זוהי אפליקציית הלינוקס בשם iCAS - An Illumina Clone Assembly System לרוץ בלינוקס מקוון שניתן להוריד את המהדורה האחרונה שלה כ-icas_v062.tar.bz2. ניתן להפעיל אותו באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks עבור תחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם iCAS - מערכת משובטים של Illumina להפעלה בלינוקס באופן מקוון עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
iCAS - מערכת משובטים של Illumina להפעלה בלינוקס אונליין
תיאור:
ריצוף שיבוט אחר שיבוט, כאמצעי להשגת מכלולים באיכות גבוהה עבור גנומים גדולים ומורכבים, ממשיך להיות בעל רלוונטיות רבה בעידן של ריצוף תפוקה גבוהה. עם זאת, מכלולים המתקבלים באמצעות מרכיבי גנום שלם נוכחיים לרוב מפוצלים ולעיתים יש בעיות של שלמות הגנום עקב מאפייני נתונים שונים המוכנסים על ידי ריצוף מרובה.עם iCAS תהליך סינון הנתונים מבוסס על אלגוריתם חדש של תדר קמר, וכתוצאה מכך קריאות כמעט מושלמות לפני הרכבה. קונטיגים נוצרים באמצעות אלגוריתמי הרכבה שונים ולאחר מכן מתמזגים יחד כדי להשיג המשכיות ארוכה יותר. יישור מחדש של כל הקריאות בחזרה לרצף הטיוטה וכיול מחדש של כל בסיס רצף משיג קונצנזוס סופי. באמצעות שיבוטים מוגמרים עבור QC, הצינור מסוגל להשיג מכלולים עם כיסוי שיבוט של 99.7% ואיכות בסיס קונצנזוס של Q39.
פותח במכון Wellcome Trust Sanger.
קהל
מדע/מחקר
שפת תכנות
פרל, סי
זוהי אפליקציה שניתן להביא גם מ-https://sourceforge.net/projects/icas/. זה התארח ב-OnWorks על מנת להפעיל אותו באינטרנט בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.