זוהי הפקודה gmx-density שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
gmx-density - חשב את צפיפות המערכת
תַקצִיר
צפיפות gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-יי [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[עַכשָׁיו] [-xvg ] [-d ]
[-סל ] [מאורות ] [-נג ] [-[אין]מרכז]
[-[לא]סימ] [-[אין] קרוב משפחה]
תיאור
GMX צפיפות מחשב צפיפויות חלקיות על פני התיבה, באמצעות קובץ אינדקס.
עבור הצפיפות הכוללת של סימולציות NPT, השתמש GMX אנרגיה במקום.
אפשרות -מֶרְכָּז מבצע את חלוקת ההיסטוגרמה יחסית למרכז של אובייקט שרירותי
קבוצה, בקואורדינטות מוחלטות של התיבה. אם אתם מחשבים פרופילים לאורך ציר Z של התיבה
ממד bZ, הפלט יהיה מ-bZ/2- עד bZ/2 אם תמרכזו על סמך המערכת כולה.
שימו לב שהתנהגות זו השתנתה ב-GROMACS 5.0; גרסאות קודמות ביצעו רק...
binging סטטי ב-(0,bZ) והזזנו את הפלט. כעת אנו מחשבים את המרכז עבור כל מסגרת
ו-bin בתוך (-bZ/2,bZ/2).
אפשרות סימ מסמטרי את הפלט סביב המרכז. פעולה זו תידלק אוטומטית
-מֶרְכָּז גם. אפשרות -קרוב משפחה מבצע את ה-binning בתיבה יחסית במקום בתיבה מוחלטת
קואורדינטות, ומגדיל את קנה המידה של הפלט הסופי עם ממד התיבה הממוצע לאורך הפלט
ציר. ניתן להשתמש בזה בשילוב עם -מֶרְכָּז.
הצפיפויות הן בק"ג/מ"ק, וניתן גם לציין צפיפויות מספר או צפיפויות אלקטרונים.
מחושב. עבור צפיפויות אלקטרונים, קובץ המתאר את מספר האלקטרונים עבור כל
יש לספק את סוג האטום באמצעות -ייזה אמור להיראות כך:
2
שם האטום = מספר אלקטרונים
שם האטום = מספר אלקטרונים
השורה הראשונה מכילה את מספר השורות לקריאה מהקובץ. צריכה להיות שורה אחת
שורה עבור כל שם אטום ייחודי במערכת שלך. מספר האלקטרונים עבור כל אטום הוא
שונה על ידי המטען החלקי האטומי שלו.
שיקולים חשובים עבור שכבות דו-שכבתיות
אחד מתרחישי השימוש הנפוצים ביותר הוא חישוב הצפיפות של קבוצות שונות.
על פני שכבת ליפידים דו-צדדית, בדרך כלל כאשר ציר z הוא הכיוון הנורמלי. בקיצור
סימולציות, מערכות קטנות וגדלי קופסאות קבועים זה יעבוד מצוין, אבל עבור יותר
שכבות דו-ליפידים במקרה כללי יכולות להיות מסובכות. הבעיה הראשונה היא שבעוד ששניהם
לחלבונים וליפידים יש דחיסות נפח נמוכה, ולליפידים יש שטח גדול למדי.
דחיסות. משמעות הדבר היא שצורת הקופסה (עובי ושטח/ליפיד) תשתנה
באופן משמעותי אפילו עבור מערכת רגועה לחלוטין. מכיוון ש-GROMACS מציב את הקופסה בין
מקור וקואורדינטות חיוביות, משמעות הדבר היא שדו-שכבה שבמרכזה התיבה
יתנוע מעט למעלה/למטה עקב התנודות הללו, וימרח את הפרופיל שלך. הכי קל
הדרך לתקן את זה (אם אתם רוצים צימוד לחץ) היא להשתמש ב -מֶרְכָּז אפשרות ש
מחשב את פרופיל הצפיפות ביחס למרכז התיבה. שימו לב שניתן
עדיין מתמקד בחלק הדו-שכבתי גם אם יש לך מערכת מורכבת לא סימטרית עם
דו-שכבתי, ונניח, חלבוני ממברנה - אז הפלט שלנו פשוט יכיל יותר ערכים על אחד מהם
צד של נקודת המקור (המרכזית).
אפילו חישוב ממורכז יוביל למריחה מסוימת של פרופילי הפלט, שכן
ליפידים עצמם דחוסים ומתרחבים. ברוב המקרים סביר להניח שתרצו זאת (מכיוון
זה מתאים לניסויים מקרוסקופיים), אבל אם אתם רוצים להסתכל על פרטים מולקולריים
אתה יכול להשתמש ב- -קרוב משפחה אפשרות לנסות להסיר עוד יותר מהשפעות הווליום
תנודות.
לבסוף, שכבות דו-שכבתיות גדולות שאינן כפופות למתח פנים יציגו מתח גלי
תנודות, שבהן נוצרים "גלים" במערכת. זהו דבר בסיסי
תכונה של המערכת הביולוגית, ואם אתם משווים לניסויים, סביר להניח ש
רוצה לכלול את אפקט המריחה הגלי.
אפשרויות
אפשרויות לציון קבצי קלט:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
מַסלוּל: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (אופציונלי)
קובץ אינדקס
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
קובץ קלט הפעלת xdr נייד
-יי [<.dat>] (electrons.dat) (אופציונלי)
קובץ נתונים כללי
אפשרויות לציון קבצי פלט:
-o [<.xvg>] (צפיפות.xvg)
קובץ xvgr/xmgr
אפשרויות אחרות:
-b (0)
מסגרת ראשונה (ps) לקריאה מהמסלול
-e (0)
מסגרת אחרונה (ps) לקריאה מהמסלול
-dt (0)
השתמש רק במסגרת כאשר t MOD dt = פעם ראשונה (ps)
-[עַכשָׁיו (לא)
צפה בפלט .xvg, .xpm, .eps ו .pdb קבצים
-xvg
עיצוב העלילה xvg: xmgrace, xmgr, none
-d (ז)
קח את הנורמלי על הממברנה בכיוון X, Y או Z.
-סל (50)
חלקו את הקופסה למספר זה של פרוסות.
מאורות (מִסָה)
צפיפות: מסה, מספר, מטען, אלקטרון
-נג (1)
מספר הקבוצות להן יש לחשב את הצפיפויות.
-[אין]מרכז (לא)
בצעו את החלוקה למרכז התיבה (המשתנה). שימושי עבור
שכבות דו-שכבתיות.
-[לא]סימ (לא)
סימטריז את הצפיפות לאורך הציר, ביחס למרכז. שימושי עבור
שכבות דו-שכבתיות.
-[אין] קרוב משפחה (לא)
השתמש בקואורדינטות יחסיות לשינוי תיבות וקנה מידה של הפלט לפי ממדים ממוצעים.
ידוע סוגיות
· בעת חישוב צפיפות אלקטרונים, משתמשים בשמות אטומים במקום בסוגים. זה רע.
השתמש ב-gmx-density באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net