2위

프로그램:

이름

2ndscore - 각 위치에 고정된 가장 좋은 머리핀을 찾습니다.

개요

2ndscore in.fasta > out.hairpins

기술

시퀀스의 모든 위치에 대해 다음 행이 출력됩니다.

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCCACATT
(점수) (시작 .. 끝) (왼쪽 컨텍스트) (머리핀) (오른쪽 컨텍스트)

시퀀스의 끝에 가까운 위치의 경우 컨텍스트는 'x'로 채워질 수 있습니다.
문자. 머리핀을 찾을 수 없는 경우 점수는 '없음'입니다.

여러 fasta 파일이 제공될 수 있으며 각 fasta 파일에 여러 시퀀스가 ​​있을 수 있습니다. NS
각 시퀀스의 출력은 '>'로 시작하고 다음을 포함하는 행으로 구분됩니다.
시퀀스의 FASTA 설명입니다.

플러스 가닥과 마이너스 가닥의 머리핀 점수가 다를 수 있기 때문에 (GU로 인해
바인딩), 기본적으로 2ndscore는 모든 시퀀스에 대해 두 세트의 헤어핀을 출력합니다.
FORWARD 머리핀과 REVERSE 머리핀. 모든 앞머리핀이 먼저 출력되고,
앞에 오는 '>' 줄 끝에 'FORWARD'라는 단어가 있는 것으로 식별됩니다.
유사하게, REVERSE 헤어핀은 'REVERSE'로 끝나는 '>' 라인 뒤에 나열됩니다. 만약 너라면
하나 또는 다른 가닥만 검색하려면 다음을 사용할 수 있습니다.

--no-fwd 앞으로 머리핀을 인쇄하지 않음
--no-rvs REVERSE 머리핀을 인쇄하지 마십시오.

--gc, --au, --gu,
--mm, --gap 옵션. --min-loop, --max-loop 및 --max-len 옵션도 지원됩니다.

FORMAT OF L' .가방 파일
.bag 파일의 열은 다음과 같습니다.

1. 유전자 이름
2. 터미네이터_시작
3. 터미네이터_end
4. 머리핀_점수
5. 꼬리 점수
6. 터미네이터_시퀀스

7. terminator_Confidence: 헤어핀과 테일 스코어의 조합
이러한 점수가 무작위 순서로 나타날 가능성을 고려합니다. 이것
종결자의 주요 "점수"이며 에 설명된 대로 계산됩니다.
종이.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: 베이스의 *대략* 수
유전자의 끝과 터미네이터의 시작 사이의 쌍. 이것
몇 가지 면에서 대략적입니다. 첫째, (가장 중요한) TransTermHP
항상 실제 유전자 끝을 사용하는 것은 아닙니다. 제공하는 옵션에 따라
그것은 터미네이터를 처리하기 위해 유전자의 끝에서 일부를 잘라낼 수 있습니다.
유전자와 부분적으로 겹친다. 둘째, 종결자가 "시작되는" 위치
잘 정의되어 있지 않습니다. 이 필드는 온전성 검사만을 위한 것입니다.
(유전자 말단 근처에서 가장 좋은 것으로 보고된 종결자는
_너무 멀리_ 유전자의 끝에서).

사용 트랜스터엠 없이 게놈 주석
TransTermHP는 알려진 유전자 정보를 다음 3가지에 대해서만 사용합니다. (1) 추정에 태그 지정
종결자를 "내부 유전자" 또는 "유전자 간"으로 사용, (2) 배경 GC 선택
유전자는 종종 다른 GC 함량을 가지므로 점수를 계산하기 위한 함량 백분율
유전자간 영역보다 (3) 약간 더 읽기 쉬운 출력을 생성합니다. 항목 (1)
(3) 실제로 필요하지 않으며 (2) 귀하의 유전자가 거의 동일한 경우 효과가 없습니다.
유전자간 영역으로 GC 콘텐츠.

불행히도 TransTermHP에는 아직 주석 없이 실행할 수 있는 간단한 옵션이 없습니다.
파일(.ptt 또는 .coords)이며 최소 2개의 유전자가 있어야 합니다. 해결책
각 염색체 옆에 있는 가짜의 작은 유전자를 만드는 것입니다. 이렇게 하려면 fake.coords를 만드십시오.
다음 두 줄만 포함하는 파일:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

여기서 L은 입력 시퀀스의 길이이고 L-1은 입력의 길이보다 1 작습니다.
순서. "chrom_id"는 .fasta 파일에서 ">" 바로 뒤에 오는 단어여야 합니다.
당신의 시퀀스를 포함합니다. (예를 들어 .fasta 파일이 ">seq1"로 시작했다면
chrom_id = seq1).

이것은 1개의 XNUMX염기 길이의 유전자가 서열 옆에 있는 "가짜" 주석을 생성합니다.
꼬리 대 꼬리 배열: --> <--. 그런 다음 TransTermHP는 다음과 함께 실행할 수 있습니다.

transterm -p expterm.dat 시퀀스.fasta fake.coords

유전자간 영역의 G/C 함량이 유전자와 거의 같다면 이것은
터미네이터가 받는 점수에 큰 영향을 미치지 않습니다. 반면에,
이 TransTermHP의 사용은 전혀 테스트되지 않았으므로 보증하기가 어렵습니다.
정확성.

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