canne - Online nel Cloud

PROGRAMMA:

NOME

rods - Preprocessore Raster3D per modelli a sfera e stick

SINOSSI

aste [-h] [-b] [-raggio R] [-Bcolore bmin bmax]

Canne legge un file che descrive i colori degli atomi e/o un file di coordinate PDB e produce un file
contenente i record del descrittore Raster3D. Il file prodotto da aste possono essere alimentati direttamente a
cedere oppure può essere combinato con file descrittori prodotti da altre utilità Raster3D.

ESEMPI

Per descrivere un semplice modello di soli legami colorati per tipo di residuo:

cat mycolours.pdb protein.pdb | canne | render > miaimmagine.png

Per rendere la stessa molecola di palla e bastone:

cat mycolours.pdb protein.pdb | aste -b | render > miaimmagine.png

VERSIONI

-h

Elimina i record di intestazione nell'output. Per impostazione predefinita aste produrrà un file di output che
inizia con i record di intestazione contenenti un set predefinito di opzioni di ridimensionamento e elaborazione.
. -h flag sopprimerà questi record di intestazione in modo che il file di output contenga solo
descrittori di oggetti. Questa opzione è utile per produrre file che descrivono solo una parte di
una scena, e che devono essere successivamente combinati con file descrittori prodotti da altri
programmi.

-b

Di default aste descriverà solo le obbligazioni; il flag -b farà sì che includa le sfere in
anche le posizioni dell'atomo, ottenendo una rappresentazione di palla e bastone.

-raggio R

Di default aste disegnerà legami come cilindri con un raggio di 0.2A. L'opzione raggio consente
per modificare questo raggio cilindrico.

-Bcolore bmin bmax

Assegna i colori in base ai valori B piuttosto che ai tipi di atomi o residui. Atomi con B <=
Bmin sarà colorato di blu scuro; gli atomi con B >= Bmax saranno colorati in rosso chiaro; atomi con
A Bmin < B < Bmax verranno assegnati colori che sfumano uniformemente attraverso lo spettro dal blu al
rosso.

DESCRIZIONE

L'ingresso a aste consiste in un singolo file di testo contenente informazioni sul colore e atomico
coordinate in formato PDB banca dati. Le coordinate vengono emesse come descrittore Raster3D
record con colori e raggi sfera assegnati secondo i record COLO descritti
sotto. Le figure a forma di palla e bastone hanno atomi disegnati a 0.2 * raggio di VanderWaals, collegati da
aste con un raggio cilindrico predefinito di 0.2 A. I legami sono tracciati per gli atomi che si trovano più vicini
tra loro di 0.6 * (somma dei raggi VanderWaals). Per impostazione predefinita, il file di output contiene
una serie di record di intestazione come richiesto dal cedere programma. L'intestazione è costruita per
includere una matrice TMAT corrispondente alla matrice di trasformazione contenuta nel file
configurazione.matrice (se esiste), o agli angoli euleriani contenuti in file angoli.di.impostazione (Se
esiste).

I colori vengono assegnati agli atomi utilizzando un processo di corrispondenza, utilizzando i record COLOR anteposti a
il file PDB di input. Se non sono presenti record COLOR nel file di input, gli atomi lo faranno
ricevere i colori CPK predefiniti (C=grigio, O=rosso, N=blu, S=giallo, P=verde, altro=magenta).
Raster3D utilizza un tipo di record pseudo-PDB con lo stesso layout di base del precedente ma con
COLO nelle prime 4 colonne:

colonne

1 - 4 COLORI

7 - 30 Maschera (descritta di seguito)

31 - 38 Componente rosso

39 - 46 Componente verde

47 - 54 Componente blu

raggio di 55 - 60 van der Waals ad Angstroms

61 - 80 Commenti

Nota che i componenti Rosso, Verde e Blu sono nelle stesse posizioni di X, Y e Z
componenti di un record ATOM o HETA e il raggio di van der Waals va al posto di
Occupazione. I componenti Rosso, Verde e Blu devono essere tutti nell'intervallo da 0 a 1.

Il campo Maschera viene utilizzato nel processo di corrispondenza come segue. Prima il programma legge in e
memorizza tutti i record ATOM, HETA e COLO nell'ordine di input. Poi passa attraverso ciascuno
memorizzato a turno il record ATOM/HETA e cerca un record COLO che corrisponda al record ATOM/HETA
record in tutte le colonne da 7 a 30. Il primo di questi record COLO da trovare determina
il colore e il raggio dell'atomo.

Affinché un record COLO possa fornire specifiche di colore e raggio per più di
un atomo (ad esempio, in base al residuo o al tipo di atomo, o qualsiasi altro criterio per il quale le etichette possono
da qualche parte nelle colonne da 7 a 30), il simbolo "#" viene utilizzato come carattere jolly. cioè un
# in un record COLO corrisponde a qualsiasi carattere nella colonna corrispondente in un ATOM o HETA
disco. Tutti gli altri caratteri devono corrispondere letteralmente per essere considerati una corrispondenza. Nota che il
l'ultimo record COLO nell'input dovrebbe avere simboli # in tutte le colonne da 7 a 30 pollici
per fornire un colore per qualsiasi atomo il cui record ATOM/HETA non corrisponde a nessun precedente
COLORE record. Questa idea di abbinare le maschere per le specifiche del colore è dovuta a Colin
Portato avanti.

AMBIENTE

I file setup.matrix e setup.angles, se esistono, influiscono sui record di intestazione prodotti
by aste.

FONTE

sito web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

contattare:
Ethan A Merritt
Università di Washington, Seattle WA 98195
merritt@u.washington.edu

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