זוהי הפקודה correct_abundances שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
correct_abundances - הפעל את שלב תיקון הדמיון של שפע הגנום
תַקצִיר
נכון_שפע שמות
תיאור
הפעל את שלב תיקון הדמיון.
הערה: למרות שניתן להפעיל את המפות לקריאה ביד או ליצור את הדמיון
מטריצה באופן ידני, אנו ממליצים בחום להשתמש בסקריפטים המסופקים של Python 'run_mappers.py'
ו-'create_similarity_matrix.py'.
אפשרויות
שמות: שם הקובץ של קובץ השמות; קובץ שמות הטקסט הפשוט צריך להכיל שם אחד לכל
קַו. השם משמש כמזהה בכל האלגוריתם.
-h, - עזרה
הצג הודעת עזרה זו וצא
-m SMAT, --מטריצת דמיון=SMAT
נתיב לקובץ מטריצת דמיון. יש ליצור את מטריצת הדמיון עם אותו הדבר
קובץ NAMES. [ברירת מחדל: ./similarity_matrix.npy]
-s SAM, --samfiles=SAM
דפוס המצביע על קבצי ה-SAM שנוצרו על ידי הממפ. מציין מיקום עבור השם
הוא "%s". [ברירת מחדל: ./SAM/%s.sam]
-b מַגָף, --bootstrap-samples=מַגָף
הגדר את מספר דגימות האתחול. השתמש ב-1 כדי להשבית את האתחול [ברירת מחדל: 100]
-o הַחוּצָה, --תְפוּקָה=החוצה
קובץ פלט טקסט רגיל המכיל את התוצאות. [ברירת מחדל: ./results.txt]
השתמש ב-correct_abundances באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net