Questa è l'app Linux denominata NGSEP, eseguibile online su Linux, la cui ultima versione può essere scaricata come NGSEPcore_4.0.1.jar. Può essere eseguita online sul provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata NGSEP per eseguirla gratuitamente su Linux online con OnWorks.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
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NGSEP verrà eseguito online su Linux
DESCRIZIONE
NGSEP è un framework integrato per l'analisi di dati di sequenziamento ad alto rendimento del DNA. L'utilizzo principale di NGSEP è la costruzione e l'analisi a valle di grandi set di dati di variazione genomica. NGSEP esegue il rilevamento e la genotipizzazione accurati di varianti di singolo nucleotide (SNV), indel piccoli e grandi, brevi ripetizioni in tandem (STR), inversioni e varianti del numero di copie (CNV). NGSEP fornisce anche moduli per l'annotazione funzionale, il filtraggio, la conversione di formato, il confronto, il clustering, l'imputazione, l'analisi di introgressione e diversi tipi di statistiche. Un elenco completo delle funzionalità è disponibile nella nostra wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NOVITÀ: Abbiamo appena rilasciato la prima versione da riga di comando della versione 4, inclusa la nostra implementazione di un allineatore di letture basato su indici FM. L'utilizzo della riga di comando è stato standardizzato per l'intera applicazione. Vi preghiamo di dedicare del tempo ad aggiornare gli script per l'aggiornamento a questa nuova versione. Ulteriori dettagli sono disponibili nel wiki.
Caratteristiche
- Rilevamento di SNP, CNV e varianti strutturali
- Allineamento delle letture grezze a un genoma di riferimento
- Manipolazione VCF: annotazione funzionale, unione, filtro, confronto, conversione di formato, imputazione
- Calcolo e tracciamento delle statistiche SAM/BAM e VCF
- Demultiplexing delle letture
- Allineamento degli assemblaggi del genoma annotati
- Statistiche e filtraggio sulle assegnazioni del trascrittoma in formato GFF3
Pubblico
Settore sanitario, Scienza/Ricerca, Altro pubblico, Agricoltura
Interfaccia utente
Java SWT, Console/Terminale, Eclipse
Linguaggio di programmazione
Java
Questa applicazione può essere scaricata anche da https://sourceforge.net/projects/ngsep/. È ospitata su OnWorks per poter essere eseguita online nel modo più semplice da uno dei nostri sistemi operativi gratuiti.
