これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド macsXNUMX_bdgpeakcall です。
プログラム：
NAME
macs2_bdgpeakcall - ChIP シーケンスのためのモデルベースの解析
DESCRIPTION
使用法: macs2 bdgpeakcall [-h] -i IFILE [-c CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP]
[--カットオフ分析] [--トラックラインなし]
[--outdir OUTDIR] (-o ファイル | --o-プレフィックス 接頭辞)
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-i IFILE、 --ifile IFILE
bedGraph の MACS スコア。 必須
-c 切り落とす、 - 切り落とす を中断する
カットオフは、スコアトラックに使用した方法によって異なります。 ファイルに次の内容が含まれている場合
MACS2 からの pvalue スコア、スコア 5 は pvalue 1e-5 を意味します。 デフォルト: 5
-l ミンレン、 -最小長 ミンレン
ピークの最小長を d 値として設定することをお勧めします。 デフォルト: 200
-g MAXGAP、 --最大ギャップ マックスギャップ
ピーク内の重要なポイント間の最大ギャップ。それをタグ サイズとして設定することをお勧めします。
デフォルト：30
--カットオフ分析
設定すると、bdgpeakcall は、ピークの数または合計の長さを分析します。
異なるカットオフで呼び出され、ユーザーがより良い決定を下すのに役立つ要約テーブルを出力します。
切り落とす。 minlen と maxgap は結果に影響を与える可能性があることに注意してください。 デフォルト: 偽
--トラックラインなし
bedGraph ファイルにトラックラインを含めないように MACS に指示します。 トラックラインは必須です
UCSCによる。
--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ
-o OFILE、 --ofile ファイル
出力ファイル名。 相互排他的 --o-プレフィックス.
--o-プレフィックス オペフィックス
出力ファイルの接頭辞。 相互排他的 -o/-ofile。
onworks.net サービスを使用してオンラインで macs2_bdgpeakcall を使用する