これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド insegt です。
プログラム：
NAME
insegt - 注釈付きの第 XNUMX 世代シーケンス データとの交差
SYNOPSIS
インセグト [オプション]
DESCRIPTION
INSEGT は、RNA-Seq リード (シングルエンドまたはペアエンド) のアライメントを分析するツールです
遺伝子アノテーションを使用することによって。
INSEGT への入力は、アライメントを含む SAM ファイルと、
GFF または GTF 形式の参照ゲノムのアノテーション。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示します。
- バージョン
バージョン情報を表示
オプション: :
-ろ, --読み取り出力 FILE
読み取り出力用の出力ファイル名。マップされた注釈とその後に続くものが含まれます。
親の注釈。 有効なファイルタイプは gff です。
-に, --anno-output FILE
anno-output の出力ファイル名。GFF と同様の注釈が含まれます。
入力に加えて、マッピングされた読み取りの数と正規化された式
RPKM のレベル。 有効なファイルタイプは gff です。
〜へ, --タプル出力 FILE
タプル出力の出力ファイル名。読み取りまたは読み取りによって接続されたエクソン タプルが含まれます。
メイトペア。 有効なファイルタイプは gff です。
-NS, --融合出力 STR
遺伝子融合のエクソンタプルを含む融合出力の出力ファイル名
(詳細オプション。現在、KNIME の出力ポートはありません)。 gffのXNUMXつ。
-n, --n倍 INT
ntuple デフォルト: 2。
-o, --オフセット間隔 INT
検索のための短いアライメント間隔へのオフセット。 デフォルト: 5。
-t, --しきい値ギャップ INT
アライメントの許容ギャップ (イントロンではない) のしきい値。 デフォルト: 5。
-c, --しきい値カウント INT
最小のしきい値。 出力用のタプルの数。 デフォルト: 1。
-r, --しきい値-rpkm ダブル
最小のしきい値。 出力用のタプルの RPKM。 デフォルト: 0.0。
-m, --最大タプル
maxTuple (読み取り全体にまたがる) のみを作成します。
-e, --正確な ntuple
正確な長さ n のタプルのみを作成します。 デフォルトでは、指定された長さまでのすべてのタプル
計算されます（場合 -m 設定され、 -e 無視されます)。
-u, --不明な方向
読み取りの方向は不明です。
例
差し込む
例/alignments.sam 例/annotations.gff
デフォルトのパラメーターを使用してサンプル ファイルに対して INSEGT を実行します。
差し込む -m 例/alignments.sam 例/annotations.gff
サンプル ファイルに対して INSEGT を実行し、maxTuple のみを計算します。
差し込む -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
サンプル ファイルに対して INSEGT を実行し、最小値を持つタプルのみを出力します。 2を数えます。
VERSION
insegt バージョン: 1.0 最終更新日 2012-09-11
onworks.net サービスを使用してオンラインで insegt を使用する