이것은 Linux 온라인에서 실행되는 NGSEP라는 Linux 앱이며 최신 릴리스는 NGSEPcore_4.0.1.jar로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
NGSEP라는 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 실행하면 OnWorks와 함께 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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Linux 온라인에서 실행되는 NGSEP
기술
NGSEP는 DNA 고처리량 시퀀싱 데이터 분석을 위한 통합 프레임워크입니다. NGSEP의 주요 용도는 게놈 변이의 대규모 데이터 세트의 구성 및 다운스트림 분석입니다. NGSEP는 단일 뉴클레오티드 변이체(SNV), 소형 및 대형 삽입결실, 짧은 직렬 반복(STR), 역전 및 CNV(복사 수 변이체)의 정확한 검출 및 유전형 분석을 수행합니다. NGSEP는 또한 기능 주석, 필터링, 형식 변환, 비교, 클러스터링, 대치, 침입 분석 및 다양한 종류의 통계를 위한 모듈을 제공합니다. 전체 기능 목록은 Wiki(https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).뉴스: FM 인덱스 기반 읽기 정렬기의 자체 구현을 포함하여 버전 4의 첫 번째 명령줄 릴리스를 사용할 수 있게 되었습니다. 명령줄 사용은 전체 응용 프로그램에서 표준화되었습니다. 이 새 버전으로 업그레이드하려면 시간을 내어 스크립트를 업데이트하십시오. 자세한 내용은 위키에서 확인할 수 있습니다.
기능
- SNP, CNV 및 구조적 변이체 감지
- 참조 게놈에 대한 원시 읽기 정렬
- VCF 조작: 기능 주석, 병합, 필터, 비교, 형식 변환, 대치
- SAM/BAM 및 VCF 통계 계산 및 플로팅
- 역다중화 읽기
- 주석이 달린 게놈 어셈블리의 정렬
- GFF3 형식의 transcriptome anptations에 대한 통계 및 필터링
오디언스 (Audience)
의료 산업, 과학/연구, 기타 대상, 농업
사용자 인터페이스
자바 SWT, 콘솔/터미널, 이클립스
프로그래밍 언어
자바
이것은 https://sourceforge.net/projects/ngsep/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
