これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドデーンです。
プログラム：
NAME
dan-核酸の融解温度を計算します
SYNOPSIS
ダン -シーケンス セコール -ウィンドウサイズ 整数 -シフトインクリメント 整数 -dnaconc フロート
-塩濃度 フロート [-製品 トグル] -ホルムアミド フロート -ミスマッチ フロート -プロドレン 整数
[-サーモ トグル] -温度 フロート -RNA ブール値 -プロット トグル -mintemp フロート
-グラフ キシグラフ -outfile レポート
ダン -助けて
DESCRIPTION
ダン EMBOSS（「EuropeanMolecular Biology OpenSoftware」のコマンドラインプログラムです。
スイート"）。 これは、「Nucleic：Properties、Nucleic：Composition」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
必須
-ウィンドウサイズ 整数
シーケンスの融点およびその他の熱力学的特性の値は次のとおりです。
ウィンドウと呼ばれる短いシーケンスを取得し、
そのウィンドウのシーケンスのプロパティ。 ウィンドウは、に沿って段階的に移動します
新しい位置ごとにプロパティが計算されるシーケンス。 デフォルト値：20
-シフトインクリメント 整数
これは、ウィンドウを見つけるために各増分で移動される量です。
シーケンスに沿った融点およびその他の特性。 デフォルト値：1
-dnaconc フロート
デフォルト値：50。
-塩濃度 フロート
デフォルト値：50。
NEW
プロダクト オプション
-製品 トグル
これにより、ホルムアミドの割合、許容されるミスマッチの割合、および製品の長さが求められます。
-ホルムアミド フロート
これは、計算に使用されるホルムアミドのパーセントを指定します（ただし、
-製品を使用しています）。 デフォルト値：0。
-ミスマッチ フロート
これは、計算で使用される不一致の割合を指定します（ただし、
-製品を使用しています）。 デフォルト値：0。
-プロドレン 整数
これは、計算で使用される製品の長さを指定します（ただし、
-製品を使用しています）。 デフォルト値：$（windowsize）
熱力学 オプション
-サーモ トグル
シーケンスウィンドウのDeltaG、DeltaH、DeltaS値を出力データに出力します
ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
-温度 フロート
-thermoが指定されている場合、これは
DeltaG、DeltaH、およびDeltaSの値を計算します。 デフォルト値：25。
高機能
-RNA ブール値
これは、シーケンスがRNAシーケンスであり、DNAシーケンスではないことを指定します。
出力
-プロット トグル
これが指定されていない場合は、出力データのファイルが生成されます。指定されていない場合は、
シーケンスに沿った融点が生成されます。
-mintemp フロート
プロットの温度スケール（y軸）の最小値を入力します。 デフォルト値：
55.
-グラフ キシグラフ
-outfile レポート
プロットが作成されていない場合は、各ウィンドウの融点などのデータ
シーケンスに沿ってファイルに出力されます。
onworks.netサービスを使用してオンラインでデーンを使用する