이것은 iCAS - An Illumina Clone Assembly System이라는 이름의 Linux 앱으로 Linux 온라인에서 실행되며 최신 릴리스는 icas_v062.tar.bz2로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
iCAS - An Illumina Clone Assembly System이라는 이름의 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 온라인으로 실행하여 OnWorks와 함께 Linux에서 무료로 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
iCAS - 온라인에서 Linux에서 실행되는 Illumina 클론 조립 시스템
설명 :
크고 복잡한 게놈을 위한 고품질 어셈블리를 달성하기 위한 수단으로서 클론별 시퀀싱은 처리량이 많은 시퀀싱 시대에 계속해서 큰 관련성이 있습니다. 그러나 현재의 전체 게놈 어셈블러를 사용하여 얻은 어셈블리는 다중화 시퀀싱에 의해 도입된 서로 다른 데이터 특성으로 인해 종종 단편화되고 때로는 게놈 완전성 문제가 있습니다.iCAS를 사용하면 데이터 필터링 프로세스가 새로운 kmer 주파수 알고리즘을 기반으로 하므로 거의 완벽한 사전 조립 판독 결과를 얻을 수 있습니다. Contig는 다른 어셈블리 알고리즘을 사용하여 생성된 다음 더 긴 연속성을 달성하기 위해 함께 병합됩니다. 모든 읽기를 다시 초안 contigs로 다시 정렬하고 각 시퀀스 베이스를 재교정하면 최종 합의가 이루어집니다. QC용으로 완성된 클론을 사용하여 파이프라인은 99.7%의 클론 적용 범위와 Q39의 합의 기본 품질을 가진 어셈블리를 얻을 수 있습니다.
Wellcome Trust Sanger Institute에서 개발되었습니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
펄, C
https://sourceforge.net/projects/icas/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.