Questo è il comando macs2_bdgpeakcall che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre numerose workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
macs2_bdgpeakcall - Analisi basata su modelli per il sequenziamento ChIP
DESCRIZIONE
utilizzo: macs2 bdgpeakcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]
[--analisi-cutoff] [--nessuna-traccia]
[--outdirDIROUT] (-o FILE | --o-prefisso OPREFISSO)
opzionale argomenti:
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-i FILE, --ifile IFILE
Punteggio MACS in bedGraph. OBBLIGATORIO
-c TAGLIARE, --tagliare TAGLIATO FUORI
Il taglio dipende dal metodo utilizzato per la traccia dello spartito. Se il file contiene
punteggi pvalue da MACS2, punteggio 5 significa pvalue 1e-5. DEFAULT: 5
-l MILLEN, --min-lunghezza MILLEN
lunghezza minima del picco, meglio impostarlo come valore d. DEFAULT: 200
-g MAXGAP, --max-gap DIG.MAX
distanza massima tra punti significativi in un picco, meglio impostarla come dimensione del tag.
PREDEFINITO: 30
--analisi-cutoff
Una volta impostato, bdgpeakcall analizzerà il numero o la lunghezza totale dei picchi che possono essere
chiamato da diversi cutoff quindi emette una tabella riassuntiva per aiutare l'utente a decidere una soluzione migliore
cutoff. Nota: minlen e maxgap possono influenzare i risultati. DEFAULT: Falso
--nessuna linea di traccia
Indica al MAC di non includere la trackline nei file bedGraph. La trackline è obbligatoria
di UCSC.
--dir FUORIDIR
Se specificato, tutti i file di output verranno scritti in quella directory. Predefinito: il
directory di lavoro corrente
-o FILE, --ofile OFLE
Nome del file di output. Si escludono a vicenda con --o-prefisso.
--o-prefisso OPREFISSO
Prefisso del file di output. Si escludono a vicenda con -o/--ofile.
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