זוהי אפליקציית לינוקס בשם COGsoft, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד בשם COGsoft.04.19.2012.tgz. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל אונליין את האפליקציה הזו בשם COGsoft עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
COGsoft
Ad
תיאור
תוכנה ליצירת אשכולות של קבוצות אורתולוגיות (הכוללת את אלגוריתם EdgeSearch החדש). מקורות אחרונים: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.תכונות
- תיאור נקודות חוזק/חולשה של שיטות שונות: Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. שיטות חישוביות להסקת אורתולוגיה גנטית. Brief Bioinform. ספטמבר 2011;12(5):379-91. Epub 2011 ביוני 19. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- הפניה לאלגוריתם: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. אלגוריתם פולינומי נמוך להרכבת אשכולות של קבוצות אורתולוגיות מהתאמות סימטריות בין-גנומיות מיטביות. Bioinformatics. 2010 ביוני 15;26(12):1481-7. Epub 2010 במאי 2. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- סקירה טובה/יסודית של אורתולוגים/COGs: Koonin EV. אורתולוגים, פאראלוגים וגנומיקה אבולוציונית. Annu Rev Genet. 2005;39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- מאמר מקורי של COG: Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. פרספקטיבה גנומית על משפחות חלבונים. Science. 1997 באוקטובר 24;278(5338):631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- מסד נתונים של COG: Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. מסד הנתונים של COG: כלי לניתוח בקנה מידה גנומי של תפקודי חלבונים ואבולוציה. Nucleic Acids Res. 2000 בינואר 1;28(1):33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- אתר האינטרנט של מעבדת קונין: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- אתר FTP רשמי: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (אם כי כרגע, קובץ ה-readme מצביע רק לדף sourceforge)
קהל
מדע/מחקר
ממשק משתמש
שורת הפקודה
שפת תכנות
C + +
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.
