clustalw - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

clustalw - ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെയും പ്രോട്ടീനുകളുടെയും ക്രമം ഒന്നിലധികം വിന്യാസം

സിനോപ്സിസ്

ക്ലസ്റ്റൽ [-ഇൻഫിൽ] file.ext [ഓപ്ഷനുകൾ]

ക്ലസ്റ്റൽ [-ഹെൽപ്പ് | - പൂർണ്ണ സഹായം]

വിവരണം

ഡിഎൻഎ അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീനുകൾക്കായുള്ള ഒരു പൊതു ഉദ്ദേശ്യ മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റ് പ്രോഗ്രാമാണ് ക്ലസ്റ്റൽ ഡബ്ല്യു.

പ്രോഗ്രാം നിരവധി ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അല്ലെങ്കിൽ അമിനോ ആസിഡ് സീക്വൻസുകളുടെ ഒരേസമയം വിന്യാസം നടത്തുന്നു. അത്
ഒരു മെനുവും ഓൺലൈൻ സഹായവും നൽകിക്കൊണ്ട് സാധാരണയായി സംവേദനാത്മകമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാൻ താൽപ്പര്യമുണ്ടെങ്കിൽ
ഇത് കമാൻഡ്-ലൈൻ (ബാച്ച്) മോഡിൽ, നിങ്ങൾ നിരവധി ഓപ്ഷനുകൾ നൽകേണ്ടിവരും, ഏറ്റവും കുറഞ്ഞത്
-ഇൻഫിൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഡാറ്റ (ക്രമങ്ങൾ)
-infile=file.ext
ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ.

-പ്രൊഫൈൽ1=file.ext ഒപ്പം -പ്രൊഫൈൽ2=file.ext
പ്രൊഫൈലുകൾ (പഴയ വിന്യാസം)

ക്രിയകൾ (ചെയ്യുക കാര്യങ്ങൾ)
-ഓപ്‌ഷനുകൾ
കമാൻഡ് ലൈൻ പാരാമീറ്ററുകൾ ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുക.

-ഹെൽപ്പ് or -ചെക്ക്
കമാൻഡ് ലൈൻ പാരാകളുടെ രൂപരേഖ.

- പൂർണ്ണ സഹായം
പൂർണ്ണ സഹായ ഉള്ളടക്കം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

- വിന്യസിക്കുക
പൂർണ്ണമായ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം നടത്തുക.

-വൃക്ഷം
NJ ട്രീ കണക്കാക്കുക.

-പിം
ഔട്ട്പുട്ട് ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി മാട്രിക്സ് (ട്രീ കണക്കാക്കുമ്പോൾ).

-ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ്=n
ഒരു NJ ട്രീ ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് ചെയ്യുക (n= ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പുകളുടെ എണ്ണം; def. = 1000).

-മാറ്റുക
മറ്റൊരു ഫയൽ ഫോർമാറ്റിൽ ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

പാരാമീറ്ററുകൾ (സെറ്റ് കാര്യങ്ങൾ)
പൊതുവായ ക്രമീകരണങ്ങൾ:
- സംവേദനാത്മക
കമാൻഡ് ലൈൻ വായിക്കുക, തുടർന്ന് സാധാരണ ഇന്ററാക്ടീവ് മെനുകൾ നൽകുക.

- പെട്ടെന്നുള്ള മരം
അലൈൻമെന്റ് ഗൈഡ് ട്രീക്ക് ഫാസ്റ്റ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക.

-തരം=
PROTEIN or ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുകൾ.

- നെഗറ്റീവ്
മാട്രിക്സിലെ നെഗറ്റീവ് മൂല്യങ്ങളുള്ള പ്രോട്ടീൻ വിന്യാസം.

-outfile=
സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് ഫയലിന്റെ പേര്.

-ഔട്ട്പുട്ട്=
ജി.സി.ജി, ജിഡിഇ, ഫിലിപ്, PIR or NEXUS.

-outputorder=
ഇൻപുട്ട് or വിന്യസിച്ചു

-കേസ്
താഴത്തെ or മുകളിലെ (GDE ഔട്ട്‌പുട്ടിന് മാത്രം).

-seqnos=
ഓഫാണ് or ON (ക്ലസ്റ്റൽ ഔട്ട്പുട്ടിന് മാത്രം).

-seqnos_range=
ഓഫാണ് or ON (പുതിയത്: എല്ലാ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകൾക്കും).

-പരിധി=m,n
എഴുതാനുള്ള ശ്രേണി ശ്രേണി ആരംഭിക്കുന്നു m ലേക്ക് m+n.

-maxseqlen=n
അനുവദനീയമായ പരമാവധി ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം.

- നിശബ്ദം
കൺസോൾ ഔട്ട്പുട്ട് മിനിമം ആയി കുറയ്ക്കുക.

- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ =ഫയല്
ചില വിന്യാസങ്ങളുടെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ലോഗ് ചെയ്യുക ഫയല്.

ഉപവാസം ജോടിയായി വിന്യാസങ്ങൾ:
-ktuple=n
പദ വലുപ്പം.

-topdiags=n
മികച്ച ഡയഗുകളുടെ എണ്ണം.

-ജാലകം=n
മികച്ച ഡയഗുകൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള വിൻഡോ.

-ജോടിയിടം=n
ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി.

-സ്കോർ
ശതമാനം or അബ്സൊല്യൂട്ട്.

പതുക്കെ ജോടിയായി വിന്യാസങ്ങൾ:
-pwmatrix=
:പ്രോട്ടീൻ വെയ്റ്റ് മാട്രിക്സ്=ബ്ലോസം, PAM, ഗോനെറ്റ്, ID or ഫയലിന്റെ പേര്

-pwdnamatrix=
DNA ഭാരം മാട്രിക്സ്=ബ്ലോസംIUB, ബ്ലോസംCLUSTALW അല്ലെങ്കിൽ ബ്ലോസംഫയലിന്റെ പേര്.

-pwgapopen=f
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് പെനാൽറ്റി.

-pwgapext=f
വിടവ് വിപുലീകരണ പിഴ.

ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ:
-ന്യൂട്രീ=
പുതിയ ഗൈഡ് മരത്തിനായുള്ള ഫയൽ.

-usetree=
പഴയ ഗൈഡ് മരത്തിനായുള്ള ഫയൽ.

-മാട്രിക്സ്=
പ്രോട്ടീൻ ഭാരം മാട്രിക്സ്=ബ്ലോസം, PAM, ഗോനെറ്റ്, ID or ഫയലിന്റെ പേര്.

-dnamatrix=
DNA ഭാരം മാട്രിക്സ്=ഐ.യു.ബി, ക്ലസ്റ്റൽ or ഫയലിന്റെ പേര്.

-gapopen=f
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് പെനാൽറ്റി.

-gapext=f
വിടവ് വിപുലീകരണ പിഴ.

-ഇടപെടുന്നു
അവസാന വിടവ് വേർതിരിക്കൽ പേന ഇല്ല.

-gapdist=n
വിടവ് വേർതിരിക്കൽ പേന. പരിധി.

-നോഗാപ്പ്
അവശിഷ്ടങ്ങൾ-നിർദ്ദിഷ്ട വിടവുകൾ ഓഫ്.

-നൊഹ്ഗാപ്പ്
ഹൈഡ്രോഫിലിക് വിടവുകൾ ഇല്ലാതാകുന്നു.

-hgapresidues=
ഹൈഡ്രോഫിലിക് റെസ് ലിസ്റ്റ്.

-maxdiv=n
കാലതാമസത്തിനുള്ള ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി.

-തരം=
PROTEIN or ഡിഎൻഎ

-ട്രാൻസ്വെയ്റ്റ്=f
ട്രാൻസിഷൻസ് വെയ്റ്റിംഗ്.

-ആവർത്തനം=
ഒന്നുമില്ല or വൃക്ഷം or അലൈൻമെന്റ്.

-ന്യൂമിറ്റർ=n
ചെയ്യാനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം ആവർത്തനങ്ങൾ.

പ്രൊഫൈൽ വിന്യാസങ്ങൾ:
-പ്രൊഫൈൽ
പ്രൊഫൈൽ വിന്യാസം വഴി രണ്ട് വിന്യാസങ്ങൾ ലയിപ്പിക്കുക.

-newtree1=
പ്രൊഫൈൽ1 നുള്ള പുതിയ ഗൈഡ് ട്രീയുടെ ഫയൽ.

-newtree2=
പ്രൊഫൈൽ2 നുള്ള പുതിയ ഗൈഡ് ട്രീയുടെ ഫയൽ.

-usetree1=
പ്രൊഫൈൽ1-നായുള്ള പഴയ ഗൈഡ് ട്രീയുടെ ഫയൽ.

-usetree2=
പ്രൊഫൈൽ2-നായുള്ള പഴയ ഗൈഡ് ട്രീയുടെ ഫയൽ.

അനുക്രമം ലേക്ക് പ്രൊഫൈൽ വിന്യാസങ്ങൾ:
- ക്രമങ്ങൾ
പ്രൊഫൈൽ2 വിന്യാസത്തിലേക്ക് പ്രൊഫൈൽ1 സീക്വൻസുകൾ തുടർച്ചയായി ചേർക്കുക.

-ന്യൂട്രീ=
പുതിയ ഗൈഡ് മരത്തിനായുള്ള ഫയൽ.

-usetree=
പഴയ ഗൈഡ് മരത്തിനായുള്ള ഫയൽ.

ഘടന വിന്യാസങ്ങൾ:
-nosecstr1
പ്രൊഫൈൽ 1-ന് ദ്വിതീയ ഘടന-വിടവ് പെനാൽറ്റി മാസ്ക് ഉപയോഗിക്കരുത്.

-nosecstr2
പ്രൊഫൈൽ 2-ന് ദ്വിതീയ ഘടന-വിടവ് പെനാൽറ്റി മാസ്ക് ഉപയോഗിക്കരുത്.

-secstrout=സ്ട്രക്ചർ or മാസ്ക്കോടുകൂടിയ or കൂടി or ഒന്നുമില്ല
അലൈൻമെന്റ് ഫയലിലെ ഔട്ട്പുട്ട്.

-helixgap=n
ഹെലിക്സ് കോർ അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി.

-strandgap=n
സ്ട്രാൻഡ് കോർ അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി.

loopgap=n
ലൂപ്പ് മേഖലകൾക്കുള്ള ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി.

-terminalgap=n
സ്ട്രക്ചർ ടെർമിനിയുടെ ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റി.

-helixendin=n
ടെർമിനലായി കണക്കാക്കേണ്ട ഹെലിക്സിനുള്ളിലെ അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം.

-helixendout=n
ടെർമിനലായി കണക്കാക്കേണ്ട ഹെലിക്‌സിന് പുറത്തുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം.

-strandendin=n
ടെർമിനലായി കണക്കാക്കേണ്ട സ്ട്രാൻഡിനുള്ളിലെ അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം.

-strandendout=n
ടെർമിനലായി കണക്കാക്കേണ്ട സ്ട്രാൻഡിന് പുറത്തുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം.

മരങ്ങൾ:
-outputtree=nj OR ഫിലിപ് OR dist OR നെക്സസ്

-വിത്ത്=n
ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പുകൾക്കുള്ള വിത്ത് നമ്പർ.

-കിമുറ
കിമുറയുടെ തിരുത്തൽ ഉപയോഗിക്കുക.

- ടോസ്‌ഗാപ്പുകൾ
വിടവുകളുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾ അവഗണിക്കുക.

-bootlabels=നോഡ്
ട്രീ ഡിസ്പ്ലേയിലെ ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് മൂല്യങ്ങളുടെ സ്ഥാനം.

-ക്ലസ്റ്ററിംഗ്=
NJ അല്ലെങ്കിൽ UPGMA.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് clustalw ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക