mia-3dprealign-nonrigid - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mia-3dprealign-nonrigid - 一連の 3D 画像のレジストレーション。

SYNOPSIS

mia-3dprealign-nonrigid -i -o [オプション]

DESCRIPTION

mia-3dprealign-nonrigid このプログラムは、画像シリーズの非剛体レジストレーションを実行します。
最初に、画像の既に位置合わせされたサブセットを XNUMX つの参照に登録し、次に
合成参照を使用して残りの画像を登録します。 は G の 3D バージョンです。
Wollny、MJ Ledesma-Cabryo、P.Kellman、および A.Santos による「準周期性の活用
自由呼吸の運動補正」、IEEE Transactions on Medical Imaging、 29（8）、2010。

OPTIONS

ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); イオ
命名パターンに従って画像を入力 nameXXXX.ext 対応ファイルの場合
タイプについては、PLUGINS:3dimage/io を参照してください。

-o --out-file=(出力、必須); イオ
C 形式の文字列として指定された登録済みファイルのファイル名ベース サポート対象
ファイルの種類は PLUGINS:3dimage/io を参照

--保存参照
合成参照をファイル refXXXX.v に保存します

前提条件 & 前処理
-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップするシリーズの最初の画像をスキップする

--preskip=20
高検索時、先頭画像スキップ＋シリーズスキップ
contrats image検索時に先頭の画像をスキップ+シリーズのスキップ
高いコントラクトのイメージ

--postskip=2
高いコントラクトを検索する場合、シリーズの最後にある画像をスキップします
imageハイ コントラクトを検索する場合、シリーズの最後にある画像をスキップする
画像

--max-candidates=20
グローバル参照イメージの候補の最大数の最大数
グローバル参照画像の候補

-S --cost-series=image:cost=[ngf:eval=ds]
seriesの解析に使用するConst関数使用するConst関数
シリーズの分析用 サポートされているプラ​​グインについては、
プラグイン:3dimage/fullcost

--ref-idx=
参照インデックス番号をこのファイルに保存

-R --グローバル参照=-1
参照インデックス番号をこのファイルに保存 参照インデックス番号をこのファイルに保存
file

-D --最大サブセットデルタ=0
事前に整列されたサブセットの XNUMX つの要素間の最大デルタ最大デルタ
事前に整列されたサブセットの XNUMX つの要素間

参加申し込み
-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.01
最小化に使用されるオプティマイザー最小化に使用されるオプティマイザー
サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。

-l --mr-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル

-f --transForm=スプライン
変換タイプ変換タイプ サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/transform

-1 --cost-subset=image:cost=[ngf:eval=ds]
サブセット登録時の登録のコスト関数Cost function
サブセット登録中の登録についてサポートされているプラ​​グインについては、
プラグイン:3dimage/fullcost

-2 --cost-final=イメージ:コスト=SSD
最終登録時の登録のコスト関数Cost function
最終登録時の登録について サポートされているプラ​​グインについては、
プラグイン:3dimage/fullcost

カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する

-著作権
著作権情報を印刷する

-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する

-? - 使用法
短いヘルプを印刷する

- バージョン
バージョン番号を出力して終了します

処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。

プラグイン: 1d/空間カーネル

cdiff 中央差分フィルター カーネル、ミラー境界条件が使用されます。

(パラメータなし)

ガウス 空間ガウス フィルター カーネル、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; [0, inf) の単位
フィルター幅の半分。

プラグイン: 1d/スプラインbc

ミラー 境界上でミラーリングされるスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

繰り返す 境界で値を繰り返すスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

ゼロ 外側の値をゼロと仮定するスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

プラグイン: 1d/スプラインカーネル

bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。

d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。

オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。

プラグイン: 3D画像/コンバイナ

絶対差 画像結合器「absdiff」

(パラメータなし)

加えます 画像結合器「追加」

(パラメータなし)

div要素 画像結合器「div」

(パラメータなし)

MUL 画像結合器「mul」

(パラメータなし)

以下 画像結合器「サブ」

(パラメータなし)

プラグイン: 3次元画像/コスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

mi スプライン parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメータは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc 正規化された相互相関。

(パラメータなし)

NGF この関数は、正規化された勾配に基づいて画像の類似性を評価します。
田畑。 正規化された勾配フィールド $ _S$ の src 画像と $ _R$ の
ref image さまざまなエバリュエーターが実装されています。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

評価する = ds; 口述
プラグインのサブタイプ (sq、ds、dot、cross)。 サポートされている値は次のとおりです。
ds ‐ スケール差の二乗
ドット ‐ スカラー積カーネル
クロス ‐ 外積カーネル

SSD 3D 画像のコスト: 差の二乗和、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

自動脱穀 = 0; [0, 1000] の浮動小数点数
強度値のみを取得して動画の自動マスキングを使用する
指定されたしきい値よりも大きいため。

ノルム = 0; ブール
メトリックを画像のピクセル数で正規化するかどうかを設定します。

ssd-自動マスク
3D 画像コスト: 差の二乗和、指定された値に基づく自動マスキング
しきい値、サポートされているパラメータは次のとおりです。

しき = 0; ダブル
参照画像の強度のしきい値。

スレッシュ = 0; ダブル
ソース画像の強度のしきい値。

プラグイン: 3D画像/フィルター

バンドパス 強度バンドパス フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

マックス = 3.40282e+38; 浮く
バンドの最大値。

分 = 0; 浮く
バンドのミニマム。

二値化する 画像二値化フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

マックス = 3.40282e+38; 浮く
許容範囲の最大値。

分 = 0; 浮く
許容範囲の最小値。

閉じる 形態学的に近い場合、サポートされているパラメータは次のとおりです。

ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。

形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

コンバイナ 指定された結合演算子を使用して XNUMX つの画像を結合します。 「リバース」がに設定されている場合
false の場合、最初の演算子はフィルター パイプラインを通過した画像であり、
XNUMX 番目のイメージは、「image」パラメータで指定されたファイルからロードされます。
フィルターが実行される瞬間、サポートされるパラメーターは次のとおりです。

画像 =(入力、必須、文字列)
コンバイナーで必要な XNUMX 番目のイメージ。

op =(必須、工場出荷時)
画像に適用される画像コンバイナー。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/combiner

逆 = 0; ブール
画像がコンバイナーに渡される順序を逆にします。

変換 画像ピクセル形式変換フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

a = 1; 浮く
線形変換パラメータ ａ．

b = 0; 浮く
線形変換パラメータ ｂ．

地図 = オプト; 口述
変換マッピング。 サポートされている値は次のとおりです。
オプト ‐ 実際の入力範囲をマップする線形変換を適用します。
全出力範囲
範囲 ‐ 入力データ型をマッピングする線形変換を適用する
range から出力データ型の範囲まで
copy ‐ 変換時にデータをコピーする
線形 ‐ 線形変換 x -> a*x+b を適用します
オプトスタット ‐ 入力平均に基づいてマッピングする線形変換を適用し、
全出力範囲までの変動

担当者 = ubyte; 口述
出力ピクセルタイプ。 サポートされている値は次のとおりです。
なし ‐ ピクセルタイプが定義されていません
フロート ‐ 浮動小数点 32 ビット
バイト ‐ 符号付き 8 ビット
ウーロン ‐ 符号なし64ビット
‐ 浮動小数点 64 ビット
シント ‐ 符号付き 32 ビット
ショート ‐ 符号なし16ビット
短い ‐ 符号付き 16 ビット
uint ‐ 符号なし32ビット
長い ‐ 符号付き 64 ビット
ビット ‐ バイナリデータ
ユバイト ‐ 符号なし8ビット

作物 画像の領域をトリミングします。領域は常に元の画像に固定されます
指定された範囲が維持されるという意味でのサイズ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

end = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; ストリーミング可能
トリミング範囲の終わり、最大値 = (-1,-1,-1)。

start = [[0,0,0]]; ストリーミング可能
トリミング範囲の始まり。

膨張する 3D 画像スタック拡張フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。

形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

距離 画像の 3D 距離変換を評価します。 画像がバイナリマスクの場合、
各点の距離変換の結果はユークリッドに対応します。
マスクまでの距離。 入力画像がスカラー ピクセル値の場合、
このスカラーはハイフィールドとして解釈され、ピクセルごとの値が
距離。

(パラメータなし)

ダウンスケール 指定されたブロック サイズを使用して入力イメージをダウンスケールし、ダウンスケールを定義します。
要素。 スケーリングの前に、画像は平滑化フィルターによってフィルター処理されます。
高周波データを除去し、エイリアシングアーチファクトを回避します。、サポートされています。
パラメータは次のとおりです。

b = [[1,1,1]]; 3dバウンド
ブロックサイズ。

bx = 1; [1, inf) の単位
x方向のブロックサイズ。

by = 1; [1, inf) の単位
y 方向のブロックサイズ。

bz = 1; [1, inf) の単位
z 方向のブロックサイズ。

kernel = ガウス; 弦
適用される平滑化フィルター カーネル、フィルターのサイズが推定されます
ブロックサイズに基づいて..

浸食する 3D イメージ スタック侵食フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。

形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

ガウス 等方性 3D ガウス フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [0, inf)
フィルター幅パラメーター。

学年 3D 画像から勾配ノルム フィルターへ

(パラメータなし)

グローマスク 入力バイナリ マスクと参照グレー スケール イメージを使用して領域拡張を実行します。
すでに追加されたピクセルの近傍ピクセルを追加することにより、ピクセルの値が低い場合に
指定されたしきい値を超える強度。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

分 = 1; 浮く
マスク成長の下限閾値。

参照 =(入力、必須、文字列)
マスク領域拡張の参照画像。

形状 = 6n; 工場
近所のマスク。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

転倒 強度反転フィルター

(パラメータなし)

アイソボクセル このフィルタは画像を拡大縮小してボクセル サイズを等長にし、そのサイズを
指定された値に対応する場合、サポートされているパラメータは次のとおりです。

インタープ = [bspline:d=3]; 工場
使用する補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

サイズ = 1; (0, inf) の浮動小数点
等尺性ターゲットボクセルサイズ。

kmeans 3D 画像の K-means フィルター。 出力イメージでは、ピクセル値は
クラス メンバーシップとクラス センターは、画像内の属性として保存されます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

c = 3; int in [2, inf)
クラスの数。

ラベル バイナリ イメージの接続されたコンポーネントにラベルを付けるフィルター。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。

n = 6n; 工場
近所のマスク。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

ラベルマップ ラベル ID を再マッピングする画像フィルター。 整数値を持つ画像にのみ適用されます
強度/ラベル。サポートされているパラメータは次のとおりです。

地図 =(入力、必須、文字列)
ラベルマッピングファイル。

ラベルスケール
入力ですでに作成されている出力ボクセルのみを作成するフィルター
画像。 スケーリングは、ターゲットを選択する投票アルゴリズムを使用して行われます。
の特定のラベルの最大ピクセル数に基づくピクセル値
対応するソース領域。 領域が同じラベルを持つ XNUMX つのラベルで構成されている場合
count、小さい数字を持つものが勝ちます。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

アウトサイズ =(必須、3dbounds)
ターゲット サイズは、カンマ区切りの XNUMX つの値として指定されます。

負荷 ファイルから入力画像をロードし、それを使用してファイル内の現在の画像を置き換えます。
パイプライン。サポートされているパラメータは次のとおりです。

file =(入力、必須、文字列)
ロード元の入力ファイルの名前。

レベルダウンスケール
これはラベル投票ダウンスケール フィルターです。 3D 画像をブロック単位でダウンスケーリングします。
各ブロックについて、ブロック内で最も多く出現する (ゼロ以外の) ラベルは次のとおりです。
ターゲット イメージの出力ピクセルとして発行されます。 XNUMX つのラベルに同じ番号が表示される場合
多くの場合、絶対値が小さい方が優先されます。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

b = [[1,1,1]]; 3dバウンド
ダウンスケーリングのブロックサイズ。 各ブロックは XNUMX つのピクセルで表されます
対象の画像では…

mask 画像をマスクします。XNUMX つの画像はパラメータ リストから取得され、もう XNUMX つはパラメータ リストから取得されます。
通常のフィルター入力。 両方の画像は同じ寸法である必要があり、一方の画像は同じである必要があります。
バイナリであること。 フィルター パイプラインを通過する画像の属性は次のとおりです。
保存されています。 出力ピクセル タイプは、そうでない入力イメージに対応します。
バイナリ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

=(入力、必須、文字列)
XNUMX番目の入力画像ファイル名。

意味する 3D 画像平均フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。

中央値 メディアン 3D フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。

MLV 最小分散の平均 3D 画像フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。

msノーマライザー
3D 画像の平均シグマ正規化フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。

開いた 形態学的にオープンでサポートされているパラメータは次のとおりです。

ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。

形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。

向きを変える 3D 画像の方向変更フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

地図 = xyz; 口述
適用される方向マッピング。 サポートされている値は次のとおりです。
p-zxy ‐ x->y->z->x を並べ替えます
r-x180 ‐ X 軸を中心に時計回りに 180 度回転
XYZ ‐ 方向を保つ
p-yzx ‐ x->z->y->x を並べ替えます
r-z180 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 180 度回転
r-y270 ‐ y 軸を中心に時計回りに 270 度回転
f-xz ‐ xzを反転
fyz ‐ yzを反転
r-x90 ‐ X 軸を中心に時計回りに 90 度回転
r-y90 ‐ y 軸を中心に時計回りに 90 度回転
r-x270 ‐ X 軸を中心に時計回りに 270 度回転
r-z270 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 270 度回転
r-z90 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 90 度回転
f-xy ‐ xyを反転
r-y180 ‐ y 軸を中心に時計回りに 180 度回転

リサイズ 画像のサイズを変更します。 元のデータは、新しいサイズの画像の中央に配置されます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

サイズ = [[0,0,0]]; ストリーミング可能
画像の新しいサイズ。サイズ 0 は、そのサイズを維持することを示します。
対応する寸法..

サンドプ ソルトアンドペッパー 3D フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

脱穀 = 100; float in [0, inf)
しきい値。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。

階段 指定されたターゲット サイズに合わせて拡大縮小する 3D 画像フィルター。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

インタープ = [bspline:d=3]; 工場
使用する補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

s = [[0,0,0]]; 3dバウンド
すべてのコンポーネントを一度に設定するターゲット サイズ (コンポーネント 0: 入力画像を使用)
サイズ）。

sx = 0; [0, inf) の単位
x 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。

sy = 0; [0, inf) の単位
y 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。

sz = 0; [0, inf) の単位
y 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。

選択大きな 最も高い強度を表すバイナリマスクを作成するフィルター
ピクセル数。ピクセル値 0 は無視され、XNUMX つの強度が
ピクセル数が同じ場合、結果は未定義です。 入力ピクセルには
画素積分タイプ。

(パラメータなし)

セプコン 3D 画像強度の分離畳み込みフィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

kx = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルを x 方向にフィルターします。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel

ky = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルをy方向にフィルタリングします。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel

kz = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルを Z 方向にフィルターします。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel

ムハンマド 種を蒔いた水頭。 アルゴリズムは、初期値として正確に多くの領域を抽出します。
ラベルはシード イメージで指定されます。サポートされているパラメータは次のとおりです。

卒業生 = 0; ブール
入力画像をグラデーションとして解釈します。 。

マーク = 0; ブール
セグメント化された流域を特別なグレー スケール値でマークします。

n = [球:r=1]; 工場
水源地が成長する地域。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:3d画像/形状

シード =(入力、必須、文字列)
初期領域のラベルを含むシード入力イメージ。

tee 入力画像をファイルに保存し、次のフィルターにも渡します。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

file =(出力、必須、文字列)
画像を保存する出力ファイルの名前も指定します。

間伐 3D 形態学的薄化、以下に基づく: Lee および Kashyap、「Building Skeleton Models」
3D 内側表面/軸間細化アルゴリズム、グラフィカル モデルおよび画像による
処理中、 56(6):462-478、1994。この実装は 26 のみをサポートします。
近所。

(パラメータなし)

変換 指定された変換を使用して入力画像を変換します。サポートされているパラメータ
には次の値があります:

file =(入力、必須、文字列)
変換を含むファイルの名前。

境界線 = ; 弦
画像補間境界条件をオーバーライドします。

画像カーネル = ; 弦
画像補間カーネルをオーバーライドします。

分散 3D 画像分散フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。

ws 基本的な水頭セグメンテーション。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

評価グラード = 0; ブール
入力イメージが勾配ノルム イメージを表さない場合は 1 に設定します。

マーク = 0; ブール
セグメント化された流域を特別なグレー スケール値でマークします。

n = [球:r=1]; 工場
水源地が成長する地域。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:3d画像/形状

脱穀 = 0; [0, 1) の浮動小数点数
相対勾配ノルムのしきい値。 実際の値のしきい値は次のとおりです。
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad。 勾配で区切られた盆地
より低いノルムを持つ人が参加します。

プラグイン: 3D画像/フルコスト

画像 多重解像度も処理できる一般化された画像類似性コスト関数
処理。 実際の類似性の尺度には追加のパラメーターが与えられます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/cost を参照してください。

debug = 0; ブール
デバッグ用に中間結果を保存します。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

ラベル画像
XNUMX つの画像のラベルをマッピングし、ラベルを処理する類似性コスト関数
多重解像度処理を維持します。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

マックスラベル = 256; [2, 32000] の整数
考慮するラベルの最大数。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

マスク画像
複数の画像も処理できる一般化されたマスクされた画像の類似性コスト関数
解像度処理。 提供されたマスクは、領域が密に充填されている必要があります。
マスク情報が失われる可能性があるため、多重解像度処理を行わないでください。
画像を縮小するとき。 マスクは事前フィルタリングされている可能性があります - 事前フィルタリング後
マスクはビット型でなければなりません。参照マスクと変換されたマスク
研究画像はバイナリ AND によって結合されます。 実際の類似性尺度が与えられます
追加のパラメータ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/maskedcost

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

参照マスク =(入力, 文字列)
参照画像マスク (バイナリ)。

ref-マスク-フィルター = ; 工場
フィルターを使用して参照マスク イメージを準備します。出力はバイナリでなければなりません
image.. サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/filter を参照してください。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

src-マスク =(入力, 文字列)
スタディ画像マスク（バイナリ）。

src マスク フィルター = ; 工場
スタディ マスク イメージを準備するためのフィルター。出力はバイナリでなければなりません
image.. サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:3dimage/filter を参照してください。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

タグ付けされたSSD XNUMX つの方法を使用して、差の二乗和類似度を評価します。
タグ付けされた画像のペア。 コスト関数値はすべての画像に基づいて評価されます
ペアですが、グラデーションはタグに基づいてそのコンポーネントを構成することによって構成されます
サポートされているパラメーターは次のとおりです。

refx =(入力, 文字列)
参考画像のXタグ。

拒否する =(入力, 文字列)
参考画像 Yタグ。

レフズ =(入力, 文字列)
参考画像のZタグ。

srcx =(入力, 文字列)
画像の X タグを調べます。

詳しい =(入力, 文字列)
研究画像 Y タグ。

srcz =(入力, 文字列)
画像の Z タグを調べます。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

プラグイン: 3D画像/IO

分析します 7.5画像を分析する

認識されるファイル拡張子: .HDR、.hdr

サポートされている要素タイプ:
符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号付き 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、
浮動小数点64ビット

データプール 内部データプールとの間の仮想IO

認識されるファイル拡張子: .@

ディコム 3D としての Dicom 画像シリーズ

認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm

サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット

HDF5 HDF5 3D画像IO

認識されるファイル拡張子: .H5、.h5

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点
小数点32ビット、浮動小数点64ビット

インリア インリア画像

認識されるファイル拡張子: .INR、.inr

サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット

MHD MetaIO VTK 実装を使用した 3D 画像 IO (実験的)。

認識されるファイル拡張子: .MHA、.MHD、.mha、.mhd

サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット

気の利いた NIFTI-1 3D画像IO

認識されるファイル拡張子: .NII、.nii

サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点 32
ビット、浮動小数点64ビット

VFF VFF Sun ラスター形式

認識されるファイル拡張子: .VFF、.vff

サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット、符号付き16ビット

ビスタ 3Dビュー

認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

vti 3D 画像 VTK-XML の入力および出力 (実験的)。

認識されるファイル拡張子: .VTI、.vti

サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット

VTK 3D VTK 画像のレガシー入力および出力 (実験的)。

認識されるファイル拡張子: .VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

プラグイン: 3dimage/マスクコスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

mi マスキングを使用したスプライン Parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc マスキングサポートによる正規化された相互相関。

(パラメータなし)

SSD マスキングによる差の二乗和。

(パラメータなし)

プラグイン: 3D画像・形状

18n 18n 近隣 3D シェイプクリエーター

(パラメータなし)

26n 26n 近隣 3D シェイプクリエーター

(パラメータなし)

6n 6n 近隣 3D シェイプクリエーター

(パラメータなし)

球 指定された半径内のピクセルを含む閉じた球形の近傍
r.、サポートされているパラメータは次のとおりです。

r = 2; (0, inf) の浮動小数点
球の半径。

プラグイン: 3D画像/変換

アフィン アフィン変換 (12 自由度)、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

軸回転 制限された回転変換 (自由度 1)。 変換は
指定された回転を中心とした指定された軸の周りの回転に制限されます
サポートされているパラメーターは次のとおりです。

軸 =(必須、3dfvector)
回転軸。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。

洗練された 制限付きアフィン変換 (自由度 3)。 変換は
指定された軸の周りの回転と XNUMX つの軸に沿ったせん断に制限されます
サポートされているパラメーターは次のとおりです。

軸 =(必須、3dfvector)
回転軸。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。

堅い 剛体変換、つまり回転と並進 (XNUMX 自由度)。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

起源 = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5,0.5> は、
ボリューム。

回転 回転変換 (XNUMX つの自由度)。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

起源 = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5,0.5> は、
ボリューム。

腐敗 制限付き変換 (4 自由度)。 変換は
x 軸と y 軸を中心とした回転と x 軸に沿った曲げに制限されています。
軸、各方向に独立しており、曲げは
回転軸からの二乗距離。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

ノーロット = 0; ブール
回転を最適化しません。

起源 =(必須、3dfvector)
変身の中心。

スプライン B スプライン係数のセットによって記述できる自由形式の変換
および基礎となる B スプライン カーネル。サポートされるパラメータは次のとおりです。

アニソラート = [[0,0,0]]; 3dfベクトル
ピクセル単位の異方性係数率。正でない値は次のようになります。
「rate」値で上書きされます。

debug = 0; ブール
追加のデバッグ出力を有効にします。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

kernel = [bspline:d=3]; 工場
変換スプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、
プラグイン:1d/スプラインカーネル

違約金 = ; 工場
変換ペナルティ エネルギー項。 サポートされているプラ​​グインについては、
プラグイン:3dtransform/スプラインペナルティ

率 = 10; float in [1, inf)
ピクセル単位の等方性係数率。

翻訳する 平行移動 (自由度 XNUMX)、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

vf このプラグインは、それぞれの翻訳を定義する変換を実装します。
変換のドメインを定義するグリッドの点。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

プラグイン: 3D変換/io

BBS 3D 変換のバイナリ (移植性のない) シリアル化 IO

認識されるファイル拡張子: .bbs

データプール 内部データプールとの間の仮想IO

認識されるファイル拡張子: .@

ビスタ 3D 変換の Vista ストレージ

認識されるファイル拡張子: .v、.v3dt

XML 3D 変換の XML シリアル化 IO

認識されるファイル拡張子: .x3dt

プラグイン: 3D変換/スプラインペナルティ

ディブカール 変換に対する divcurl ペナルティ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

curl = 1; float in [0, inf)
カール時のペナルティウェイト。

div要素 = 1; float in [0, inf)
発散に対するペナルティの重み。

ノルム = 0; ブール
ペナルティを画像に関して正規化する必要がある場合は 1 に設定します。
サイズ。

重量 = 1; (0, inf) の浮動小数点
ペナルティエネルギーの重さ。

プラグイン: ミニマイザー/単一コスト

グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。

マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。

エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。

マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。

手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。

EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..

それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。

オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム

手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。

通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。

ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。

フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。

フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。

より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。

ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動

下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。

マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。

オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法

手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。

stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。

xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。

実施例

スプラインベースの
係数率 16 ピクセルの変換、先頭の XNUMX つの画像をスキップ
正規化された勾配場を初期コスト測定として使用し、SSD を最終測定として使用します。
重み 2.0 の divcurl を使用して、変換にペナルティを課します。 オプティマイザ nlopt として
ベースのニュートン法が使用されます。

mia-3dprealign-nonrigid mia-3dprealign-nonrigid -i imageXXXX.v -o registered -t vista -k
2-F スプライン:rate=16,penalty=[divcurl:weight=2] -1 image:cost=[ngf:eval=ds] -2
image:cost=ssd -O nlopt:opt=ld-var1,xtola=0.001,ftolr=0.001,maxiter=300

著者

ガート・ウォルニー

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オプション「--copyright」。

onworks.net サービスを使用してオンラインで mia-3dprealign-nonrigid を使用する