זהו הפקודה coverageCount שניתן להפעיל בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות המרובות שלנו, כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS
תָכְנִית:
שֵׁם
coverageCount - ספירת הכיסוי של קריאות ממופה בכל מיקום בכללותו
גנום התייחסות
תיאור
coverageCount גרסה 1.5.0-p1
תוכנית זו מחשבת את הכיסוי של קריאות ממופה בכל מיקום
גנום הייחוס. זה יוצר קובץ בינארי עבור כל כרומוזום על ידי שרשור ה
רמות כיסוי כמספרים שלמים של 4 בתים.
נוֹהָג
coverageCount [אפשרויות] -i -o
טיעונים נדרשים:
-i
שם קובץ הקלט בפורמט SAM או BAM.
-o
קידומת של קבצי הפלט. כל קובץ פלט מכיל מספרים שלמים של ארבעה בתים
טיעונים אופציונליים:
--maxMOp המספר המרבי של פעולות 'M' המותרות במחרוזת CIGAR.
10 כברירת מחדל. הן 'X' והן '=' מטופלות כ- 'M' ופעולות 'M' סמוכות
התמזגו במחרוזת CIGAR.
coverageCount גרסה 1.5.0-p1
תוכנית זו מחשבת את הכיסוי של קריאות ממופה בכל מיקום
גנום הייחוס. זה יוצר קובץ בינארי עבור כל כרומוזום על ידי שרשור ה
רמות כיסוי כמספרים שלמים של 4 בתים.
נוֹהָג
coverageCount [אפשרויות] -i -o
טיעונים נדרשים:
-i
שם קובץ הקלט בפורמט SAM או BAM.
-o
קידומת של קבצי הפלט. כל קובץ פלט מכיל מספרים שלמים של ארבעה בתים
טיעונים אופציונליים:
--maxMOp המספר המרבי של פעולות 'M' המותרות במחרוזת CIGAR.
10 כברירת מחדל. הן 'X' והן '=' מטופלות כ- 'M' ופעולות 'M' סמוכות
התמזגו במחרוזת CIGAR.
השתמש ב-coverageCount באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net