gmap - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmap - ໂຄງການສ້າງແຜນທີ່ ແລະການຈັດຮຽງແບບພັນທຸກໍາ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmap [OPTIONS... ] <FSTA ໄຟ...>, or ແມວ | gmap [ຕົວເລືອກ...]

OPTIONS

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ທາງເລືອກໃນການ (ຕ້ອງ ປະກອບດ້ວຍ -d or -g)
-D, --dir=ລະບົບ
ໄດເລກະທໍລີ Genome. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ (ຕາມທີ່ລະບຸໂດຍ --with-gmapdb ກັບ​ໂຄງ​ການ configure​)
is /var/cache/gmap

-d, --db=ຄັກ
ຖານຂໍ້ມູນ Genome. ຖ້າການໂຕ້ຖຽງແມ່ນ '?' (ກັບວົງຢືມ), ຄໍາສັ່ງນີ້ລາຍຊື່
ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່.

-k, --kmer=INT
ຂະຫນາດ kmer ເພື່ອໃຊ້ໃນຖານຂໍ້ມູນ genome (ຄ່າທີ່ອະນຸຍາດ: 16 ຫຼືນ້ອຍກວ່າ). ຖ້າ​ບໍ່
ລະບຸໄວ້, ໂຄງການຈະຊອກຫາຂະຫນາດ kmer ທີ່ສູງທີ່ສຸດທີ່ມີຢູ່ໃນ genome
ຖານຂໍ້ມູນ

--ການເກັບຕົວຢ່າງ=INT
ການເກັບຕົວຢ່າງເພື່ອໃຊ້ໃນຖານຂໍ້ມູນ genome. ຖ້າບໍ່ໄດ້ລະບຸ, ໂຄງການຈະຊອກຫາ
ຄ່າຕົວຢ່າງທີ່ນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ມີຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ genome ພາຍໃນຂະຫນາດ k-mer ທີ່ເລືອກ

-G, --genomefull
ໃຊ້ genome ເຕັມ (ທັງຫມົດ ASCII chars ອະນຸຍາດ; ສ້າງຂຶ້ນຢ່າງຊັດເຈນໃນລະຫວ່າງການຕັ້ງ), ບໍ່ແມ່ນ
ສະບັບທີ່ຖືກບີບອັດ

-g, --gseg=ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ພາກສ່ວນພັນທຸ ກຳ ທີ່ສະໜອງໃຫ້ໂດຍຜູ້ໃຊ້

-1, --ຈັດ​ຕັ້ງ​ຕົນ​ເອງ
ຈັດລໍາດັບຫນຶ່ງຕໍ່ກັບຕົວມັນເອງໃນຮູບແບບ FASTA ຜ່ານ stdin (ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການໄດ້ຮັບ
ການແປທາດໂປຼຕີນຂອງລໍາດັບ nucleotide)

-2, --ຄູ່
ຈັດຮຽງສອງລໍາດັບໃນຮູບແບບ FASTA ຜ່ານ stdin, ອັນທໍາອິດແມ່ນ genomic ແລະທີສອງ
ອັນນຶ່ງແມ່ນ cDNA

--cmdline=ຄັກ,STRING
ຈັດລໍາດັບທັງສອງອັນນີ້ໃຫ້ຢູ່ໃນເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ອັນທໍາອິດແມ່ນ genomic ແລະ
ອັນທີສອງແມ່ນ cDNA

-q, -- ສ່ວນ=INT/INT
ປະມວນຜົນພຽງແຕ່ i-th ອອກຈາກທຸກໆ n ລໍາດັບເຊັ່ນ: 0/100 ຫຼື 99/100 (ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ
ແຈກຢາຍວຽກໃຫ້ຟາມຄອມພິວເຕີ).

--input-buffer-size=INT
ຂະ​ຫນາດ​ຂອງ input buffer (ໂຄງ​ການ​ອ່ານ​ລໍາ​ດັບ​ນີ້​ຈໍາ​ນວນ​ຫຼາຍ​ໃນ​ເວ​ລາ​ສໍາ​ລັບ​ປະ​ສິດ​ທິ​ພາບ​)
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1000)

ທາງເລືອກໃນການຄິດໄລ່

-B, --ຊຸດ=INT
ໂໝດຊຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 2)

Mode Offsets ຕໍາແຫນ່ງ Genome
0 ເບິ່ງບັນທຶກ mmap mmap
1 ເບິ່ງບັນທຶກ mmap & preload mmap
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) 2 ເບິ່ງບັນທຶກ mmap & preload mmap & preload
3 ເບິ່ງບັນທຶກການຈັດສັນ mmap & preload
4 ເບິ່ງບັນທຶກການຈັດສັນ allocate
5 ຂະຫຍາຍການຈັດສັນຈັດສັນ

ຫມາຍເຫດ: ສໍາລັບລໍາດັບດຽວ, ໂຄງສ້າງຂໍ້ມູນທັງຫມົດໃຊ້ mmap
ຖ້າ mmap ບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ແລະບໍ່ໄດ້ເລືອກການຈັດສັນ, ຫຼັງຈາກນັ້ນຈະໃຊ້ fileio (ຊ້າຫຼາຍ)

ຫມາຍເຫດກ່ຽວກັບ --ຊຸດ ແລະຊົດເຊີຍ: ການຂະຫຍາຍການຊົດເຊີຍສາມາດຄວບຄຸມໄດ້
ເປັນເອກະລາດໂດຍ --expand-offsets ທຸງ. ໄດ້ --ຊຸດ=5 ທາງເລືອກແມ່ນທຽບເທົ່າກັບ
--ຊຸດ=4 ບວກ --expand-offsets=1

--expand-offsets=INT
ວ່າຈະຂະຫຍາຍດັດຊະນີ genomic offsets ຄ່າ: 0 (ບໍ່, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ຫຼື 1 (ແມ່ນ).
ການຂະຫຍາຍເຮັດໃຫ້ການຈັດຮຽງໄວຂຶ້ນ, ແຕ່ຕ້ອງການຄວາມຈຳຫຼາຍ

--nosplicing
ປິດການປະທັບຕາ (ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ genomic ໃສ່ genome)

--min-introlength=INT
ຄວາມຍາວຕ່ຳສຸດສຳລັບໜຶ່ງອິນທຣອນພາຍໃນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 9). ຂ້າງລຸ່ມນີ້ຂະຫນາດນີ້, ຊ່ອງຫວ່າງ genomic
ຈະຖືກພິຈາລະນາເປັນການລຶບແທນທີ່ຈະເປັນ intro.

-K, -- ຄວາມຍາວ=INT
ຄວາມຍາວສູງສຸດສໍາລັບຫນຶ່ງ intron ພາຍໃນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 200000)

-w, -- localsplicedist=INT
ຄວາມຍາວສູງສຸດສໍາລັບສະຖານທີ່ splice ທີ່ຮູ້ຈັກໃນຕອນທ້າຍຂອງລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2000000)

-L, -- ຄວາມ​ຍາວ​ທັງ​ຫມົດ​=INT
ຄວາມຍາວທັງໝົດສູງສຸດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 2400000)

-x, --chimera-ຂອບ=INT
ຈໍານວນລໍາດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງທີ່ເຮັດໃຫ້ເກີດການຊອກຫາລໍາດັບທີ່ຍັງເຫຼືອ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 30). ເປີດໃຊ້ການຈັດຮຽງການອ່ານ chimeric, ແລະອາດຈະຊ່ວຍໄດ້ບາງອັນ
ການອ່ານທີ່ບໍ່ແມ່ນchimeric. ເພື່ອປິດ, ຕັ້ງເປັນສູນ.

--no-chimeras
ປິດການຊອກຫາ chimeras. ຜົນກະທົບດຽວກັນກັບ --chimera-ຂອບ=0

-t, --nthreads=INT
ຈໍານວນຂອງກະທູ້ພະນັກງານ

-c, --chrsubset=string
ຈຳກັດການຄົ້ນຫາໃສ່ໂຄໂມໂຊມທີ່ໃຫ້ມາ

-z, --ທິດທາງ=ຄັກ
ທິດທາງ cDNA (sense_force, antisense_force, sense_filter, antisense_filter, ຫຼື
ອັດຕະໂນມັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ))

-H, --trimendexons=INT
ຕັດ exons ທ້າຍດ້ວຍຕົວເລກທີ່ກົງກັນໜ້ອຍກວ່າທີ່ກຳນົດໄວ້ (ໃນ nt, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 9)

--canonical-mode=INT
ລາງວັນສໍາລັບ introns canonical ແລະ semi-canonical 0 = ລາງວັນຕ່ໍາ, 1 = ລາງວັນສູງ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), 2=ລາງວັນຕ່ຳສຳລັບລຳດັບທີ່ມີຕົວຕົນສູງ ແລະລາງວັນທີ່ສູງ

--ຂ້າມ​ຊະ​ນິດ​
ໃຊ້ການຄົ້ນຫາທີ່ລະອຽດອ່ອນກວ່າສໍາລັບ splicing canonical, ເຊິ່ງຊ່ວຍໂດຍສະເພາະ
ການຈັດລຽງຂ້າມສາຍພັນ ແລະກໍລະນີທີ່ຫຍຸ້ງຍາກອື່ນໆ

--allow-close-indels=INT
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ມີ​ການ​ແຊກ​ແລະ​ການ​ລົບ​ຢູ່​ໃກ້​ກັນ (0=ບໍ່, 1=yes (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ), 2=ເທົ່າ​ນັ້ນ
ສໍາ​ລັບ​ການ​ສອດ​ຄ່ອງ​ຄຸນ​ນະ​ພາບ​ສູງ​)

--microexon-spliceprob=ລູກລອຍ
ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້ microexons ພຽງ​ແຕ່​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ຄວາມ​ເປັນ​ໄປ​ໄດ້​ຂອງ​ເວັບ​ໄຊ splice ມີ​ຫຼາຍ​ກ​່​ວາ​ນີ້​
ຄ່າ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.95)

--cmtdir=ຄັກ
ໄດເລກະທໍລີສໍາລັບໄຟລ໌ດັດສະນີ methylcytosine (ສ້າງໂດຍໃຊ້ cmetindex) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ດັດຊະນີ genome ທີ່ລະບຸໂດຍໃຊ້ -D, -V, ແລະ -d)

--atoidir=ຄັກ
ໄດເລກະທໍລີສໍາລັບໄຟລ໌ດັດນີດັດແກ້ A-to-I RNA (ສ້າງໂດຍໃຊ້ atoiindex) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ສະຖານທີ່ຂອງໄຟລ໌ດັດຊະນີ genome ທີ່ລະບຸໂດຍໃຊ້ -D, -V, ແລະ -d)

--ໂໝດ=ຄັກ
ໂໝດການຈັດຮຽງ: ມາດຕະຖານ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, ຫຼື ttoc-nonstranded. ໂໝດບໍ່ມາດຕະຖານຕ້ອງການ
ທ່ານໄດ້ດໍາເນີນໂຄງການ cmetindex ຫຼື atoiindex ກ່ອນຫນ້ານີ້ (ເຊິ່ງກວມເອົາ
ຮູບແບບ ttoc) ໃນ genome

-p, -- prune ລະ​ດັບ​
ລະດັບ pruning: 0=no pruning (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), 1=seqs ທຸກຍາກ, 2=seqs ຊໍ້າຊ້ອນ, 3=ທຸກຍາກ ແລະ
ຄ້າງຫ້ອງ

ປະເພດຜົນຜະລິດ

-S, -- ສະຫຼຸບ
ສະ​ແດງ​ຂໍ້​ສະ​ຫຼຸບ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​

-A, --ຈັດ
ສະແດງການຈັດຮຽງ

-3, --ຕໍ່ເນື່ອງ
ສະແດງການຈັດຮຽງເປັນສາມແຖວຕໍ່ເນື່ອງ

-4, --ຕໍ່ເນື່ອງ-by-exon
ສະແດງການຈັດຮຽງເປັນສາມແຖວຕໍ່ exon

-Z, --ບີບອັດ
ພິມຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບບີບອັດ

-E, --exons=ຄັກ
ພິມ exons ("cdna" ຫຼື "genomic")

-P, --protein_dna
ພິມລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ (cDNA)

-Q, --protein_gen
ພິມລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ (genomic)

-f, -- ຮູບແບບ=INT
ຮູບແບບອື່ນສໍາລັບຜົນຜະລິດ (ຍັງສັງເກດວ່າ -A ແລະ -S ທາງເລືອກແລະທາງເລືອກອື່ນໆທີ່ລະບຸໄວ້
ພາຍ​ໃຕ້​ປະ​ເພດ​ຜົນ​ໄດ້​ຮັບ​)​:
psl (ຫຼື 1) = ຮູບແບບ PSL (BLAT),
gff3_gene (ຫຼື 2) = GFF3 gene format,
gff3_match_cdna (ຫຼື 3) = GFF3 cDNA_match ຮູບແບບ,
gff3_match_est (ຫຼື 4) = GFF3 EST_match ຮູບແບບ,
splicesites (ຫຼື 6) = ຜົນຜະລິດ splicesites (ສໍາລັບໄຟລ໌ splicing GSNAP),
introns = ຜົນ​ຜະ​ລິດ introns (ສໍາ​ລັບ​ໄຟລ​໌ splicing GSNAP​)​,
map_exons (ຫຼື 7) = IIT FASTA exon ຮູບແບບແຜນທີ່,
map_ranges (ຫຼື 8) = ຮູບແບບແຜນທີ່ໄລຍະ IIT FASTA,
coords (ຫຼື 9) = coords ໃນຮູບແບບຕາຕະລາງ,
sampe = ຮູບແບບ SAM (ການຕັ້ງຄ່າ paired_read bit ໃນທຸງ),
samse = ຮູບແບບ SAM (ໂດຍບໍ່ໄດ້ຕັ້ງຄ່າ paired_read bit)

ຕົວເລືອກຜົນໄດ້ຮັບ

-n, --npaths=INT
ຈຳນວນເສັ້ນທາງສູງສຸດທີ່ຈະສະແດງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 5). ຖ້າຕັ້ງເປັນ 1, GMAP ຈະບໍ່ລາຍງານ
ການສອດຄ່ອງຂອງ chimeric, ເນື່ອງຈາກວ່າເຫຼົ່ານັ້ນຫມາຍເຖິງສອງເສັ້ນທາງ. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄວາມສອດຄ່ອງດຽວ
ບວກກັບການຈັດລຽງຂອງ chimeric, ຈາກນັ້ນຕັ້ງນີ້ເປັນ 0.

--suboptimal-ຄະແນນ=INT
ລາຍງານພຽງແຕ່ເສັ້ນທາງທີ່ມີຄະແນນຢູ່ໃນມູນຄ່ານີ້ຂອງເສັ້ນທາງທີ່ດີທີ່ສຸດ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ,
ຖ້າທາງເລືອກນີ້ບໍ່ໄດ້ຖືກສະຫນອງໃຫ້,
ໂຄງການພິມເສັ້ນທາງທັງຫມົດທີ່ພົບເຫັນ.

-O, --ສັ່ງ
ພິມຜົນຜະລິດໃນລໍາດັບດຽວກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ (ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງພຽງແຕ່ຖ້າມີພະນັກງານຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງຄົນ
ກະທູ້)

-5, --md5
ພິມ MD5 checksum ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບການສອບຖາມ

-o, --chimera-ທັບຊ້ອນ
ທັບຊ້ອນກັນເພື່ອສະແດງ, ຖ້າມີ, ຢູ່ຈຸດຢຸດຂອງ chimera

-- ລົ້ມເຫລວ
ພິມພຽງແຕ່ການຈັດລໍາດັບທີ່ລົ້ມເຫລວ, ທີ່ບໍ່ມີຜົນໄດ້ຮັບ

--nofails
ບໍ່ລວມການພິມການຈັດຮຽງທີ່ລົ້ມເຫລວ

-V, --snpsdir=ຄັກ
ໄດເລກະທໍລີສໍາລັບໄຟລ໌ດັດສະນີ SNPs (ສ້າງໂດຍໃຊ້ snpindex) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນສະຖານທີ່ຂອງ
ໄຟລ໌ດັດຊະນີ genome ທີ່ລະບຸໂດຍໃຊ້ -D ແລະ -d)

-v, --use-snps=ຄັກ
ໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີ SNPs ທີ່ຮູ້ຈັກ (ໃນ .iit, ສ້າງຂຶ້ນໃນເມື່ອກ່ອນໂດຍໃຊ້
snpindex) ສໍາລັບຄວາມທົນທານຕໍ່ SNPs

--split-output=ຄັກ
ຊື່ພື້ນຖານສໍາລັບການອອກຫຼາຍໄຟລ໌, ແຍກຕ່າງຫາກສໍາລັບການຕັ້ງຊື່,
uniq, mult, (ແລະ chimera, ຖ້າ --chimera-ຂອບ ຖືກເລືອກ)

--failed-input=ຄັກ
ພິມການຈັດຮຽງທີ່ລົ້ມເຫລວຢ່າງສິ້ນເຊີງເປັນການປ້ອນຮູບແບບ FASTA ຫຼື FASTQ ໄປຫາທີ່ໃຫ້
ໄຟລ໌. ຖ້າ --split-output ທຸງຍັງຖືກມອບໃຫ້, ໄຟລ໌ນີ້ຖືກສ້າງຂື້ນຕື່ມ
ຕໍ່ກັບຜົນໄດ້ຮັບໃນໄຟລ໌ .nomapping.

--append-output
ເມື່ອ​ໃດ​ --split-output or -- ລົ້ມເຫລວ ແມ່ນໃຫ້, ທຸງນີ້ຈະເພີ່ມຜົນຜະລິດເຂົ້າໃສ່
ໄຟລ໌ທີ່ມີຢູ່. ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການສ້າງໄຟລ໌ໃຫມ່.

--output-buffer-size=INT
ຂະຫນາດຂອງບັຟເຟີ, ໃນການສອບຖາມ, ສໍາລັບຫົວຂໍ້ຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1000). ໃນເວລາທີ່ຈໍານວນຂອງ
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ຈະພິມເກີນຂະຫນາດນີ້, ກະທູ້ຂອງພະນັກງານໄດ້ຖືກຢຸດເຊົາຈົນກ່ວາ
Backlog ຖືກລຶບລ້າງແລ້ວ

-F, -- ເຕັມ
ສົມມຸດວ່າທາດໂປຼຕີນທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ Met

-a, --cdsstart=INT
ແປຄຳອະທິບາຍກັບຄືນເປັນ ອັງກິດ (ສະຫະລັດ) ແປພາສາ Codons from given nucleotide (1-based)

-T, -- ຕັດອອກ
ຫຍໍ້ການຈັດຮຽງອ້ອມຮອບທາດໂປຼຕີນທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ບັນລຸໄດ້ເພື່ອຢຸດຄວາມໝາຍ -F ທຸງ.

-Y, -- ທົນທານ
ແປ cDNA ກັບການແກ້ໄຂສໍາລັບ frameshifts

ທາງເລືອກສໍາລັບຜົນຜະລິດ GFF3

--gff3-add-separators=INT
ຈະເພີ່ມຕົວຂັ້ນ ### ຫຼັງຈາກແຕ່ລະລຳດັບການສອບຖາມ ຄ່າ: 0 (ບໍ່), 1 (ແມ່ນ,
ເລີ່ມຕົ້ນ)

ທາງເລືອກສໍາລັບຜົນຜະລິດ SAM

--no-sam-headers
ຢ່າພິມສ່ວນຫົວທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ '@'

--sam-use-0M
ແຊກ 0M ໃນ CIGAR ລະຫວ່າງການແຊກທີ່ຕິດກັນ ແລະການລຶບທີ່ຕ້ອງການໂດຍ Picard,
ແຕ່ສາມາດເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມຜິດພາດໃນເຄື່ອງມືອື່ນໆ

--force-xs-dir
ສຳລັບການຈັດຮຽງ RNA-Seq, ບໍ່ອະນຸຍາດ XS:A:? ໃນເວລາທີ່ທິດທາງຄວາມຮູ້ສຶກແມ່ນບໍ່ຈະແຈ້ງ, ແລະ
ປ່ຽນແທນຄ່ານີ້ດ້ວຍ XS:A:+. ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບບາງໂຄງການ, ເຊັ່ນ
ເປັນ Cufflinks, ທີ່ບໍ່ສາມາດຈັດການກັບ XS:A:?. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຖ້າທ່ານໃຊ້ທຸງນີ້,
ມູນຄ່າລາຍງານຂອງ XS:A:+ ໃນກໍລະນີເຫຼົ່ານີ້ຈະບໍ່ມີຄວາມຫມາຍ.

--md-ຕົວພິມນ້ອຍ-snp
ໃນ MD string, ເມື່ອ SNPs ທີ່ຮູ້ຈັກແມ່ນໃຫ້ໂດຍ -v ທຸງ,
ພິມຄວາມແຕກຕ່າງ nucleotides ເປັນຕົວພິມນ້ອຍເມື່ອພວກມັນ,
ແຕກຕ່າງຈາກການອ້າງອີງແຕ່ກົງກັບ allele ສະຫຼັບທີ່ຮູ້ຈັກ

--action-if-cigar-error
ການປະຕິບັດທີ່ຈະປະຕິບັດຖ້າຫາກວ່າມີຄວາມຂັດແຍ້ງລະຫວ່າງຄວາມຍາວ CIGAR ແລະຄວາມຍາວລໍາດັບ
ຄ່າທີ່ອະນຸຍາດ: ບໍ່ສົນໃຈ, ການເຕືອນໄພ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), ຍົກເລີກ

--read-group-id=ຄັກ
ຄ່າທີ່ຈະໃສ່ໃນຊ່ອງ read-group id (RG-ID).

--read-group-name=ຄັກ
ຄ່າທີ່ຈະໃສ່ໃນຊ່ອງອ່ານຊື່ກຸ່ມ (RG-SM).

--read-group-library=ຄັກ
ຄ່າທີ່ຈະໃສ່ໃນຫ້ອງສະໝຸດກຸ່ມອ່ານ (RG-LB).

--read-group-platform=ຄັກ
ຄ່າທີ່ຈະໃສ່ໃນຫ້ອງສະໝຸດກຸ່ມອ່ານ (RG-PL).

ທາງເລືອກສໍາລັບຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບ

--quality-protocol=ຄັກ
ອະນຸສັນຍາສຳລັບຄະແນນຄຸນນະພາບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຄ່າທີ່ອະນຸຍາດ: illumina (ASCII 64-126)
(ທຽບເທົ່າກັບ -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (ທຽບເທົ່າກັບ -J 33 -j 0)

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ sanger (ບໍ່ມີການປ່ຽນການພິມທີ່ມີຄຸນນະພາບ)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ SAM ຄວນມີຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບໃນ sanger protocol

ຫຼືທ່ານສາມາດກໍານົດການປ່ຽນແປງການພິມດ້ວຍທຸງນີ້:

-j, --quality-print-shift=INT
Shift ຄະແນນຄຸນນະພາບ FASTQ ໂດຍຈໍານວນນີ້ຢູ່ໃນຜົນຜະລິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0 ສໍາລັບ sanger
ພິທີການ; ເພື່ອປ່ຽນການປ້ອນຂໍ້ມູນ Illumina ເປັນຜົນຜະລິດ Sanger, ເລືອກ -31)

ຕົວເລືອກໄຟລ໌ແຜນທີ່ພາຍນອກ

-M, --ແຜນທີ່=ລະບົບ
ລາຍຊື່ແຜນທີ່

-m, --ແຜນທີ່=iitfile
ໄຟລ໌ແຜນທີ່. ຖ້າການໂຕ້ຖຽງແມ່ນ '?' (ມີ​ຄໍາ​ເວົ້າ​)​,
ນີ້ລາຍຊື່ໄຟລ໌ແຜນທີ່ທີ່ມີຢູ່.

-e, --ແຜນທີ່
ແຜນທີ່ແຕ່ລະ exon ແຍກຕ່າງຫາກ

-b, --ແຜນທີ່
ລາຍງານການຕີຈາກທັງສອງສາຍພັນຂອງ genome

-u, -- ຂ້າງ=INT
ສະ​ແດງ​ການ hits ຂ້າງ (ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ 0​)

--print-comment
ສະແດງແຖວຄຳເຫັນສຳລັບການຕີແຕ່ລະຄັ້ງ

ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດການຈັດຮຽງ

-N, -- ຄວາມຍາວ
ບໍ່ມີຄວາມຍາວຂອງ intro ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ

-I, -- invertmode=INT
ຮູບແບບການຈັດຮຽງໄປຫາສາຍພັນກຳມະພັນ (-): 0=ບໍ່ປ່ຽນ cDNA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
1=ປ່ຽນ cDNA ແລະພິມ genomic (-) strand 2=Invert cDNA ແລະພິມ genomic (+)
ຫາດຊາຍ

-i, -- inrongap=INT
Nucleotides ທີ່ຈະສະແດງໃນແຕ່ລະປາຍຂອງ intron (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 3)

-l, -- ຄວາມຍາວ=INT
ຄວາມຍາວຂອງຫໍ່ສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 50)

ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດການກັ່ນຕອງ

--min-trimmed-coverage=ລູກລອຍ
ຫ້າມພິມການຈັດຮຽງທີ່ມີການຕັດປົກຄຸມໜ້ອຍລົງ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=0.0, ເຊິ່ງ
ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ​ບໍ່​ມີ​ການ​ກັ່ນ​ຕອງ​) ໃຫ້​ສັງ​ເກດ​ວ່າ​ການ​ຈັດ​ຕໍາ​ແຫນ່ງ chimeric ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໂດຍ​ບໍ່​ສົນ​ເລື່ອງ​ນີ້​
ການກັ່ນຕອງ

--min-identity=ລູກລອຍ
ຫ້າມພິມການຈັດຮຽງທີ່ມີຕົວຕົນໜ້ອຍກວ່າຄ່ານີ້ (default=0.0, ຊຶ່ງໝາຍຄວາມວ່າບໍ່
filtering) ໃຫ້ສັງເກດວ່າການຈັດລຽງ chimeric ຈະເປັນຜົນຜະລິດໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງການກັ່ນຕອງນີ້
ທາງເລືອກການຊ່ວຍເຫຼືອ

--ກວດ​ສອບ
ກວດເບິ່ງສົມມຸດຕິຖານຂອງ compiler

- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນສະບັບ

- ຊ່ວຍ ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້

ເຄື່ອງມືອື່ນໆຂອງຊຸດ GMAP ແມ່ນຢູ່ໃນ /usr/lib/gmap

ໃຊ້ gmap ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net