genome-music-bmr-calc-wig-covgp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ജീനോം മ്യൂസിക് ബിഎംആർ കാൽക്-വിഗ്-കോവ്ജി - നൽകിയിരിക്കുന്ന ഓരോ വിഗിൾ ട്രാക്കിനും ഓരോ ജീനിനും കവർ ചെയ്ത ബേസുകൾ കണക്കാക്കുക
ഫോർമാറ്റ് ഫയൽ.

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റ് ജീനോം മ്യൂസിക് ബിഎംആർ calc-wig-covg പതിപ്പ് 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

സിനോപ്സിസ്

ജീനോം മ്യൂസിക് ബിഎംആർ calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

പൊതു ഉപയോഗം:

... സംഗീതം ബിഎംആർ കാൽക്-വിഗ്-കോവ്ജി
--wig-list input_dir/wig_list
--output-dir output_dir/
--റഫറൻസ്-സീക്വൻസ് input_dir/all_sequences.fa
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

roi-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ROI-കളുടെ ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [chr സ്റ്റാർട്ട് സ്റ്റോപ്പ് ജീൻ_നെയിം] (വിവരണം കാണുക)

റഫറൻസ്-സീക്വൻസ് ടെക്സ്റ്റ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്കുള്ള പാത

വിഗ്-ലിസ്റ്റ് ടെക്സ്റ്റ്
WIG ഫയലുകളുടെ ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം wig_file] (വിവരണം കാണുക)

ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ ടെക്സ്റ്റ്
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളും സബ്ഡയറക്‌ടറികളും എഴുതുന്ന ഡയറക്‌ടറി

വിവരണം

നൽകിയിട്ടുള്ള ഓരോ ജീനിന്റെയും ROI-കളിൽ മതിയായ കവറേജുള്ള ബേസുകളെ ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് കണക്കാക്കുന്നു
wiggle ട്രാക്ക് ഫോർമാറ്റ് ഫയലുകൾ, അവയെ AT, CG (നോൺ-CpG), CpG എണ്ണങ്ങൾ എന്നിങ്ങനെ തരംതിരിക്കുന്നു.
ഇത് ഓരോ സാമ്പിളിനും ഓരോ ജീനിന്റെയും എല്ലാ ROI-കളിലുടനീളമുള്ള ഈ അടിസ്ഥാന-കൌണ്ടുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു, പക്ഷേ
ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന ROI-കൾക്കുള്ളിൽ കിടക്കുന്ന കവർ ബേസുകൾ ഒന്നിലധികം തവണ കണക്കാക്കില്ല
ഈ മൊത്തം കണക്കുകൾ.

വാദങ്ങൾ

--roi-ഫയൽ
ഓരോ ജീനിന്റെയും താൽപ്പര്യമുള്ള മേഖലകൾ (ROIs) സാധാരണയായി ലക്ഷ്യമിടുന്ന പ്രദേശങ്ങളാണ്
2-ബിപി ഉള്ള ജീനുകളുടെ എക്സോൺ ലോക്കി (ഒന്നിലധികം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളിൽ നിന്ന്) ക്രമപ്പെടുത്തുന്നു അല്ലെങ്കിൽ ലയിപ്പിക്കുന്നു
പാർശ്വഭാഗങ്ങൾ (സ്പ്ലൈസ് ജംഗ്ഷനുകൾ). ഓരോ ജീനിന്റെയും അടിസ്ഥാന എണ്ണത്തിന്, ഒരു ഓവർലാപ്പിംഗ് ബേസ് ആയിരിക്കും
ഓരോ തവണയും ഒരേ ജീനിന്റെ ROI-ൽ ദൃശ്യമാകുമ്പോൾ കണക്കാക്കുന്നു. ഇത് ഒഴിവാക്കാൻ, ഉറപ്പാക്കുക
ഒരേ ജീനിന്റെ ഓവർലാപ്പിംഗ് ROI-കൾ ഒരുമിച്ച് ലയിപ്പിക്കുക. BEDtools' mergeBed ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ സഹായിക്കും
ഓരോ ജീനിനും.
--റഫറൻസ്-സീക്വൻസ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള റഫറൻസ് സീക്വൻസ്. ഒരു റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഇൻഡക്സ് കണ്ടെത്തിയില്ലെങ്കിൽ
ഈ ഫയലിന് അടുത്തായി (ഒരു .fai ഫയൽ), ഇത് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും.
--വിഗ്-ലിസ്റ്റ്
സാമ്പിൾ പേരുകളും വിഗിൾ ട്രാക്ക് ഫോർമാറ്റ് ഫയൽ ലൊക്കേഷനുകളും അടങ്ങുന്ന ഒരു ഫയൽ നൽകുക
ഓരോന്നും. ഓരോ വരിയിലും ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം വിഗ്_ഫയൽ] ഉപയോഗിക്കുക. അധിക നിരകൾ
ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ അനുവദനീയമാണ്, പക്ഷേ അവഗണിച്ചു. സാമ്പിൾ_നെയിം എന്നതിന് സമാനമായിരിക്കണം
MAF ഫയലിൽ ഉപയോഗിച്ച ട്യൂമർ സാമ്പിൾ പേരുകൾ (16-ാം കോളം, ഹെഡറിനൊപ്പം
ട്യൂമർ_സാമ്പിൾ_ബാർകോഡ്).
--output-dir
ഇനിപ്പറയുന്നവ സൃഷ്ടിക്കുന്ന/എഴുതുന്ന ഒരു ഔട്ട്‌പുട്ട് ഡയറക്‌ടറി വ്യക്തമാക്കുക: roi_covgs:
ഓരോ സാമ്പിളിനുമുള്ള ഓരോ ROI കവർ ബേസ് കൗണ്ടുകൾ അടങ്ങുന്ന ഉപഡയറക്‌ടറി. gene_covgs:
ഓരോ സാമ്പിളിനും ഓരോ ജീനിന്റെ അടിസ്ഥാന സംഖ്യകൾ അടങ്ങുന്ന ഉപഡയറക്‌ടറി. മൊത്തം_covgs:
ഓരോ സാമ്പിളിലും മൊത്തത്തിലുള്ള ഓവർലാപ്പുചെയ്യാത്ത കവറേജുകൾ അടങ്ങിയ ഫയൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് genome-music-bmr-calc-wig-covgp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക