infernale - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

Infernale - analisi della sequenza utilizzando profili di sequenza di RNA e struttura secondaria
consenso

SINOSSI

cmallinea
Allineare le sequenze a un modello di covarianza

cmcostruire
Costruire modelli di covarianza da sequenze multiple di RNA strutturalmente annotate
allineamento/i

cmcalibrare
Adatta le code esponenziali per la determinazione del valore E del modello di covarianza

cmconvert
Converti i file del modello di covarianza infernale

cmemit
Sequenze di campioni da un modello di covarianza

cmfetch
Recupera i modelli di covarianza da un file

cmpress
Preparare un database del modello di covarianza per cmscan

cmscan
Sequenze di ricerca rispetto a un database del modello di covarianza

cmcerca
Cerca modelli di covarianza rispetto a un database di sequenze

cmstat
statistiche riassuntive per un file di modello di covarianza

DESCRIZIONE

Infernal è una suite di diversi programmi per l'allineamento strutturale della sequenza di RNA e il database
ricerca di omologia. Utilizza modelli probabilistici chiamati "modelli di covarianza" (CM) per
rappresentano i probabili omologhi evolutivi di un allineamento multiplo (o sequenza singola) di
una famiglia di sequenze di RNA strutturale.

Insieme al database Rfam delle famiglie di RNA e dei CM associati
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal può essere usato per annotare omologhi di noti strutturali
Famiglie di RNA nei genomi.

Infernal è strettamente correlato alla suite di software HMMER per l'analisi della famiglia di sequenze utilizzando
HMM di profilo (http://hmmer.org), ma è progettato specificamente per la sequenza di RNA strutturale
famiglie. Oltre a modellare la sequenza conservata di una famiglia come fanno gli HMM di profilo,
I CM modellano la struttura secondaria conservata e ben nidificata (non pseudonodata) della famiglia come
bene. Di conseguenza, i metodi di ricerca e allineamento CM sono relativamente computazionali
caro. Infernal utilizza gli HMM di profilo come filtri e per derivare vincoli per rendere il
Metodi CM più pratici.

Infernal viene utilizzato in tre modalità principali: per cercare in un database di sequenze nuovi omologhi di an
famiglia di RNA (o annotare omologhi in un genoma); per cercare un database CM (come Rfam) per trovare
a quale famiglia nota appartiene una sequenza di query; e per costruire automaticamente grandi
allineamenti multipli (cioè con un numero effettivamente illimitato di sequenze) utilizzando un CM
rappresentante di una famiglia di sequenza.

Supponiamo di avere un allineamento di sequenze multiple annotate strutturalmente di una sequenza di RNA
famiglia di interesse e si desidera cercare in un database di sequenze ulteriori omologhi.
I cmcostruire il programma costruisce modelli di covarianza da più allineamenti e cmcalibrare
determina parametri importanti per stimare la significatività statistica del database
risultati al modello nelle ricerche successive.

I cmcerca il programma cerca CM(s) in un database di sequenze.

Supponiamo che tu abbia una o più sequenze che vuoi analizzare usando un database CM basato su Infernal
come Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). Il cmpress il programma formatta un modello di covarianza
(come il file che scaricheresti da Rfam) in un database binario Infernal. Il
cmscan il programma cerca le sequenze in quel database.

Supponiamo di voler allineare molte sequenze. Puoi costruire un piccolo gestibile
allineamento strutturale di un insieme rappresentativo di sequenze, costruire un CM con costruire, ed
Usa il cmallinea programma per allineare un numero qualsiasi di sequenze a quel CM.

Infernal include anche alcuni strumenti ausiliari per lavorare con grandi database CM. cmfetch
recupera uno o più CM da un database. cmstat stampa statistiche di riepilogo su un CM
file.

Per compatibilità con le versioni precedenti di Infernal, così come con HMMER, il cmconvert
programma converte i file CM in alcuni altri formati.

I cmemit il programma genera (simula) sequenze "omologhe" campionando da un CM. Esso
può anche generare una sequenza di "consenso".

Ogni programma ha la sua pagina man.

Usa infernal online usando i servizi onworks.net