bp_bulk_load_gffp - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

bp_bulk_load_gff.pl - Muat massal database Bio::DB::GFF dari file GFF.

RINGKASAN

% bp_bulk_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa fitur1.gff fitur2.gff ...

DESKRIPSI

Script ini memuat database Bio::DB::GFF dengan fitur-fitur yang terdapat dalam daftar GFF
file dan/atau file urutan FASTA. Anda harus menggunakan varian yang tepat dari GFF yang dijelaskan di
Bio::DB::GFF. Berbagai opsi baris perintah memungkinkan Anda mengontrol database mana yang akan dimuat
dan apakah akan mengizinkan database yang ada untuk ditimpa.

Skrip ini berbeda dari bp_load_gff.pl karena menggunakan kode keras untuk menggunakan MySQL dan tidak dapat
melakukan beban tambahan. Lihat bp_load_gff.pl untuk pemuat tambahan yang bekerja dengan
semua database yang didukung oleh Bio::DB::GFF, dan bp_fast_load_gff.pl untuk pemuat MySQL yang
mendukung beban tambahan yang cepat.

CATATAN
Jika nama file diberikan sebagai "-" maka input diambil dari input standar. Terkompresi
file (.gz, .Z, .bz2) secara otomatis tidak terkompresi.

File format FASTA dibedakan dari file GFF berdasarkan ekstensi nama filenya. File
diakhiri dengan .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna dan varian huruf besar mereka diperlakukan sebagai FASTA
file. Segala sesuatu yang lain diperlakukan sebagai file GFF. Jika Anda ingin memuat file -fasta dari
STDIN, lalu gunakan -f baris perintah swith dengan argumen '-', seperti pada

gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d tes -f -

Sifat beban massal mengharuskan database berada di mesin lokal dan itu
pengguna yang ditunjukkan memiliki hak istimewa "file" untuk memuat tabel dan memiliki cukup ruang di
/usr/tmp (atau apa pun yang ditentukan oleh variabel lingkungan \$TMPDIR), untuk menahan
tabel secara sementara.

Data lokal sekarang dapat diunggah ke server jauh melalui opsi --local dengan database
host yang ditentukan dalam dsn, misalnya dbi:mysql:test:db_host

Adaptor yang digunakan adalah dbi::mysqlopt. Saat ini tidak ada cara untuk mengubah ini.

Tentang maxfeature: nilai default adalah 100,000,000 basis. Jika Anda memiliki fitur yang
mendekati atau lebih besar dari 100Mb, maka nilai maxfeature harus ditingkatkan
menjadi 1,000,000,000. Nilai ini harus berupa pangkat 10.

Perhatikan bahwa pengguna Windows harus menggunakan opsi --create.

Jika daftar file GFF atau fasta melebihi batas kernel untuk jumlah maksimum
argumen baris perintah, gunakan opsi --long_list /path/to/files.

GARIS KOMANDO PILIHAN

Opsi baris perintah dapat disingkat menjadi opsi satu huruf. misalnya -d bukannya
--basis data.

--basis data Nama basis data (dbi default: mysql: tes)
--adaptor Nama adaptor (default mysql)
--create Reinisialisasi/buat tabel data tanpa bertanya
--user Nama pengguna untuk masuk sebagai
--fasta File atau direktori yang berisi file fasta untuk dimuat
--long_list Direktori yang berisi sejumlah besar
File GFF dan/atau FASTA
--password Kata sandi yang digunakan untuk otentikasi
(Tidak berfungsi dengan Postgres, kata sandi harus
disediakan secara interaktif atau dibiarkan kosong untuk
otentikasi identitas)
--maxbin Atur nilai ukuran bin maksimum
--local Bendera untuk menunjukkan bahwa sumber data adalah lokal
--maxfeature Mengatur nilai ukuran fitur maksimum (kekuatan 10)
--group Daftar satu atau lebih nama tag (dipisahkan dengan koma atau spasi)
yang akan digunakan untuk pengelompokan di kolom ke-9.
--gff3_munge Aktifkan munging nama GFF3 (lihat Bio::DB::GFF)
--summary Menghasilkan ringkasan statistik untuk menggambar histogram cakupan.
Ini dapat dijalankan pada database yang dimuat sebelumnya atau selama
muatan.
--Lokasi Sementara dari direktori awal yang dapat ditulis

Gunakan bp_bulk_load_gffp online menggunakan layanan onworks.net