gmap_build - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmap_build - ເຄື່ອງມືສໍາລັບການສ້າງຖານຂໍ້ມູນ genome ສໍາລັບ GMAP ຫຼື GSNAP

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmap_build [ທາງເລືອກໃນການ... ] -d

ລາຍລະອຽດ

gmap_build: ສ້າງຖານຂໍ້ມູນ gmap ສໍາລັບ genome ທີ່ຈະໃຊ້ໂດຍ GMAP ຫຼື GSNAP. ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ GMAP
ຊຸດ, ສະບັບ 2015-12-31.

ທາງເລືອກທີ່ງ່າຍດາຍໃນການນໍາໃຊ້ໂຄງການ gmap_setup, ເຊິ່ງສ້າງ Makefile.

OPTIONS

-D, --dir=ຄັກ
ໄດເຣັກທໍຣີປາຍທາງສໍາລັບການຕິດຕັ້ງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງໄດເລກະທໍລີ gmapdb ທີ່ລະບຸໄວ້ທີ່
ຕັ້ງຄ່າເວລາ)

-d, --db=ຄັກ
ຊື່ພັນທຸ ກຳ

-n, --ຊື່=ຄັກ
ຊື່ທົດແທນສໍາລັບໂຄໂມໂຊມ, ສະຫນອງໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌. ໄຟລ໌ຄວນມີຫນຶ່ງ
ເສັ້ນສໍາລັບແຕ່ລະຊື່ໂຄໂມໂຊມທີ່ຈະປ່ຽນ, ໂດຍມີຊື່ FASTA ຕົ້ນສະບັບຢູ່ໃນຖັນ
1 ແລະຊື່ໂຄໂມໂຊມທີ່ຕ້ອງການໃນຄໍລໍາ 2. ນີ້ສະຫນອງວິທີທີ່ງ່າຍໃນການປ່ຽນແປງ
ຊື່ຂອງໂຄໂມໂຊມ, ສໍາລັບຕົວຢ່າງ, ເພື່ອເພີ່ມຫຼືເອົາຄໍານໍາຫນ້າ "chr". ຖັນ 2
ອາດຈະຫວ່າງເປົ່າ, ເຊິ່ງສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າບໍ່ມີການປ່ຽນຊື່. ໄຟລ໌ນີ້ຍັງສາມາດຖືກລວມເຂົ້າກັບ
--ຄັດ=ຊື່ ເພື່ອສະຫນອງຄໍາສັ່ງໂດຍສະເພາະສໍາລັບ chromosomes ໃນດັດຊະນີ genome.

-M, --mdflag=ຄັກ
ໃຊ້ໄຟລ໌ MD ຈາກ NCBI ສໍາລັບການສ້າງແຜນທີ່ contigs ໄປຫາຈຸດປະສານງານຂອງໂຄໂມໂຊມ

-C, --contigs-are-mapped
ຊອກຫາພາກພື້ນຂອງໂຄໂມໂຊມໃນແຕ່ລະແຖວສ່ວນຫົວຂອງ FASTA. ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ contigs ທີ່ມີ
ໄດ້ຖືກແຜນທີ່ກັບຈຸດປະສານງານຂອງໂຄໂມໂຊມ. ບໍ່ສົນໃຈຖ້າຫາກວ່າ --mdflag ແມ່ນສະຫນອງໃຫ້.

-z, --ການບີບອັດ=ຄັກ
ໃຊ້ປະເພດການບີບອັດທີ່ໃຫ້ (ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ bitpack64) bitpack64 -
ເຫມາະສໍາລັບຄອມພິວເຕີທີ່ທັນສະໄຫມທີ່ມີຄໍາແນະນໍາ SIMD (ແນະນໍາ) ທັງຫມົດ - ສ້າງ
ທຸກປະເພດການບີບອັດທີ່ມີຢູ່, ໃນປັດຈຸບັນ bitpack64 none - ບໍ່ບີບອັດຊົດເຊີຍ
ໄຟລ໌ (ຂ້ອຍເຊື່ອວ່າອັນນີ້ບໍ່ຖືກຮອງຮັບອີກຕໍ່ໄປ)

-k, --kmer=INT
ຄ່າ k-mer ສໍາລັບດັດຊະນີ genomic (ອະນຸຍາດ: 15 ຫຼືນ້ອຍກວ່າ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 15)

-q ໄລຍະການເກັບຕົວຢ່າງ INT ສໍາລັບ genomoe (ອະນຸຍາດ: 1-3, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 3)

-s, --ຄັດ=ຄັກ
ຈັດຮຽງໂຄໂມໂຊມໂດຍໃຊ້ວິທີການທີ່ໃຫ້ໄວ້: ບໍ່ມີ - ໃຊ້ໂຄໂມໂຊມຕາມທີ່ພົບໃນ FASTA
file(s) alpha - ຈັດຮຽງ chromosomes ຕາມຕົວອັກສອນ (chr10 ກ່ອນ chr 1) numeric-alpha
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY chrom - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
chr1U, chrU names - sort chromosomes ອີງ​ຕາມ​ໄຟລ​໌​ສະ​ຫນອງ​ໃຫ້​ --ຊື່ ທຸງ

-g, --gunzip
ໄຟລ໌ແມ່ນ gzipped, ສະນັ້ນຈໍາເປັນຕ້ອງ gunzip ແຕ່ລະໄຟລ໌ທໍາອິດ

-E, --fasta-ທໍ່=ຄັກ
ແປການໂຕ້ຖຽງເປັນຄໍາສັ່ງ, ແທນທີ່ຈະເປັນບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໄຟລ໌ FASTA

-w INT ລໍຖ້າ (ນອນ) ນີ້ຫຼາຍວິນາທີຫຼັງຈາກແຕ່ລະຂັ້ນຕອນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2)

-c, -- ວົງ=ຄັກ
ໂຄ​ໂມ​ໂຊມ​ວົງ​ມົນ (ທັງ​ລາຍ​ຊື່​ຂອງ​ໂຄ​ໂມ​ໂຊມ​ທີ່​ແຍກ​ອອກ​ດ້ວຍ​ເຄື່ອງ​ຫມາຍ​ຈຸດ​, ຫຼື​ເປັນ​.
ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບດ້ວຍໂຄໂມໂຊມວົງ, ຫນຶ່ງຕໍ່ແຖວ). ຖ້າທ່ານໃຊ້ --ຊື່
ຄຸນນະສົມບັດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນທ່ານຄວນໃຊ້ຊື່ຕົ້ນສະບັບຂອງໂຄໂມໂຊມ, ບໍ່ແມ່ນ
ຊື່ທົດແທນ, ສໍາລັບທາງເລືອກນີ້.

-e, --nmessages=INT
ຈໍານວນຂໍ້ຄວາມສູງສຸດ (ຄໍາເຕືອນ, ລາຍງານ contig) ທີ່ຈະລາຍງານ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50)

--build-sarray=INT
ວ່າຈະສ້າງ array suffix: 0=no, 1=yes (default)

ລ້າສະໄຫມ ຕົວເລືອກ:
-T ຄັກ
ໄດເລກະທໍລີສ້າງຊົ່ວຄາວ (ອາດຈະຕ້ອງລະບຸວ່າເຈົ້າໃຊ້ພື້ນທີ່ຫວ່າງຢູ່ໃນຂອງເຈົ້າ
ໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ) ນີ້ບໍ່ແມ່ນສິ່ງຈໍາເປັນອີກຕໍ່ໄປ, ນັບຕັ້ງແຕ່ gmap_build ກໍ່ສ້າງໃນປັດຈຸບັນ
ໂດຍກົງໃນປາຍທາງ (ຫຼື -D) ໄດເລກະທໍລີ.

ເຄື່ອງມືອື່ນໆຂອງຊຸດ GMAP ແມ່ນຢູ່ໃນ /usr/lib/gmap

ໃຊ້ gmap_build ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net