막대 - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

막대 - 볼-스틱 모델용 Raster3D 전처리기

개요

막대 [-h] [-b] [-반지름 R] [-비색상 B최소 비맥스]

봉 원자 색상 및/또는 PDB 좌표 파일을 설명하는 파일을 읽고 파일을 생성합니다.
Raster3D 설명자 레코드가 포함되어 있습니다. 에서 제작한 파일 막대 직접 먹일 수도 있다
주다 또는 다른 Raster3D 유틸리티에서 생성된 설명자 파일과 결합될 수도 있습니다.

사용 예

잔기 유형별로 색상이 지정된 간단한 결합 전용 모델을 설명하려면 다음을 수행하십시오.

고양이 mycolours.pdb 단백질.pdb | 막대 | 렌더링 > mypicture.png

동일한 분자를 공과 막대로 렌더링하려면 다음을 수행하십시오.

고양이 mycolours.pdb 단백질.pdb | 막대 -b | 렌더링 > mypicture.png

옵션

-h

출력에서 헤더 레코드를 억제합니다. 기본적으로 막대 출력 파일을 생성합니다.
확장 및 처리 옵션의 기본 세트를 포함하는 헤더 레코드로 시작합니다.
The -h 플래그는 이러한 헤더 레코드를 억제하여 출력 파일에 다음 항목만 포함하도록 합니다.
객체 설명자. 이 옵션은 내용의 일부만 설명하는 파일을 생성하는 데 유용합니다.
장면이며 나중에 다른 사람이 생성한 설명자 파일과 결합됩니다.
프로그램.

-b

기본적으로 막대 채권에 대해서만 설명합니다. -b 플래그를 사용하면 다음 위치에 구가 포함됩니다.
원자 위치도 볼과 막대 표현을 생성합니다.

-반지름 R

기본적으로 막대 0.2A 반경의 원통형으로 결합을 그립니다. 반경 옵션을 사용하면
이 원통형 반경을 변경하려면

-비색상 B최소 비맥스

원자 또는 잔여물 유형이 아닌 B 값을 기준으로 색상을 지정합니다. B <=인 원자
Bmin은 진한 파란색으로 표시됩니다. B >= Bmax인 원자는 연한 빨간색으로 표시됩니다. 원자를 가진
Bmin < B < Bmax에는 파란색부터 스펙트럼까지 부드럽게 음영 처리되는 색상이 할당됩니다.
붉은 색.

기술

에 대한 입력 막대 색상 정보와 원자를 포함하는 단일 텍스트 파일로 구성됩니다.
PDB 데이터 뱅크 형식의 좌표입니다. 좌표는 Raster3D 설명자로 출력됩니다.
설명된 COLO 레코드에 따라 할당된 색상 및 구 반경이 있는 레코드
아래에. 공과 막대 모양의 원자는 0.2 * VanderWaals 반경으로 그려지며 다음과 같이 연결됩니다.
기본 0.2A 원통형 반경의 막대. 더 가까이 있는 원자에 대해 결합이 그려집니다.
0.6 * (VanderWaals 반경의 합) 이외의 서로. 기본적으로 출력 파일에는 다음이 포함됩니다.
에서 요구하는 헤더 레코드 세트 주다 프로그램. 헤더는 다음과 같이 구성됩니다.
파일에 포함된 변환 행렬에 해당하는 TMAT 행렬을 포함합니다.
설정.매트릭스 (존재하는 경우) 또는 파일에 포함된 오일러 각도 설정.각도 (만약
존재합니다).

색상은 앞에 추가된 COLOR 레코드를 사용하여 일치 프로세스를 사용하여 원자에 지정됩니다.
입력 PDB 파일. 입력 파일에 COLOR 레코드가 없으면 Atom은
기본 CPK 색상을 받습니다(C=회색, O=빨간색, N=파란색, S=노란색, P=녹색, 기타=자홍색).
Raster3D는 위와 동일한 기본 레이아웃을 가진 의사 PDB 레코드 유형을 사용하지만
처음 4개 열의 COLO:

열

1~4콜로

7 - 30 마스크(아래 설명)

31 - 38 빨간색 구성 요소

39 - 46 녹색 구성 요소

47 - 54 파란색 구성 요소

55 - 60 van der Waals 반지름(옹스트롬)

댓글 61~80개

빨간색, 녹색 및 파란색 구성 요소는 X, Y 및 Z와 동일한 위치에 있습니다.
ATOM 또는 HETA 레코드의 구성 요소이며 반 데르 발스 반경이
점유율. 빨간색, 녹색 및 파란색 구성 요소는 모두 0~1 범위에 있어야 합니다.

Mask 필드는 다음과 같이 매칭 과정에서 사용됩니다. 먼저 프로그램은 내용을 읽고
모든 ATOM, HETA 및 COLO 레코드를 입력 순서대로 저장합니다. 그러면 하나하나 지나간다
ATOM/HETA 레코드를 차례로 저장하고 ATOM/HETA와 일치하는 COLO 레코드를 검색합니다.
7열부터 30열까지 모두 기록합니다. 발견된 첫 번째 COLO 레코드가 결정합니다.
원자의 색깔과 반지름.

하나의 COLO 레코드가 여러 레코드에 대한 색상 및 반경 사양을 제공할 수 있도록 하기 위해
하나의 원자(예: 잔기나 원자 유형 또는 라벨이 표시될 수 있는 기타 기준을 기반으로 함)
7~30열 어딘가에 지정) "#" 기호가 와일드카드로 사용됩니다. 즉
COLO 레코드의 #은 ATOM 또는 HETA의 해당 열에 있는 모든 문자와 일치합니다.
기록. 다른 모든 문자는 문자 그대로 일치해야 일치로 간주됩니다. 참고
입력의 가장 마지막 COLO 레코드에는 7~30열 모두에 # 기호가 있어야 합니다.
ATOM/HETA 레코드가 이전 항목과 일치하지 않는 원자에 색상을 제공하기 위해
COLO 레코드. 색상 사양에 맞춰 마스크를 맞추는 아이디어는 Colin의 아이디어에서 비롯되었습니다.
가져온.

환경

setup.matrix 및 setup.angles 파일이 존재하는 경우 생성된 헤더 레코드에 영향을 줍니다.
by 막대.

SOURCE

웹 URL :
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

연락처 :
에단 에이 메리트
워싱턴 대학교, 시애틀 WA 98195
merritt@u.washington.edu

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