תיעוד1.5.1. משתמש שורש יחיד כברירת מחדל
רוב הפצות הלינוקס מעודדות, באופן הגיוני למדי, שימוש בחשבון לא מוגן בזמן הפעלת המערכת ושימוש בכלי שירות כמו sudo כאשר יש צורך בהרשאות ניהול. זוהי עצה אבטחה נכונה, המספקת שכבת הגנה נוספת בין המשתמש לבין כל פקודות או פעולות של מערכת ההפעלה שעלולות להיות משבשות או הרסניות. זה נכון במיוחד עבור מערכות מרובות משתמשים, שבהן הפרדת הרשאות משתמש היא דרישה - התנהגות שגויה של משתמש אחד עלולה לשבש או להרוס את העבודה של משתמשים רבים.
מכיוון שניתן להפעיל כלים רבים הכלולים בקאלי לינוקס רק איתם שורש הרשאות, זהו חשבון המשתמש של Kali המוגדר כברירת מחדל. בניגוד להפצות לינוקס אחרות, לא תתבקש ליצור משתמש שאינו בעל הרשאה בעת התקנת Kali. המדיניות הספציפית הזו היא סטייה גדולה מרוב מערכות לינוקס ונוטה להיות מאוד מבלבלת עבור משתמשים פחות מנוסים. מתחילים צריכים להיות זהירים במיוחד בשימוש בקאלי מכיוון שרוב הטעויות ההרסניות מתרחשות כאשר פועלים עם הרשאות שורש.