसी भी रूप में सेट कर सकते हैं
सुविधा प्रकार जिसे आप निकालना चाहते हैं। देखना http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ की सूची के लिए
ईएमबीएल सुविधा प्रकार और यूनिप्रोट उपयोगकर्ता मैनुअल देखें
http://www.uniprot.org/manual/sequence_annotation यूनिप्रोट सुविधा की सूची के लिए
प्रकार. प्रकार को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप एक से अधिक निकालना चाहते हैं
टाइप करें, उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण के लिए: *UTR | इंट्रॉन डिफ़ॉल्ट मान: *

-समझ पूर्णांक
डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में कोई भी फ़ीचर प्रकार निकाला जाता है। आप इसे इस पर सेट कर सकते हैं
अपनी इच्छानुसार किसी भी फीचर सेंस का मिलान करें। 0-कोई इन्द्रिय, 1-आगे का इन्द्रिय, -1-उल्टा इन्द्रिय

-मिन्सकोर नाव
निकालने के लिए सुविधा का न्यूनतम स्कोर (मैक्सस्कोर भी देखें) डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-मैक्सस्कोर नाव
निकालने के लिए सुविधा का अधिकतम स्कोर. यदि मिन्सस्कोर और मैक्सस्कोर दोनों शून्य हैं (द
डिफ़ॉल्ट), तो किसी भी स्कोर को अनदेखा कर दिया जाता है डिफ़ॉल्ट मान: 0.0

-टैग स्ट्रिंग
टैग अतिरिक्त मानों के प्रकार हैं जो किसी सुविधा में हो सकते हैं। उदाहरण के लिए ईएमबीएल में
फ़ीचर तालिका, 'सीडीएस' प्रकार की फ़ीचर में टैग '/कोडन', '/कोडन_स्टार्ट' हो सकते हैं,
'/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function', '/gene', '/label',
'/मानचित्र', '/नोट', '/संख्या', '/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'।
इनमें से कुछ टैग में मान भी होते हैं, उदाहरण के लिए '/gene' का मान हो सकता है
जीन नाम. डिफ़ॉल्ट रूप से फ़ीचर तालिका में कोई भी फ़ीचर टैग निकाला जाता है। आप सेट कर सकते हैं
यह किसी भी फीचर टैग से मेल खाने के लिए है जिसे आप दिखाना चाहते हैं। टैग का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है
'*'. यदि आप एक से अधिक टैग निकालना चाहते हैं, तो उनके नाम को वर्ण से अलग कर दें
'|', उदाहरण: जीन | लेबल डिफ़ॉल्ट मान: *

-value स्ट्रिंग
टैग मान किसी फ़ीचर टैग से जुड़े मान हैं। टैग एक्स्ट्रा के प्रकार हैं
वे मान जो किसी सुविधा में हो सकते हैं. उदाहरण के लिए ईएमबीएल फीचर तालिका में, एक 'सीडीएस' प्रकार
फीचर में टैग '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' हो सकते हैं।
'/सबूत', '/अपवाद', '/फ़ंक्शन', '/जीन', '/लेबल', '/मैप', '/नोट', '/संख्या',
'/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी', '/छद्म', '/मानक_नाम', '/अनुवाद',
'/transl_except', '/transl_table', या '/usedin'। इनमें से केवल कुछ ही टैग हो सकते हैं
मान, उदाहरण के लिए '/जीन' में जीन नाम का मान हो सकता है। डिफ़ॉल्ट रूप से कोई भी
फ़ीचर तालिका में फ़ीचर टैग मान दिखाया गया है। आप इसे किसी भी सुविधा से मेल खाने के लिए सेट कर सकते हैं
टैग मान जिसे आप दिखाना चाहते हैं। टैग मान को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप चाहते हैं
एक से अधिक टैग मान दिखाने के लिए, उनके नाम को रिक्त स्थान या वर्ण से अलग करें
'|', उदाहरण: पैक्स* | 10 डिफ़ॉल्ट मान: *

उत्पादन अनुभाग
-जगह बूलियन
कुछ विशेषताएं, जैसे सीडीएस (कोडिंग अनुक्रम) और एमआरएनए इंट्रॉन से बनी होती हैं
एक साथ संयोजित. 'जुड़े' अनुक्रम के अन्य रूप भी हो सकते हैं, जो इस पर निर्भर करता है
फ़ीचर तालिका. यदि यह विकल्प TRUE सेट है, तो इन सुविधाओं का कोई भी समूह होगा
एकल अनुक्रम के रूप में आउटपुट। यदि 'पहले' और 'बाद' क्वालीफायर सेट किए गए हैं,
उसके बाद केवल पहली सुविधा से पहले और अंतिम सुविधा के बाद का क्रम जोड़ा जाता है।
डिफ़ॉल्ट मान: नहीं

-featinname बूलियन
आउटपुट किए गए फीचर के प्रकार, प्रकार की पहचान करने में आपकी सहायता के लिए
आउटपुट अनुक्रम के विवरण की शुरुआत में सुविधा जोड़ी गई है। कभी - कभी
अनुक्रम फ़ाइल के बाद के प्रसंस्करण में अनुक्रम का विवरण खो जाता है
यह प्रकार के लिए अनुक्रम आईडी नाम का हिस्सा बनने के लिए उपयोगी है। यदि आप इसे इस प्रकार सेट करते हैं
TRUE तब नाम आउटपुट अनुक्रम के आईडी नाम में जोड़ा जाता है। डिफ़ॉल्ट मान: एन

-वर्णन करना स्ट्रिंग
आउटपुट किए गए किसी फीचर के कुछ और गुणों की पहचान करने में आपकी सहायता के लिए,
यह आपको एक या अधिक टैग नाम निर्दिष्ट करने देता है जिन्हें आउटपुट में जोड़ा जाना चाहिए
अनुक्रम विवरण पाठ, उनके मूल्यों के साथ (यदि कोई हो)। उदाहरण के लिए, यदि यह
'जीन' पर सेट है, तो यदि किसी आउटपुट फीचर में टैग है (उदाहरण के लिए)
'/gene=BRCA1' इसके साथ जुड़ा है, तो '(gene=BRCA1)' टेक्स्ट इसमें जोड़ा जाएगा
विवरण पंक्ति. टैग अतिरिक्त मानों के प्रकार हैं जो किसी सुविधा में हो सकते हैं। के लिए
उदाहरण के लिए ईएमबीएल फीचर तालिका में, 'सीडीएस' प्रकार के फीचर में '/कोडन' टैग हो सकते हैं,
'/codon_start', '/db_xref', '/EC_number', '/evidence', '/exception', '/function',
'/जीन', '/लेबल', '/मैप', '/नोट', '/संख्या', '/आंशिक', '/उत्पाद', '/प्रोटीन_आईडी',
'/छद्म', '/मानक_नाम', '/अनुवाद', '/transl_except', '/transl_table', या
'/में इस्तेमाल किया'। इनमें से कुछ टैग में मान भी होते हैं, उदाहरण के लिए '/gene' में मान हो सकता है
जीन नाम का. डिफ़ॉल्ट रूप से कोई फ़ीचर टैग प्रदर्शित नहीं होता है. आप इसे मिलान के लिए सेट कर सकते हैं
कोई भी फीचर टैग जिसे आप दिखाना चाहते हैं। टैग को '*' का उपयोग करके वाइल्डकार्ड किया जा सकता है। यदि आप चाहते हैं
एक से अधिक टैग निकालने के लिए, उनके नाम को '|' अक्षर से अलग करें, उदाहरण के लिए: जीन |
लेबल

-आउटसेक सीकआउट

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