यह कमांड hmm2search है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
hmm2search - प्रोफ़ाइल HMM के साथ अनुक्रम डेटाबेस खोजें
SYNOPSIS
हम्म2खोज [विकल्प] हम्मफाइल सेक्फ़ाइल
वर्णन
हम्म2खोज से एक HMM पढ़ता है हम्मफाइल और खोजता है सेक्फ़ाइल काफी हद तक समान के लिए
अनुक्रम मेल खाता है.
सेक्फ़ाइल पहले वर्तमान कार्यशील निर्देशिका में खोजा जाएगा, फिर किसी निर्देशिका में
पर्यावरण चर द्वारा नामित ब्लास्टडीबी. यह उपयोगकर्ताओं को मौजूदा BLAST डेटाबेस का उपयोग करने देता है,
यदि BLAST को साइट के लिए कॉन्फ़िगर किया गया है।
हम्म2खोज अनुक्रम के आकार के आधार पर इसे चलने में मिनट या घंटे भी लग सकते हैं
डेटाबेस। आउटपुट को किसी फ़ाइल पर रीडायरेक्ट करना एक अच्छा विचार है।
आउटपुट में चार खंड होते हैं: सर्वश्रेष्ठ स्कोरिंग अनुक्रमों की एक रैंक वाली सूची, ए
सर्वश्रेष्ठ स्कोरिंग डोमेन की रैंक की गई सूची, सभी सर्वश्रेष्ठ स्कोरिंग डोमेन के लिए संरेखण, और
अंकों का एक हिस्टोग्राम। अनुक्रम स्कोर डोमेन स्कोर से अधिक हो सकता है
यदि अनुक्रम में एक से अधिक डोमेन हैं तो समान क्रम; अनुक्रम स्कोर लेता है
सभी डोमेन को ध्यान में रखें। सभी अनुक्रम ऊपर स्कोर कर रहे हैं -E और -T कटऑफ दिखाए गए हैं
तो फिर पहली सूची में प्रत्येक इस सूची में पाया गया डोमेन दूसरी सूची में दिखाया गया है
डोमेन हिट. यदि वांछित है, तो ई-वैल्यू और बिट स्कोर थ्रेशोल्ड भी लागू किया जा सकता है
का उपयोग कर डोमेन सूची --डोमई और --डोमटी विकल्प.
विकल्प
-h संक्षिप्त सहायता प्रिंट करें; संस्करण संख्या और सभी विकल्पों का सारांश शामिल है, जिसमें शामिल हैं
विशेषज्ञ विकल्प।
-A संरेखण आउटपुट को सीमित करता है सर्वोत्तम स्कोरिंग डोमेन. -A0 को बंद कर देता है
संरेखण आउटपुट और इसका उपयोग आउटपुट फ़ाइलों के आकार को कम करने के लिए किया जा सकता है।
-E प्रति-अनुक्रम रैंक वाली हिट सूची के लिए ई-वैल्यू कटऑफ़ सेट करें , जहां एक
सकारात्मक वास्तविक संख्या. डिफ़ॉल्ट 10.0 है. ई-वैल्यू वाले हिट्स (कम) से बेहतर हैं
थान) यह सीमा दिखाई जाएगी।
-T प्रति-अनुक्रम रैंक वाली हिट सूची के लिए बिट स्कोर कटऑफ़ सेट करें , जहां is
एक वास्तविक संख्या. डिफ़ॉल्ट ऋणात्मक अनंत है; डिफ़ॉल्ट रूप से, सीमा है
ई-वैल्यू द्वारा नियंत्रित न कि बिट स्कोर द्वारा। बिट स्कोर से बेहतर हिट
(इससे अधिक) यह सीमा दिखाई जाएगी.
-Z ई-वैल्यू स्कोर की गणना करें जैसे कि हमने अनुक्रम डेटाबेस देखा हो
क्रम. डिफ़ॉल्ट आपकी डेटाबेस फ़ाइल में देखे गए अनुक्रमों की संख्या है
.
विशेषज्ञ विकल्प
--compat
2.1.1-1998 सार्वजनिक रिलीज़, HMMER 2001 के आउटपुट स्वरूप का उपयोग करें; ऐसा प्रदान किया गया
2.1.1 पार्सर्स को दोबारा लिखने की आवश्यकता नहीं है।
--सी पी यू
सीपीयू की अधिकतम संख्या निर्धारित करता है जिस पर प्रोग्राम चलेगा। डिफ़ॉल्ट का उपयोग करना है
मशीन में सभी सीपीयू। HMMER_NCPU पर्यावरण चर को ओवरराइड करता है। केवल
HMMER के थ्रेडेड संस्करणों को प्रभावित करता है (अधिकांश सिस्टम पर डिफ़ॉल्ट)।
--कट_गा
Pfam GA (एकत्रीकरण सीमा) स्कोर कटऑफ़ का उपयोग करें। --ग्लोबटी के समतुल्य
--domT , लेकिन GA2 और GA1 कटऑफ़ HMM फ़ाइल से पढ़े जाते हैं। हम्म2बिल्ड
यदि संरेखण फ़ाइल को Pfam-अनुकूल में एनोटेट किया गया था तो इन कटऑफ को वहां रखता है
संरेखण प्रारूप (विस्तारित SELEX या स्टॉकहोम प्रारूप) और वैकल्पिक GA
एनोटेशन लाइन मौजूद थी. यदि ये कटऑफ़ HMM फ़ाइल में सेट नहीं हैं, --कट_गा
काम नहीं करता।
--कट_टीसी
पीएफएएम टीसी (विश्वसनीय कटऑफ) स्कोर कटऑफ का उपयोग करें। --ग्लोबटी के समतुल्य --domT
, लेकिन TC2 और TC1 कटऑफ़ HMM फ़ाइल से पढ़े जाते हैं। hmm2build इन्हें डालता है
यदि संरेखण फ़ाइल को Pfam-अनुकूल संरेखण में एनोटेट किया गया था, तो कटऑफ़
प्रारूप (विस्तारित SELEX या स्टॉकहोम प्रारूप) और वैकल्पिक टीसी एनोटेशन लाइन थी
उपस्थित। यदि ये कटऑफ़ HMM फ़ाइल में सेट नहीं हैं, --कट_टीसी काम नहीं करता।
--कट_एनसी
Pfam NC (शोर कटऑफ़) स्कोर कटऑफ़ का उपयोग करें। --ग्लोबटी के समतुल्य --domT ,
लेकिन NC1 और NC2 कटऑफ़ HMM फ़ाइल से पढ़े जाते हैं। hmm2build इन्हें डालता है
यदि संरेखण फ़ाइल को Pfam-अनुकूल संरेखण में एनोटेट किया गया था, तो कटऑफ़
प्रारूप (विस्तारित SELEX या स्टॉकहोम प्रारूप) और वैकल्पिक NC एनोटेशन लाइन थी
उपस्थित। यदि ये कटऑफ़ HMM फ़ाइल में सेट नहीं हैं, --कट_एनसी काम नहीं करता।
--डोमई
प्रति डोमेन रैंक वाली हिट सूची के लिए ई-वैल्यू कटऑफ़ सेट करें , जहां एक
सकारात्मक वास्तविक संख्या. डिफ़ॉल्ट अनंत है; डिफ़ॉल्ट रूप से, सभी डोमेन
पहली सीमा पार करने वाले अनुक्रमों को दूसरी सूची में रिपोर्ट किया जाएगा
कि प्रति-अनुक्रम सूची में रिपोर्ट किए गए डोमेन की संख्या इसके अनुरूप है
वह संख्या जो प्रति-डोमेन सूची में दिखाई देती है।
--डोमटी
प्रति डोमेन रैंक वाली हिट सूची के लिए बिट स्कोर कटऑफ़ सेट करें , जहां एक
वास्तविक संख्या। डिफ़ॉल्ट ऋणात्मक अनंत है; डिफ़ॉल्ट रूप से, सभी डोमेन
पहली सीमा पार करने वाले अनुक्रमों को दूसरी सूची में रिपोर्ट किया जाएगा
कि प्रति-अनुक्रम सूची में रिपोर्ट किए गए डोमेन की संख्या इसके अनुरूप है
वह संख्या जो प्रति-डोमेन सूची में दिखाई देती है। महत्त्वपूर्ण नोट: ए में केवल एक डोमेन
अनुक्रम बिल्कुल इस पैरामीटर द्वारा नियंत्रित होता है, या इसके द्वारा --domT. दूसरा और
किसी क्रम में बाद के डोमेन की वास्तविक बिट स्कोर सीमा 0 होती है क्योंकि
HMMER कैसे काम करता है इसका विवरण। HMMER को कम से कम एक पास की आवश्यकता होती है
प्रति अनुक्रम मुख्य मॉडल; एक से अधिक पास (एक से अधिक डोमेन) करने के लिए
मल्टीडोमेन संरेखण का स्कोर एकल डोमेन संरेखण से बेहतर होना चाहिए,
और इसलिए अतिरिक्त डोमेन को सकारात्मक स्कोर में योगदान देना चाहिए। उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें
अधिक विस्तार के लिए।
--आगे
प्रति निर्धारित करने के लिए विटर्बी एल्गोरिदम के बजाय फॉरवर्ड एल्गोरिदम का उपयोग करें-
अनुक्रम स्कोर. प्रति-डोमेन स्कोर अभी भी विटर्बी एल्गोरिदम द्वारा निर्धारित किया जाता है।
कुछ लोगों ने तर्क दिया है कि रिमोट का पता लगाने के लिए फॉरवर्ड एक अधिक संवेदनशील एल्गोरिदम है
अनुक्रम समरूपताएँ; हालाँकि, HMMER के साथ मेरे प्रयोगों ने इसकी पुष्टि नहीं की है।
--सूचना
दावा करें कि इनपुट सेक्फ़ाइल प्रारूप में है ; बेबेलफ़िश प्रारूप न चलाएं
स्वतःनिर्णय. इससे प्रोग्राम की विश्वसनीयता कुछ हद तक बढ़ जाती है, क्योंकि
बेबेलफिश गलतियाँ कर सकती है; विशेष रूप से अप्राप्य, उच्च- के लिए अनुशंसित
HMMER का थ्रूपुट रन। मान्य प्रारूप स्ट्रिंग्स में FASTA, GENBANK, EMBL, GCG, शामिल हैं
पीआईआर, स्टॉकहोम, सेलेक्स, एमएसएफ, क्लस्टल और फिलिप। के लिए उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका देखें
पूरी लिस्ट।
--शून्य2
पोस्ट हॉक दूसरा नल मॉडल बंद करें। डिफ़ॉल्ट रूप से, प्रत्येक संरेखण को पुनः प्राप्त किया जाता है
एक पोस्टप्रोसेसिंग चरण जो किसी भी संभावित पक्षपाती संरचना को ध्यान में रखता है
एचएमएम या लक्ष्य अनुक्रम। डेटाबेस खोजों में यह लगभग आवश्यक है,
विशेषकर स्थानीय संरेखण मॉडल के साथ। इसकी संभावना बहुत कम है
पोस्टप्रोसेसिंग वास्तविक मिलानों को हटा सकती है, और इन मामलों में --शून्य2 सुधार हो सकता है
पक्षपाती रचना देकर विशिष्टता को कम करने की कीमत पर संवेदनशीलता
के माध्यम से हिट करता है.
--पीवीएम समानांतर वर्चुअल मशीन (PVM) पर चलाएँ। PVM पहले से ही चल रहा होगा.
ग्राहक कार्यक्रम हम्म2सर्च-पीवीएम सभी पीवीएम नोड्स पर स्थापित होना चाहिए। वैकल्पिक पीवीएम
समर्थन को HMMER में संकलित किया जाना चाहिए।
--xnu लक्ष्य प्रोटीन अनुक्रमों की XNU फ़िल्टरिंग चालू करें। न्यूक्लिक एसिड पर कोई प्रभाव नहीं पड़ता
क्रम. परीक्षण प्रयोगों में, --xnu की तुलना में कम अच्छा प्रदर्शन करता प्रतीत होता है
डिफ़ॉल्ट पोस्ट हॉक null2 मॉडल।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन hmm2search का उपयोग करें