זוהי הפקודה vcf-stats שניתן להריץ בספק האירוח החינמי של OnWorks באמצעות אחת מתחנות העבודה המקוונות החינמיות שלנו כגון Ubuntu Online, Fedora Online, אמולטור מקוון של Windows או אמולטור מקוון של MAC OS.
תָכְנִית:
שֵׁם
vcf-stats - סטטיסטיקה של קובץ VCF
תַקצִיר
סטטיסטיקות vcf [אפשרויות] file.vcf.gz
אפשרויות
-d, --מזבלה
קח קובץ dump קיים וצור מחדש את הקבצים (עובד עם -p)
-f, --מסננים
רשימת מסננים כגון עמודה/שדה (כל ערך), עמודה/שדה=bin:max (אשכול בתוך
(bins),column/field=value (ערך מדויק)
-p, -קידומת
קידומת של קבצי פלט. אם קיימים קו אלכסוני, ייווצרו ספריות.
-s, --דגימות
עבדו רק את הדגימות המפורטות, - ללא דגימות כלל. אי הכללת דגימות לא רצויות עלולה
להגביר את הביצועים באופן משמעותי.
-h, -?, - עזרה
הודעת עזרה זו.
דוגמאות
# חשב סטטיסטיקות בנפרד עבור שדה הסינון, האיכות וה-vcf-stats שאינם אינדלים
file.vcf.gz -f FILTER,QUAL=10:200,INFO/INDEL=שקר -p הַחוּצָה/
# חשב סטטיסטיקות עבור כל הדגימות vcf-stats file.vcf.gz -f פורמט/DP=10:200 -p הַחוּצָה/
# חשב סטטיסטיקות רק עבור קובץ ה-vcf-stats של הדוגמה NA00001 -f
דוגמה/NA00001/DP=1:200 -p הַחוּצָה/
vcf-stats file.vcf.gz > perl.dump
השתמש ב-vcf-stats באינטרנט באמצעות שירותי onworks.net