これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-helix です。
プログラム：
NAME
gmx-helix - アルファヘリックスの基本特性を計算する
SYNOPSIS
gmx ヘリックス [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-cz [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-r0 ] [-[no] q] [-[いいえ]F]
[-[いいえ]db] [-[いいえ]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]
DESCRIPTION
GMX ヘリックス あらゆる種類のらせんプロパティを計算します。 まず、ペプチドをチェックして見つけます。
水素結合とファイ/プサイ角度によって決定される最長の螺旋部分。 そのビットは
理想的な螺旋にフィット z-軸であり、原点を中心としています。 そうして
次のプロパティが計算されます。
・らせん半径（やすり 半径.xvg）。 これは単なる XNUMX 次元の RMS 偏差です。
すべてのアルファ原子に対して。 sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) として計算されます。ここで、N は
バックボーン原子の数。 理想的な螺旋の半径は 0.23 nm です。
・ツイスト（ヤスリ） ツイスト.xvg）。 残基ごとの平均らせん角が計算されます。 のために
αヘリックスの場合は100度、3～10ヘリックスの場合はより小さくなり、5ヘリックスの場合は小さくなります。
もっと大きくなります。
· 残基あたりの上昇 (ファイル 上昇.xvg）。 残基あたりのらせん上昇は次のようにプロットされます。
の違い z-α原子間の配位。 理想的なヘリックスの場合、これは 0.15 nm です。
・総ヘリックス長（やすり len-ahx.xvg）。 らせんの全長 (nm)。 これは
単純に、平均増加量 (上記を参照) にヘリックス残基の数 (下記を参照) を掛けたものです。
· らせん双極子、バックボーンのみ (やすり dip-ahx.xvg).
· 理想的なヘリックスからの RMS 偏差。α 原子のみについて計算されます (ファイル
rms-ahx.xvg).
· 平均カルファ - カルファ二面角 (ファイル ファイ-ahx.xvg).
· 平均ファイ角と psi 角 (ファイル phipsi.xvg).
· Hirst と Brooks による 222 nm での楕円率。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
出力ファイルを指定するオプション：
-cz [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-r0 (1)
シーケンス内の最初の残基番号
-[no] q （いいえ）
すべてのステップでシーケンスのどの部分がらせん状であるかを確認します
-[いいえ]F （はい）
完璧な螺旋へのフィットを切り替えます
-[いいえ]db （いいえ）
プリントデバッグ情報
-[いいえ]ev （いいえ）
ED 用の新しい「軌跡」ファイルを作成します
-ahxstart (0)
ヘリックスの最初の残基
-ahxend (0)
ヘリックスの最後の残基
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-helix を使用する