これは iCAS という名前の Linux アプリです。オンラインで Linux で実行する Illumina Clone Assembly System で、最新リリースは icas_v062.tar.bz2 としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
iCAS - An Illumina Clone Assembly System という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
iCAS - オンライン Linux で実行する Illumina クローン アセンブリ システム
説明：
クローンごとのシーケンシングは、大きく複雑なゲノムの高品質アセンブリを達成する手段として、ハイスループットシーケンシングの時代においても引き続き大きな関連性を持っています。 しかし、現在の全ゲノムアセンブラーを使用して得られたアセンブリは断片化されていることが多く、多重配列決定によって導入されたさまざまなデータ特性によりゲノムの完全性の問題が発生することがあります。iCAS では、データ フィルタリング プロセスは新しい kmer 周波数アルゴリズムに基づいており、その結果、ほぼ完璧なプリアセンブリ読み取りが行われます。 コンティグは、さまざまなアセンブリ アルゴリズムを使用して生成され、より長い連続性を実現するためにマージされます。 すべてのリードをドラフトコンティグに再調整し、各配列塩基を再調整することで、最終的なコンセンサスが得られます。 QC に完成したクローンを使用することで、パイプラインは 99.7% のクローン カバレッジと Q39 のコンセンサス ベース品質を備えたアセンブリを取得できます。
ウェルカム トラスト サンガー研究所で開発されました。
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Perl、C
これは、https://sourceforge.net/projects/icas/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。