Ini adalah aplikasi Linux bernama NGSEP untuk dijalankan di Linux online yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai NGSEPcore_4.0.1.jar. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama NGSEP ini untuk dijalankan di Linux online dengan OnWorks secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
Tangkapan layar
Ad
NGSEP untuk dijalankan di Linux online
DESKRIPSI
NGSEP adalah kerangka kerja terintegrasi untuk analisis data sekuensing throughput tinggi DNA. Penggunaan utama NGSEP adalah konstruksi dan analisis hilir dari kumpulan data besar variasi genom. NGSEP melakukan deteksi akurat dan genotipe Varian Nukleotida Tunggal (SNV), indel kecil dan besar, pengulangan tandem pendek (STR), inversi, dan Varian Nomor Salin (CNV). NGSEP juga menyediakan modul untuk anotasi fungsional, pemfilteran, konversi format, perbandingan, pengelompokan, imputasi, analisis introgresi, dan berbagai jenis statistik. Daftar lengkap fungsi tersedia di wiki kami (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).BERITA: Kami baru saja menyediakan rilis baris perintah pertama dari versi 4, termasuk implementasi kami sendiri dari aligner baca berbasis indeks FM. Penggunaan baris perintah distandarisasi di seluruh aplikasi. Harap luangkan waktu untuk memperbarui skrip untuk meningkatkan ke versi baru ini. Rincian lebih lanjut tersedia di wiki.
Fitur
- Deteksi SNP, CNV, dan Varian Struktural
- Penyelarasan bacaan mentah ke genom referensi
- Manipulasi VCF: anotasi fungsional, gabungkan, filter, bandingkan, konversi format, imputasi
- Perhitungan dan plot statistik SAM/BAM dan VCF
- Membaca Demultiplexing
- Penyelarasan rakitan genom beranotasi
- Statistik dan pemfilteran pada annptasi transkriptom dalam format GFF3
Para penonton
Industri Kesehatan, Sains/Penelitian, Audiens Lainnya, Pertanian
User interface
Java SWT, Konsol/Terminal, Eclipse
Bahasa Pemrograman
Jawa
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
