wiggle2gff3p - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

wiggle2gff3.pl - Mengonversi file format UCSC WIG menjadi file gff3

RINGKASAN

wiggle2gff3.pl [opsi] WIG_FILE > load_data.gff3

Mengonversi file format UCSC WIG menjadi file gff3 yang cocok untuk dimuat ke GBrowse
database. Ini digunakan untuk data kuantitatif kepadatan tinggi seperti CNV, SNP dan ekspresi
array.

DESKRIPSI

Gunakan konverter ini ketika Anda memiliki data kuantitatif yang padat untuk ditampilkan menggunakan xyplot,
kepadatan, atau mesin terbang peta panas, dan terlalu banyak item data (ribuan) untuk dimuat ke GBrowse. Dia
membuat satu atau lebih file biner hemat-ruang yang berisi data kuantitatif, sebagai
serta file GFF3 kecil yang dapat dimuat ke Chado atau database GBrowse lainnya.

Penggunaan khas adalah sebagai berikut:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

Opsi
Opsi berikut diterima:

--metode= Tetapkan metode untuk garis GFF3 yang mewakili
setiap titik data kuantitatif di trek.
Standarnya adalah "microarray_oligo."

--sumber= Setel bidang sumber untuk file GFF3. Standarnya adalah
tidak ada.

--gff3 Buat file format GFF3 (default)

--featurefile Buat file format "featurefile" -- ini adalah
format sederhana yang digunakan untuk unggahan GBrowse. Ini
opsi tidak kompatibel dengan opsi --gff3.

--sample Jika benar, maka file yang sangat besar (>5 MB) akan dijadikan sampel
untuk mendapatkan minimum, maksimum dan standar deviasi; sebaliknya
seluruh file akan dipindai untuk mendapatkan statistik ini.
Ini akan memproses file lebih cepat tetapi mungkin kehilangan outlier
nilai-nilai.

--jalan= Tentukan direktori untuk menempatkan goyangan biner
file. Defaultnya adalah direktori sementara saat ini
(/ Tmp atau apa pun yang sesuai untuk sistem operasi Anda).

--dasar= Sama seperti "--path".

--trackname tentukan basis trackname untuk pembuatan wigfile

--help Dokumentasi ini.

Skrip ini akan menerima berbagai gaya opsi, termasuk opsi yang disingkat
("--meth=foo"), opsi karakter tunggal ("-m foo"), dan varian umum lainnya.

Biner menggoyangkan arsip
File "goyangan" biner yang dibuat oleh utilitas ini dapat dibaca menggunakan
Bio::Grafik::Modul gerak. Data kuantitatif diskalakan ke kisaran 1-255
(kehilangan banyak presisi, tetapi masih lebih dari cukup untuk visualisasi data), dan disimpan
dalam format yang dikemas di mana setiap file sesuai dengan panjang satu kromosom atau
tambahan

Setelah dibuat, file biner tidak boleh dipindahkan atau diganti namanya, kecuali jika Anda berhati-hati
buat perubahan yang sesuai pada nama path yang diberikan oleh atribut "wigfile" di GFF3
baris fitur file. Anda juga harus berhati-hati dalam menggunakan perintah cp untuk menyalin
file biner; mereka diformat dengan "lubang" sedemikian rupa sehingga data yang hilang tidak
mengambil ruang apa pun di disk. Jika Anda cp mereka, lubang akan terisi dengan nol dan
penghematan ruang akan hilang. Lebih baik menggunakan perintah "tar" dengan opsi --sparse untuk
memindahkan file dari satu tempat ke tempat lain.

Contoh TEGURAN File
Contoh ini darihttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# nama file: contoh.wig
#
# 300 grafik batang lebar dasar, autoScale diaktifkan secara default == grafik
# batas akan berubah secara dinamis untuk selalu menampilkan berbagai data
# di jendela tampilan, prioritas = 20 menempatkan ini sebagai grafik kedua
# Catatan, sistem koordinat nol-relatif, setengah terbuka digunakan untuk format tempat tidur
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
visibilitas=warna penuh=200,100,0 altColor=0,100,200 prioritas=20
kr19 59302000 59302300 -1.0
kr19 59302300 59302600 -0.75
kr19 59302600 59302900 -0.50
kr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 grafik batang lebar dasar pada posisi spasi sewenang-wenang,
# garis ambang ditarik pada y=11.76
# rentang tampilan mati skala otomatis disetel ke [0:25]
#prioritas = 10 posisi ini sebagai grafik pertama
# Catatan, sistem koordinat satu-relatif digunakan untuk format ini
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
visibility=full autoScale=off viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=pada prioritas=10
variabelLangkah chrom=chr19 rentang=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 grafik titik lebar dasar di setiap pangkalan 300, grafik tinggi 50 piksel
# penskalaan otomatis dan rentang tampilan disetel ke [0:1000]
# prioritas = 30 posisi ini sebagai grafik ketiga
# Catatan, sistem koordinat satu-relatif digunakan untuk format ini
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visibility=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 warna=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=prioritas poin=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 langkah=300 rentang=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Anda dapat mengonversinya menjadi file GFF3 yang dapat dimuat dengan perintah berikut:

wiggle2gff3.pl --meth=contoh --so=contoh --path=/var/gbrowse/db contoh.wig \
> contoh.gff3

Outputnya akan terlihat seperti ini:

##gff-versi 3

chr19 contoh contoh 59302001 59304700 . . . Nama=Format Tempat Tidur;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
chr19 contoh contoh 59304701 59308020 . . . Nama=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 contoh contoh 59307401 59310400 . . . Nama=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

Gunakan wiggle2gff3p online menggunakan layanan onworks.net