fastqc - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

FastQC - 높은 처리량 시퀀스 QC 분석 도구

개요

fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN

fastqc [-o 출력 디렉토리] [--(no) 추출] [-f fastq|bam|sam]

[-c 오염 파일] seqfile1 .. seqfileN

기술

FastQC는 일련의 시퀀스 파일을 읽고 각 파일에서 품질 관리를 생성합니다.
다양한 모듈로 구성된 보고서, 각 모듈은 다음을 수행하는 데 도움이 됩니다.
데이터에서 잠재적인 다른 유형의 문제를 식별합니다.

처리할 파일이 명령줄에 지정되지 않은 경우 프로그램은
대화형 그래픽 응용 프로그램으로 시작합니다. 파일이 제공되는 경우
명령줄을 실행하면 사용자 상호 작용 없이 프로그램이 실행됩니다. 이에
모드에서는 표준화된 분석 파이프라인에 포함하기에 적합합니다.

프로그램 옵션은 다음과 같습니다.

-h --도움
이 도움말 파일을 인쇄하고 종료하십시오

-v --번역
프로그램 버전을 인쇄하고 종료

-o --outdir
지정된 출력 디렉터리에 모든 출력 파일을 만듭니다. 이
디렉토리는 프로그램에서 생성하지 않으므로 반드시 존재해야 합니다. 이 옵션이 설정되지 않은 경우
그런 다음 각 시퀀스 파일의 출력 파일은 파일과 동일한 디렉토리에 생성됩니다.
처리된 시퀀스 파일입니다.

--카사바
파일은 원시 카사바 출력에서 ​​가져옵니다. 동일한 샘플 그룹의 파일(만
그룹 번호)는 개별이 아닌 집합으로 분석됩니다. 시퀀스
헤더에 필터 플래그가 설정된 경우 분석에서 제외됩니다. 파일
casava가 부여한 이름과 동일해야 합니다(gzip 및
.gz로 끝남) 그렇지 않으면 올바르게 그룹화되지 않습니다.

--발췌
설정하면 압축된 출력 파일이 동일한 디렉토리에서 압축 해제됩니다.
생성되었습니다. 기본적으로 이 옵션은 fastqc가 다음에서 실행되는 경우 설정됩니다.
비대화형 모드.

-j --자바
fastqc를 시작하는 데 사용할 Java 바이너리의 전체 경로를 제공합니다. 그렇지 않은 경우
제공되면 Java가 경로에 있는 것으로 간주됩니다.

--추출 없음
출력 파일을 생성한 후 압축을 풀지 마십시오. 다음과 같은 경우 이 옵션을 설정해야 합니다.
비대화식 모드에서 실행할 때 출력 압축을 풀고 싶지 않습니다.

--no그룹
읽기 >50bp에 대해 염기 그룹화를 비활성화합니다. 모든 보고서에는 다음 기간에 대한 데이터가 표시됩니다.
읽기의 기초. 경고: 이 옵션을 사용하면 fastqc가 충돌하고 굽습니다.
정말 긴 읽기에 사용하면 플롯이 우스꽝스러운 크기로 끝날 수 있습니다.
경고를 받았습니다!

-f --체재
정상적인 시퀀스 파일 형식 감지를 우회하고 프로그램이 사용하도록 강제합니다.
지정된 형식. 유효한 형식은 bam,sam,bam_mapped,sam_mapped 및 fastq입니다.

-t --스레드
동시에 처리할 수 있는 파일 수를 지정합니다. 각 스레드
250MB의 메모리가 할당되므로 자신보다 더 많은 스레드를 실행하면 안 됩니다.
사용 가능한 메모리는 6비트 시스템에서 32개 이하의 스레드를 처리합니다.

-c 목록을 포함하는 기본이 아닌 파일을 지정합니다.

--오염물질
과도하게 표현된 시퀀스를 선별하기 위한 오염 물질. 파일에는 다음이 포함되어야 합니다.
name[tab]sequence 형식의 명명된 오염 물질 집합입니다. 접두사
해시는 무시됩니다.

-k --kmers
Kmer 콘텐츠 모듈에서 찾을 Kmer의 길이를 지정합니다. 지정된 크메르
길이는 2에서 10 사이여야 합니다. 지정하지 않으면 기본 길이는 5입니다.

-q --조용한
stdout에서 모든 진행 메시지를 표시하지 않고 오류만 보고합니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 fastqc 사용