Questa è l'app Linux denominata iCAS - An Illumina Clone Assembly System da eseguire in Linux online la cui ultima versione può essere scaricata come icas_v062.tar.bz2. Può essere eseguito online nel provider di hosting gratuito OnWorks per workstation.
Scarica ed esegui online questa app denominata iCAS - An Illumina Clone Assembly System da eseguire in Linux online con OnWorks gratuitamente.
Segui queste istruzioni per eseguire questa app:
- 1. Scaricata questa applicazione sul tuo PC.
- 2. Entra nel nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 3. Carica questa applicazione in tale file manager.
- 4. Avviare l'emulatore online OnWorks Linux o Windows online o l'emulatore online MACOS da questo sito Web.
- 5. Dal sistema operativo OnWorks Linux che hai appena avviato, vai al nostro file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con il nome utente che desideri.
- 6. Scarica l'applicazione, installala ed eseguila.
iCAS - Un sistema di assemblaggio di cloni Illumina da eseguire in Linux online
DESCRIZIONE:
Il sequenziamento clone per clone, come mezzo per ottenere assemblaggi di alta qualità per genomi grandi e complessi, continua ad essere di grande importanza nell'era del sequenziamento ad alto rendimento. Tuttavia, gli assiemi ottenuti utilizzando gli attuali assemblatori dell'intero genoma sono spesso frammentati e talvolta presentano problemi di completezza del genoma a causa delle diverse caratteristiche dei dati introdotte dal sequenziamento multiplex.Con iCAS il processo di filtraggio dei dati si basa su un nuovo algoritmo di frequenza kmer, che si traduce in letture di pre-assemblaggio quasi perfette. I contig vengono generati utilizzando diversi algoritmi di assemblaggio e quindi uniti insieme per ottenere una continuità più lunga. Il riallineamento di tutte le letture ai contigs della bozza e la ricalibrazione di ciascuna base di sequenza ottiene un consenso finale. Utilizzando cloni finiti per il controllo qualità, la pipeline è in grado di ottenere assemblaggi con una copertura di cloni del 99.7% e una qualità di base di consenso di Q39.
Sviluppato presso il Wellcome Trust Sanger Institute.
Pubblico
Scienza / Ricerca
Linguaggio di programmazione
Perl, Do
Questa è un'applicazione che può anche essere scaricata da https://sourceforge.net/projects/icas/. È stato ospitato in OnWorks per essere eseguito online nel modo più semplice da uno dei nostri Sistemi Operativi gratuiti.