これは CUDAlign という名前の Linux アプリで、最新リリースは masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
CUDAlign with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
CUDAlign
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DESCRIPTION
CUDAlign は、Smith-Waterman アルゴリズムと Myers-Miller を組み合わせて使用し、CUDA GPU で無制限のサイズのペアごとの DNA 配列を整列できるツールです。 GTX 1 Ti を使用すると、45 万塩基配列の最適なアライメントを 560 秒で生成します。 このソフトウェア用に多くの最適化が開発されています。 詳細については、次の文書を参照してください。
[1] エダンス・サンデス、アルバ・メロ。 GPU を使用したメガベース生物学的配列の最適化によるスミス-ウォーターマン アライメントの取得。 並列および分散システムに関する IEEE トランザクション、vol. 99、プレプリント、2012
[2] エダンス・サンデス、アルバ・メロ。 線形空間における GPU を使用した巨大なシーケンスの Smith-Waterman アライメント。 IPDPS 2011: 1199-1211
[3] エダンス・サンデス、アルバ・メロ。 CUDAlign: GPU を使用してメガベースのゲノム配列の比較を高速化します。 PPOPP 2010: 137-146
最新のソース コードは Github にあります。 MASA プロジェクトについては、次の URL を参照してください。 https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
Java Swing、コマンドライン
プログラミング言語
C + +
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/cudalign/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
