skor kedua

PROGRAM:

NAMA

2ndscore - temukan jepit rambut terbaik yang ditambatkan di setiap posisi.

RINGKASAN

2ndscore in.fasta > out.hairpins

DESKRIPSI

Untuk setiap posisi dalam urutan ini akan menampilkan baris:

-0.6 52..62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(skor) (mulai .. akhir) (konteks kiri) (jepit rambut) (konteks kanan)

Untuk posisi di dekat ujung urutan, konteksnya dapat diisi dengan 'x'
karakter. Jika tidak ada jepit rambut yang ditemukan, skornya adalah 'Tidak Ada'.

Beberapa file fasta dapat diberikan dan beberapa urutan dapat di setiap file fasta. NS
output untuk setiap urutan akan dipisahkan oleh garis yang dimulai dengan '>' dan berisi
Deskripsi FASTA dari urutan.

Karena skor jepit rambut dari untai plus dan untai minus mungkin berbeda (karena GU
mengikat dalam RNA), secara default 2ndscore mengeluarkan dua set jepit rambut untuk setiap urutan: the
jepit rambut MAJU dan jepit rambut REVERSE. Semua jepit rambut depan dikeluarkan terlebih dahulu, dan
diidentifikasi dengan memiliki kata 'FOWARD' di akhir baris '>' di depannya.
Demikian pula, jepit rambut REVERSE dicantumkan setelah baris '>' yang diakhiri dengan 'REVERSE'. Jika kamu
ingin mencari hanya satu atau untai lainnya, Anda dapat menggunakan:

--no-fwd Jangan cetak jepit rambut FORWARD
--no-rvs Jangan cetak jepit rambut REVERSE

Anda dapat mengatur fungsi energi yang digunakan, seperti halnya transterm dengan --gc, --au, --gu,
--mm, --gap opsi. Opsi --min-loop, --max-loop, dan --max-len juga didukung.

FORMAT OF THE .TAS FILE
Kolom untuk file .bag adalah, dalam urutan:

1. nama_gen
2. terminator_mulai
3. terminator_akhir
4. jepit rambut_score
5. skor_ekor
6. urutan_terminator

7. terminator_confidence: kombinasi skor jepit rambut dan ekor yang
memperhitungkan seberapa besar kemungkinan skor tersebut dalam urutan acak. Ini
adalah "skor" utama untuk terminator dan dihitung seperti yang dijelaskan dalam
kertas.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: Jumlah *perkiraan* basis
pasangan antara akhir gen dan awal terminator. Ini
adalah perkiraan dalam beberapa cara: Pertama, (dan yang paling penting) TransTermHP
tidak selalu menggunakan ujung gen yang sebenarnya. Tergantung pada opsi yang Anda berikan
mungkin memangkas beberapa ujung gen untuk menangani terminator yang
sebagian tumpang tindih dengan gen. Kedua, di mana terminator "dimulai"
tidak terdefinisi dengan baik. Bidang ini dimaksudkan hanya untuk pemeriksaan kewarasan
(terminator yang dilaporkan sebagai yang terbaik di dekat ujung gen seharusnya tidak
_terlalu jauh_ dari akhir gen).

MENGGUNAKAN TRANSTER TANPA GENOM ANOTASI
TransTermHP menggunakan informasi gen yang diketahui hanya untuk 3 hal: (1) menandai putatif
terminator sebagai "gen dalam" atau "intergenik", (2) memilih latar belakang GC-
persentase konten untuk menghitung skor, karena gen sering kali memiliki konten GC yang berbeda
daripada daerah intergenik, dan (3) menghasilkan keluaran yang sedikit lebih mudah dibaca. Item (1)
dan (3) tidak benar-benar diperlukan, dan (2) tidak berpengaruh jika gen Anda hampir sama
GC-konten sebagai wilayah intergenik Anda.

Sayangnya, TransTermHP belum memiliki opsi sederhana untuk dijalankan tanpa anotasi
file (baik .ptt atau .coords), dan membutuhkan setidaknya 2 gen untuk hadir. Solusinya
adalah membuat gen kecil palsu yang mengapit setiap kromosom. Untuk melakukan ini, buat fake.coords
file yang hanya berisi dua baris ini:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

di mana L adalah panjang urutan input dan L-1 kurang dari 1 panjang input
urutan. "chrom_id" harus berupa kata yang langsung mengikuti ">" di file .fasta
berisi urutan Anda. (Jika, misalnya, file .fasta Anda dimulai dengan ">seq1", maka
chrom_id = seq1).

Ini menciptakan anotasi "palsu" dengan dua gen 1-pangkalan yang mengapit urutan dalam a
pengaturan ekor-ke-ekor: --> <--. TransTermHP kemudian dapat dijalankan dengan:

transterm -p expterm.dat sequence.fasta fake.coords

Jika kandungan G/C di daerah intergenik Anda hampir sama dengan gen Anda, maka ini
tidak akan terlalu berpengaruh pada skor yang diterima terminator. Di samping itu,
penggunaan TransTermHP ini belum banyak diuji sama sekali, jadi sulit untuk menjaminnya
akurasi.

Gunakan 2ndscore online menggunakan layanan onworks.net