bp_bulk_load_gffp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

bp_bulk_load_gff.pl - Bulk-load a Bio::DB::ຖານຂໍ້ມູນ GFF ຈາກໄຟລ໌ GFF.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

%bp_bulk_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa features1.gff features2.gff ...

ລາຍລະອຽດ

script ນີ້ໂຫລດຖານຂໍ້ມູນ Bio::DB::GFF ທີ່ມີຄຸນສົມບັດທີ່ມີຢູ່ໃນບັນຊີລາຍຊື່ຂອງ GFF
ໄຟລ໌ ແລະ/ຫຼື ໄຟລ໌ລໍາດັບ FASTA. ທ່ານຕ້ອງໃຊ້ຕົວແປທີ່ແນ່ນອນຂອງ GFF ທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
ຊີວະປະຫວັດ::DB::GFF. ຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງຕ່າງໆຊ່ວຍໃຫ້ທ່ານສາມາດຄວບຄຸມວ່າຈະໂຫລດຖານຂໍ້ມູນໃດ
ແລະວ່າຈະອະນຸຍາດໃຫ້ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວຖືກຂຽນທັບຫຼືບໍ່.

ສະຄຣິບນີ້ແຕກຕ່າງຈາກ bp_load_gff.pl ໃນທີ່ມັນເປັນລະຫັດຍາກເພື່ອໃຊ້ MySQL ແລະບໍ່ສາມາດ
ປະຕິບັດການໂຫຼດເພີ່ມຂຶ້ນ. ເບິ່ງ bp_load_gff.pl ສໍາລັບຕົວໂຫຼດເພີ່ມຂຶ້ນທີ່ເຮັດວຽກກັບ
ຖານຂໍ້ມູນທັງໝົດທີ່ສະຫນັບສະຫນູນໂດຍ Bio::DB::GFF, ແລະ bp_fast_load_gff.pl ສໍາລັບຕົວໂຫລດ MySQL ທີ່
ຮອງຮັບການໂຫຼດເພີ່ມຂຶ້ນໄວ.

ຫມາຍເຫດ
ຖ້າຊື່ໄຟລ໌ຖືກມອບເປັນ "-" ຫຼັງຈາກນັ້ນການປ້ອນຂໍ້ມູນຖືກເອົາມາຈາກວັດສະດຸປ້ອນມາດຕະຖານ. ບີບອັດ
ໄຟລ໌ (.gz, .Z, .bz2) ຈະຖືກບີບອັດໂດຍອັດຕະໂນມັດ.

ໄຟລ໌ຮູບແບບ FASTA ຖືກແຍກອອກຈາກໄຟລ໌ GFF ໂດຍນາມສະກຸນຂອງໄຟລ໌. ໄຟລ໌
ລົງທ້າຍດ້ວຍ .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna ແລະຕົວປ່ຽນຕົວພິມໃຫຍ່ຂອງພວກມັນຖືກປະຕິບັດເປັນ FASTA
ໄຟລ໌. ທຸກຢ່າງອື່ນຖືກປະຕິບັດເປັນໄຟລ໌ GFF. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໂຫລດໄຟລ໌ -fasta ຈາກ
STDIN, ຈາກນັ້ນໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ -f swith ດ້ວຍການໂຕ້ຖຽງຂອງ '-', ຄືກັບໃນ

gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d ການທົດສອບ -f -

ລັກສະນະຂອງການໂຫຼດຈໍານວນຫລາຍຮຽກຮ້ອງໃຫ້ຖານຂໍ້ມູນຢູ່ໃນເຄື່ອງທ້ອງຖິ່ນແລະນັ້ນ
ຜູ້ໃຊ້ທີ່ລະບຸໄວ້ມີສິດ "ໄຟລ໌" ໃນການໂຫຼດຕາຕະລາງແລະມີຫ້ອງພຽງພໍ
/usr/tmp (ຫຼືອັນໃດກໍ່ຕາມທີ່ຖືກກໍານົດໂດຍຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ \$TMPDIR), ໃຫ້ຖື
ຕາຕະລາງຊົ່ວຄາວ.

ຂໍ້ມູນທ້ອງຖິ່ນໃນປັດຈຸບັນອາດຈະຖືກອັບໂຫລດໄປຍັງເຄື່ອງແມ່ຂ່າຍຫ່າງໄກສອກຫຼີກໂດຍຜ່ານທາງເລືອກ --local ກັບຖານຂໍ້ມູນ
ເຈົ້າພາບທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ dsn, ເຊັ່ນ: dbi:mysql:test:db_host

ອະແດັບເຕີທີ່ໃຊ້ແມ່ນ dbi::mysqlopt. ໃນປັດຈຸບັນບໍ່ມີວິທີທີ່ຈະປ່ຽນສິ່ງນີ້.

ກ່ຽວກັບ maxfeature: ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 100,000,000 ຖານ. ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ທ່ານ​ມີ​ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ທີ່​ມີ​
ໃກ້ກັບຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນ 100Mb ໃນຄວາມຍາວ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ມູນຄ່າຂອງ maxfeature ຄວນຈະເພີ່ມຂຶ້ນ
ເຖິງ 1,000,000,000. ຄ່ານີ້ຕ້ອງເປັນຄ່າຂອງ 10.

ໃຫ້ສັງເກດວ່າຜູ້ໃຊ້ Windows ຕ້ອງໃຊ້ທາງເລືອກ --create.

ຖ້າບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໄຟລ໌ GFF ຫຼື fasta ເກີນຂອບເຂດຈໍາກັດຂອງ kernel ສໍາລັບຈໍານວນສູງສຸດຂອງ
ການໂຕ້ຖຽງແຖວຄໍາສັ່ງ, ໃຊ້ຕົວເລືອກ --long_list /path/to/files.

ຄໍາສັ່ງ-ເສັ້ນ OPTIONS

ຕົວເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງສາມາດຫຍໍ້ເປັນຕົວເລືອກຕົວອັກສອນດຽວ. ຕົວຢ່າງ -d ແທນ
--ຖານຂໍ້ມູນ.

--ຖານຂໍ້ມູນ ຊື່ຖານຂໍ້ມູນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ dbi:mysql:test)
--adaptor ຊື່ອະແດບເຕີ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ mysql)
--create Reinitialize/ສ້າງຕາຕະລາງຂໍ້ມູນໂດຍບໍ່ຕ້ອງຖາມ
--user ຊື່​ຜູ້​ໃຊ້​ເພື່ອ​ເຂົ້າ​ສູ່​ລະ​ບົບ​ເປັນ​
--fasta ໄຟລ໌ຫຼືໄດເລກະທໍລີທີ່ມີໄຟລ໌ fasta ທີ່ຈະໂຫລດ
--long_list ໄດເລກະທໍລີທີ່ມີຈໍານວນຈໍານວນຫລາຍຂອງ
ໄຟລ໌ GFF ແລະ/ຫຼື FASTA
--password ລະຫັດຜ່ານເພື່ອໃຊ້ສໍາລັບການພິສູດຢືນຢັນ
(ບໍ່ເຮັດວຽກກັບ Postgres, ລະຫັດຜ່ານຕ້ອງເປັນ
ສະຫນອງການໂຕ້ຕອບຫຼືຖືກປະໄວ້ຫວ່າງເປົ່າສໍາລັບ
ການ​ກວດ​ສອບ​ຕົວ​ຕົນ​)
--maxbin ກໍານົດຄ່າຂອງຂະຫນາດຖັງສູງສຸດ
--local Flag ເພື່ອຊີ້ບອກວ່າແຫຼ່ງຂໍ້ມູນແມ່ນທ້ອງຖິ່ນ
--maxfeature ກໍານົດຄ່າຂອງຂະຫນາດຄຸນນະສົມບັດສູງສຸດ (ພະລັງງານຂອງ 10)
--group ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ຊື່​ຂອງ​ຫນຶ່ງ​ຫຼື​ຫຼາຍ​ຊື່​ໂຄດ​ຄໍາ​ສັ່ງ (ເຄື່ອງ​ຫມາຍ​ຈຸດ​ຫຼື​ທີ່​ແຍກ​ອອກ​)
ເພື່ອໃຊ້ໃນການຈັດກຸ່ມຢູ່ໃນຖັນທີ 9.
--gff3_munge ເປີດໃຊ້ GFF3 ຊື່ munging (ເບິ່ງ Bio::DB::GFF)
--summary ສ້າງສະຖິຕິສະຫຼຸບສໍາລັບການແຕ້ມ histograms ການຄຸ້ມຄອງ.
ນີ້ສາມາດດໍາເນີນການຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນທີ່ໂຫລດກ່ອນຫນ້ານີ້ຫຼືໃນລະຫວ່າງ
ໂຫຼດໄດ້.
-- ສະຖານທີ່ຊົ່ວຄາວຂອງໄດເລກະທໍລີ scratch ທີ່ຂຽນໄດ້

ໃຊ້ bp_bulk_load_gffp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net