jackhmmer - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

jackhmmer - ഒരു പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ ആവർത്തിച്ച് സെർച്ച് സീക്വൻസ്(കൾ).

സിനോപ്സിസ്

ജാക്ക്ഹമ്മർ [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ജാക്ക്ഹമ്മർ ഓരോ അന്വേഷണ ക്രമവും ആവർത്തിച്ച് തിരയുന്നു ലക്ഷ്യത്തിനെതിരായി
ക്രമം(കൾ) ഇൻ . ആദ്യത്തെ ആവർത്തനം a-ന് സമാനമാണ് phmmer തിരയുക. വേണ്ടി
അടുത്ത ആവർത്തനം, എല്ലാ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകളുമൊത്തുള്ള ചോദ്യത്തിന്റെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം
തൃപ്തികരമായ ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി അസംബിൾ ചെയ്തു, ഈ വിന്യാസത്തിൽ നിന്ന് ഒരു പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നു
(ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് സമാനമാണ് hmmbuild വിന്യാസത്തിൽ), കൂടാതെ പ്രൊഫൈൽ തിരയൽ ചെയ്തു
(ഒരു പോലെ hmm തിരയൽ പ്രൊഫൈലിനൊപ്പം).

ചോദ്യം '-' (ഒരു ഡാഷ് പ്രതീകം) ആയിരിക്കാം, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ
എയിൽ നിന്ന് വായിച്ചു ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് പകരം പൈപ്പ്. ദി a യിൽ നിന്ന് വായിക്കാൻ കഴിയില്ല
സ്ട്രീം, കാരണം ജാക്ക്ഹമ്മർ ഡാറ്റാബേസിൽ ഒന്നിലധികം പാസുകൾ നടത്തേണ്ടതുണ്ട്.

ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന തരത്തിലാണ് രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നത്, പക്ഷേ പലപ്പോഴും അത് വളരെ വലുതാണ്
ഇത് വായിക്കുന്നത് അപ്രായോഗികമാണ്, അത് പാഴ്‌സ് ചെയ്യുന്നത് ഒരു വേദനയാണ്. ദി --tblout ഒപ്പം --ഡോംബ്ലൗട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ
സംക്ഷിപ്തവും എളുപ്പത്തിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യാവുന്നതുമായ ലളിതമായ പട്ടിക ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് സംരക്ഷിക്കുക. ദി -o ഓപ്ഷൻ
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ട് /dev/null-ൽ വലിച്ചെറിയുന്നതുൾപ്പെടെ റീഡയറക്‌ട് ചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-N ആവർത്തനങ്ങളുടെ പരമാവധി എണ്ണം ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതി 5 ആണ്. N=1 ആണെങ്കിൽ, ഫലം
a എന്നതിന് തുല്യമാണ് phmmer തിരയൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഔട്ട്പ്

ഡിഫോൾട്ടായി, ഓരോ ആവർത്തനത്തിനുമുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് stdout-ൽ മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന തരത്തിൽ ദൃശ്യമാകും.
കുറച്ച് പാഴ്‌സ് ചെയ്യാവുന്ന ഫോർമാറ്റ്. ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ ആ ഔട്ട്‌പുട്ട് റീഡയറക്‌ട് ചെയ്യാനോ സംരക്ഷിക്കാനോ അനുവദിക്കുന്നു
ഓരോ ആവർത്തനത്തിനുമുള്ള ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയലുകൾ ഉൾപ്പെടെ, ഫയലുകളിലേക്കുള്ള അധിക തരം ഔട്ട്‌പുട്ട്.

-o മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഒരു ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക .

-A അന്തിമ ആവർത്തനത്തിന് ശേഷം, എല്ലാ ഹിറ്റുകളുടെയും വ്യാഖ്യാനിച്ച ഒന്നിലധികം വിന്യാസം സംരക്ഷിക്കുക
തൃപ്‌തികരമായ ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികൾ (യഥാർത്ഥ അന്വേഷണവും ഉൾപ്പെടെ). in
സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്.

--tblout
അവസാന ആവർത്തനത്തിന് ശേഷം, ടോപ്പ് സീക്വൻസ് ഹിറ്റുകളുടെ ഒരു ടാബ്ലർ സംഗ്രഹം സംരക്ഷിക്കുക എ
എളുപ്പത്തിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യാവുന്ന, കോളം, വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ്.

--ഡോംബ്ലൗട്ട്
അവസാന ആവർത്തനത്തിന് ശേഷം, ടോപ്പ് ഡൊമെയ്ൻ ഹിറ്റുകളുടെ ഒരു ടാബ്ലർ സംഗ്രഹം സംരക്ഷിക്കുക എ
എളുപ്പത്തിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യാവുന്ന, കോളം, വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ്.

--chkhmm
ഓരോ ആവർത്തനത്തിന്റെയും ആരംഭത്തിൽ, HMM എന്ന ചോദ്യം ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ചെയ്യുക, അത് പേരുള്ള ഒരു ഫയലിലേക്ക് സംരക്ഷിക്കുക
- .ഹും എവിടെ ആവർത്തന സംഖ്യയാണ് (1..N മുതൽ).

--ച്കലി
ഓരോ ആവർത്തനത്തിന്റെയും അവസാനം, തൃപ്തികരമായ എല്ലാ ഡൊമെയ്‌നുകളുടെയും വിന്യാസം പരിശോധിക്കുക
ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികൾ (ഉദാ: അടുത്ത ആവർത്തനത്തിനുള്ള ചോദ്യം HMM ആയി മാറും),
എന്ന പേരിലുള്ള ഫയലിലേക്ക് അത് സംരക്ഷിക്കുന്നു <ചെക്ക് പോയിന്റ് ഫയല് ഉപസർഗ്ഗം>- .സ്റ്റോ സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ,
എവിടെ ആവർത്തന സംഖ്യയാണ് (1..N മുതൽ).

--ac പ്രൊഫൈലുകൾക്ക് ലഭ്യമായ പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ പേരുകൾക്ക് പകരം പ്രവേശനങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ക്രമങ്ങൾ.

--നൊഅലി
പ്രധാന ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്ന് അലൈൻമെന്റ് വിഭാഗം ഒഴിവാക്കുക. ഇത് ഔട്ട്പുട്ട് ഗണ്യമായി കുറയ്ക്കും
വോളിയം.

--notextw
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ ഓരോ വരിയുടെയും ദൈർഘ്യം അൺലിമിറ്റ് ചെയ്യുക. ഡിഫോൾട്ട് പരിധി 120 ആണ്
ഓരോ വരിയിലും പ്രതീകങ്ങൾ, ഇത് ടെർമിനലുകളിലും ഔട്ട്‌പുട്ട് വൃത്തിയായി പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ സഹായിക്കുന്നു
എഡിറ്റർമാരിൽ, എന്നാൽ ടാർഗെറ്റ് പ്രൊഫൈൽ വിവരണ വരികൾ വെട്ടിച്ചുരുക്കാൻ കഴിയും.

--textw
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിന്റെ ലൈൻ ദൈർഘ്യ പരിധി ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക ഓരോ വരിയിലും പ്രതീകങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
120.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു സിംഗിൾ അനുക്രമം സ്കോറിംഗ് (ആദ്യം ആവർത്തനം)

ഡിഫോൾട്ടായി, ആദ്യ ആവർത്തനം ഒരൊറ്റ ചോദ്യത്തിൽ നിന്ന് നിർമ്മിച്ച ഒരു തിരയൽ മോഡൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ക്രമം. അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കായി ഒരു സാധാരണ 20x20 സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിച്ചാണ് ഈ മോഡൽ നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്
സാധ്യതകൾ, കൂടാതെ പൊസിഷൻ-ഇൻഡിപെൻഡന്റ് ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിനും ഗ്യാപ്പിനുമുള്ള രണ്ട് അധിക പാരാമീറ്ററുകൾ
സാധ്യതകൾ നീട്ടുക. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ ഡിഫോൾട്ട് സിംഗിൾ സീക്വൻസ് സ്കോറിംഗ് പാരാമീറ്ററുകൾ അനുവദിക്കുന്നു
മാറ്റണം.

--പോപ്പൻ
സിംഗിൾ സീക്വൻസ് ക്വറി മോഡലിന് ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പ്രോബബിലിറ്റി സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതി
ആണ്. >= 0 ഉം < 0.5 ഉം ആയിരിക്കണം.

--പെക്സ്റ്റെൻഡ്
സിംഗിൾ സീക്വൻസ് ക്വറി മോഡലിന് ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻറ് പ്രോബബിലിറ്റി സജ്ജമാക്കുക . ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.4 ആണ്. >= 0 ഉം < 1.0 ഉം ആയിരിക്കണം.

--mx
പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ബിൽറ്റ്-ഇൻ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സിൽ നിന്ന് അവശിഷ്ട വിന്യാസ സാധ്യതകൾ നേടുക
. നിരവധി സ്റ്റാൻഡേർഡ് മെട്രിക്സുകൾ അന്തർനിർമ്മിതമാണ്, അവയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ടതില്ല
ഫയലുകൾ. മാട്രിക്സ് നാമം PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45 ആകാം,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80, അല്ലെങ്കിൽ BLOSUM90. അതിലൊന്ന് മാത്രം --mx ഒപ്പം --mxfile
ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കാം.

--mxfile
ഫയലിലെ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സിൽ നിന്ന് അവശിഷ്ട വിന്യാസ സാധ്യതകൾ നേടുക
. സ്ഥിരസ്ഥിതി സ്കോർ മാട്രിക്സ് BLOSUM62 ആണ് (ഈ മാട്രിക്സ് HMMER-ന് ആന്തരികമാണ്
കൂടാതെ ഒരു ഫയലായി ലഭ്യമാകണമെന്നില്ല). ഒരു സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സിന്റെ ഫോർമാറ്റ്
BLAST, FASTA എന്നിവയും മറ്റ് ക്രമവും അംഗീകരിച്ച സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഫോർമാറ്റാണ്
വിശകലന സോഫ്റ്റ്വെയർ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ത്രെഷോൾഡ്സ്

ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്ന ഹിറ്റുകൾ (പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ട്,
--tblout, ഒപ്പം --ഡോംബ്ലൗട്ട്). ഓരോ ആവർത്തനത്തിലും, സീക്വൻസ് ഹിറ്റുകളും ഡൊമെയ്ൻ ഹിറ്റുകളും റാങ്ക് ചെയ്യപ്പെടുന്നു
സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് പ്രാധാന്യം (ഇ-മൂല്യം), ഔട്ട്‌പുട്ട് എന്നിവ പ്രകാരം ഓരോ വിഭാഗവും എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്ന രണ്ട് വിഭാഗങ്ങളായി ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു.
ടാർഗെറ്റും ഓരോ ഡൊമെയ്ൻ ഔട്ട്പുട്ടും. ഓരോ ടാർഗെറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ, ഡിഫോൾട്ടായി, എല്ലാ സീക്വൻസും ഒരു ഉപയോഗിച്ച് ഹിറ്റ് ചെയ്യുന്നു
ഇ-മൂല്യം <= 10 റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ഓരോ-ഡൊമെയ്‌ൻ ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ, ഓരോ ടാർഗെറ്റിനുമായി കടന്നുപോയ ഓരോ-
ടാർഗെറ്റ് റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡുകൾ, എല്ലാ ഡൊമെയ്‌നുകളും ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡുകൾ തൃപ്തിപ്പെടുത്തുന്നു
അറിയിച്ചു. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഇവ <= 10-ന്റെ സോപാധിക ഇ-മൂല്യങ്ങളുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകളാണ്. ഇനിപ്പറയുന്നവ
ഡിഫോൾട്ട് ഇ-വാല്യൂ റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡുകൾ മാറ്റാനോ ബിറ്റ് സ്കോർ ഉപയോഗിക്കാനോ ഓപ്ഷനുകൾ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
പകരം ഉമ്മരപ്പടികൾ.

-E ഇ-മൂല്യം <= ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഓരോ സീക്വൻസ് ഔട്ട്പുട്ടിലും. സ്ഥിരസ്ഥിതി 10.0 ആണ്.

-T ഇ-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡിന് പകരം ഓരോ സീക്വൻസ് ഔട്ട്‌പുട്ടിന് ഒരു ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ് ഉപയോഗിക്കുക
(ഏതെങ്കിലും ക്രമീകരണം -E അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു). >= എന്ന ബിറ്റ് സ്കോർ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക . വഴി
ഡിഫോൾട്ട് ഈ ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല.

-Z ഡാറ്റാബേസിന്റെ ആകെ വലുപ്പം പ്രഖ്യാപിക്കുക ഇ-മൂല്യത്തിന്റെ ആവശ്യങ്ങൾക്കായി ക്രമങ്ങൾ
കണക്കുകൂട്ടല്. സാധാരണയായി ഇ-മൂല്യങ്ങൾ ഡാറ്റാബേസിന്റെ വലുപ്പവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണ് കണക്കാക്കുന്നത്
നിങ്ങൾ യഥാർത്ഥത്തിൽ തിരഞ്ഞത് (ഉദാ. സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം target_seqdb). ചിലതിൽ
കേസുകൾ (ഉദാഹരണത്തിന്, നിങ്ങളുടെ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് ഒന്നിലധികം ആയി വിഭജിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
നിങ്ങളുടെ തിരയലിന്റെ സമാന്തരവൽക്കരണത്തിനുള്ള ഫയലുകൾ), യഥാർത്ഥ വലുപ്പം എന്താണെന്ന് നിങ്ങൾക്ക് നന്നായി അറിയാമായിരിക്കും
നിങ്ങളുടെ തിരയൽ സ്ഥലത്തിന്റെ.

--domE
സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യങ്ങളുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക <= ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ, കൂടാതെ
ഓരോ പ്രധാനപ്പെട്ട സീക്വൻസ് ഹിറ്റിലും ടോപ്പ് സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നിലേക്ക്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 10.0 ആണ്.

--domT
ഒരു ഇ-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡിന് പകരം ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ടിനായി ഒരു ബിറ്റ് സ്‌കോർ ത്രെഷോൾഡ് ഉപയോഗിക്കുക
(ഏതെങ്കിലും ക്രമീകരണം --domT അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു). >= എന്ന ബിറ്റ് സ്കോർ ഉള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക in
ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ട്, ഓരോ പ്രധാന ക്രമത്തിലും ടോപ്പ് സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നിന് പുറമേ
അടിച്ചു. ഡിഫോൾട്ടായി ഈ ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല.

--domZ
പ്രധാനപ്പെട്ട സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം പ്രഖ്യാപിക്കുക ക്രമങ്ങൾ, ആവശ്യങ്ങൾക്കായി
അധിക ഡൊമെയ്ൻ പ്രാധാന്യത്തിനായി സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യ കണക്കുകൂട്ടൽ. സാധാരണ
സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ കടന്നുപോകുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് കണക്കാക്കുന്നു
ഓരോ സീക്വൻസ് റിപ്പോർട്ടിംഗ് പരിധി.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഉൾപ്പെടുത്തൽ ത്രെഷോൾഡ്സ്

മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റിലും പ്രൊഫൈലിലും ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്ന ഹിറ്റുകളുടെ നിയന്ത്രണം ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികൾ
അടുത്ത തിരയൽ ആവർത്തനത്തിനായി നിർമ്മിച്ചത്. ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു സീക്വൻസിന് ഒരു പെർ- ഉണ്ടായിരിക്കണം.
സീക്വൻസ് ഇ-മൂല്യം <= 0.001 (കാണുക -E ഓപ്ഷൻ) ഉൾപ്പെടുത്തണം, കൂടാതെ ഏതെങ്കിലും അധിക ഡൊമെയ്‌നുകൾ
ടോപ്പ് സ്കോറിംഗിന് പുറമെ ഒരു സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യം <= 0.001 ഉണ്ടായിരിക്കണം (കാണുക --domE
ഓപ്ഷൻ). റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡുകളും ഇൻക്ലൂഷൻ ത്രെഷോൾഡുകളും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം അതാണ്
ഇൻക്ലൂഷൻ ത്രെഷോൾഡ് നിയന്ത്രണം അടുത്ത ആവർത്തനത്തിൽ (അല്ലെങ്കിൽ
അന്തിമ ഔട്ട്പുട്ട് മൾട്ടിപ്പിൾ അലൈൻമെന്റ് എങ്കിൽ -A ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു), അതേസമയം ത്രെഷോൾഡുകൾ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു
ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിങ്ങൾ കാണുന്നത് നിയന്ത്രിക്കുക. റിപ്പോർട്ടിംഗ് പരിധികൾ പൊതുവെ കൂടുതൽ അയഞ്ഞതിനാൽ നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
ശബ്‌ദത്തിന്റെ മുകൾഭാഗത്ത് താൽപ്പര്യമുണർത്തുന്ന ബോർഡർലൈൻ ഹിറ്റുകൾ കാണുക.

--incE
ഇ-മൂല്യം <= ഉള്ള സീക്വൻസുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക തുടർന്നുള്ള ആവർത്തനത്തിലോ അന്തിമ വിന്യാസത്തിലോ
ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്തത് -A. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.001 ആണ്.

--incT
ഇ-മൂല്യത്തിന് പകരം ഓരോ സീക്വൻസ് ഉൾപ്പെടുത്തലിനായി ഒരു ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ് ഉപയോഗിക്കുക
പരിധി (ഏതെങ്കിലും ക്രമീകരണം --incE അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു). ഒരു ബിറ്റ് സ്കോർ ഉള്ള സീക്വൻസുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
>= . ഡിഫോൾട്ടായി ഈ ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല.

--incdomE
സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ <= ഉള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക തുടർന്നുള്ള ആവർത്തനത്തിലോ അവസാനത്തിലോ
അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് വഴി -A, ഓരോ കാര്യത്തിലും ടോപ്പ് സ്‌കോറിംഗ് ഡൊമെയ്‌നിന് പുറമേ
സീക്വൻസ് ഹിറ്റ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.001 ആണ്.

--incdomT
ഒരു ഇ-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡിന് പകരം ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഒരു ബിറ്റ് സ്‌കോർ ത്രെഷോൾഡ് ഉപയോഗിക്കുക
(ഏതെങ്കിലും ക്രമീകരണം --incT അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു). >= എന്ന ബിറ്റ് സ്കോർ ഉള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക . വഴി
ഡിഫോൾട്ട് ഈ ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ACCELERATION ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സ്

HMMER3 തിരയലുകൾ മൂന്ന്-ഘട്ട ഫിൽട്ടർ പൈപ്പ്ലൈനിൽ ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നു: MSV ഫിൽട്ടർ,
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടറും ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടറും. ആദ്യത്തെ ഫിൽട്ടർ ഏറ്റവും വേഗതയേറിയതും ഏറ്റവും വേഗതയുള്ളതുമാണ്
ഏകദേശം; അവസാനത്തേത് പൂർണ്ണ ഫോർവേഡ് സ്കോറിംഗ് അൽഗോരിതം ആണ്, വേഗത കുറഞ്ഞതും എന്നാൽ ഏറ്റവും കൃത്യവുമാണ്.
MSV, Viterbi എന്നിവയ്ക്കിടയിൽ ഒരു ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഘട്ടവുമുണ്ട്. എല്ലാ ഘട്ടങ്ങളും കടന്നുപോകുന്ന ലക്ഷ്യങ്ങൾ
ആക്സിലറേഷൻ പൈപ്പ്ലൈനിൽ പിന്നീട് പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗിന് വിധേയമാകുന്നു -- ഡൊമെയ്ൻ ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻ
ഒപ്പം ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്‌വേർഡ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് സ്‌കോർ ചെയ്യുന്നു.

അടിസ്ഥാനപരമായി HMMER-ന്റെ ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് ഫിൽട്ടറുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ഒരേയൊരു സ്വതന്ത്ര പാരാമീറ്ററുകൾ പി-
കടന്നുപോകുന്ന നോൺഹോമോലോജസ് സീക്വൻസുകളുടെ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന അംശത്തെ നിയന്ത്രിക്കുന്ന മൂല്യ പരിധി
ഫിൽട്ടറുകൾ. ഡിഫോൾട്ട് ത്രെഷോൾഡുകൾ കൂടുതലായി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് ഉയർന്ന അനുപാതം കടന്നുപോകും
nonhomologous അനുക്രമം, വേഗതയുടെ ചെലവിൽ സംവേദനക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു; തിരിച്ചും,
കുറഞ്ഞ പി-മൂല്യ പരിധികൾ ക്രമീകരിക്കുന്നത് ഒരു ചെറിയ അനുപാതം കടന്നുപോകുകയും സംവേദനക്ഷമത കുറയുകയും ചെയ്യും
വേഗത വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഒരു ഫിൽട്ടറിന്റെ പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് അത് കടന്നുപോകും എന്നാണ്
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും, ഫിൽട്ടർ ഫലപ്രദമായി പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു.

ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡുകൾ മാറ്റുന്നത് പരിഗണനയിൽ നിന്ന് ടാർഗെറ്റുകൾ നീക്കംചെയ്യുകയോ ഉൾപ്പെടുത്തുകയോ ചെയ്യുന്നു; മാറ്റുന്നതിൽ
ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡുകൾ ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ, ഇ-മൂല്യങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ വിന്യാസങ്ങൾ എന്നിവയെ മാറ്റില്ല, ഇവയെല്ലാം
പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗിൽ മാത്രം നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു.

--പരമാവധി പരമാവധി സംവേദനക്ഷമത. ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഉൾപ്പെടെ എല്ലാ ഫിൽട്ടറുകളും ഓഫാക്കി ഫുൾ റൺ ചെയ്യുക
ഓരോ ലക്ഷ്യത്തിലും ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്‌വേഡ് പോസ്റ്റ്‌പ്രോസസ്സിംഗ്. ഇത് സംവേദനക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
ചെറുതായി, വേഗതയിൽ വലിയ ചിലവിൽ.

--F1
ആദ്യ ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡ്; MSV ഫിൽട്ടർ ഘട്ടത്തിനായി പി-മൂല്യം ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക. ദി
ഡിഫോൾട്ട് 0.02 ആണ്, അതായത് ഏറ്റവും ഉയർന്ന സ്‌കോറിംഗിന്റെ ഏകദേശം 2% ഹോമോളോജസ് അല്ല
ലക്ഷ്യങ്ങൾ ഫിൽട്ടർ കടന്നുപോകുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.

--F2
രണ്ടാമത്തെ ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡ്; Viterbi ഫിൽട്ടർ സ്റ്റെപ്പിനായി P-value ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.001 ആണ്.

--F3
മൂന്നാമത്തെ ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡ്; ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടർ സ്റ്റെപ്പിനായി പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക. ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി 1e-5 ആണ്.

--നോബിയാസ്
ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഓഫ് ചെയ്യുക. ഇത് ഒരു പരിധിവരെ സംവേദനക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, പക്ഷേ a-ൽ വരാം
വേഗതയിൽ ഉയർന്ന ചിലവ്, പ്രത്യേകിച്ചും ചോദ്യത്തിന് പക്ഷപാതപരമായ അവശിഷ്ട ഘടനയുണ്ടെങ്കിൽ (ഉദാ
ഒരു ആവർത്തന ശ്രേണി പ്രദേശം, അല്ലെങ്കിൽ അത് വലിയ പ്രദേശങ്ങളുള്ള ഒരു മെംബ്രൻ പ്രോട്ടീൻ ആണെങ്കിൽ
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി). ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഇല്ലെങ്കിൽ, നിരവധി സീക്വൻസുകൾ ഫിൽട്ടർ കടന്നുപോകാം
പക്ഷപാതപരമായ ചോദ്യങ്ങളോടെ, പ്രതീക്ഷിച്ചതിലും മന്ദഗതിയിലുള്ള പ്രകടനത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു
കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ തീവ്രതയുള്ള ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്‌വേർഡ് അൽഗോരിതങ്ങൾ അസാധാരണമായി കനത്തതാണ്
ലോഡ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു പ്രൊഫൈൽ നിർമാണം (പിന്നീട് ആവർത്തനങ്ങൾ)

എപ്പോൾ ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങളിൽ സമവായ നിരകൾ എങ്ങനെ നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു എന്നത് ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു
കെട്ടിട പ്രൊഫൈലുകൾ. സ്വതവേ, ജാക്ക്ഹമ്മർ എല്ലായ്‌പ്പോഴും നിങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ അന്വേഷണ ക്രമം ഉൾപ്പെടുന്നു
ഓരോ ആവർത്തനത്തിലും വിന്യാസ ഫലം, സമവായ സ്ഥാനങ്ങൾ ആ അന്വേഷണത്താൽ നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു
ക്രമം: അതായത്, ഒരു സ്ഥിരസ്ഥിതി ജാക്ക്ഹമ്മർ പ്രൊഫൈൽ എപ്പോഴും നിങ്ങളുടെ ഒറിജിനലിന് തുല്യമാണ്
ഓരോ ആവർത്തനത്തിലും അന്വേഷണം.

--വേഗത സമവായ നിരകളെ ഒരു ഭിന്നസംഖ്യ ഉള്ളവയായി നിർവ്വചിക്കുക >= സിംഫ്രാക് എന്ന നിലയിൽ അവശിഷ്ടങ്ങൾ
വിടവുകൾക്ക് എതിരാണ്. (അതിന് താഴെ കാണുക --സിംഫ്രാക് ഓപ്ഷൻ.) ഇത് സ്ഥിരസ്ഥിതി ആണെങ്കിലും
മറ്റെവിടെയെങ്കിലും പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മാണ ഓപ്ഷൻ (ഇൻ hmmbuild, പ്രത്യേകിച്ച്), അത് ഉണ്ടായിരിക്കാം
അഭികാമ്യമല്ലാത്ത ഫലങ്ങൾ ജാക്ക്ഹമ്മർ, കാരണം ഒരു പ്രൊഫൈലിന് ആവർത്തിച്ച് പ്രവേശിക്കാൻ കഴിയും
നിങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ അന്വേഷണത്തിൽ നിന്ന് സീക്വൻസ് സ്‌പെയ്‌സ് അകലെ, കുറച്ച് അല്ലെങ്കിൽ സമവായ നിരകൾ അവശേഷിക്കുന്നില്ല
അതിന്റെ അവശിഷ്ടങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു.

--കൈ ഒന്നിലധികം റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാനം ഉപയോഗിച്ച് അടുത്ത പ്രൊഫൈലിൽ സമവായ നിരകൾ നിർവചിക്കുക
വിന്യാസം. ജാക്ക്ഹമ്മർ മുമ്പത്തെ പ്രൊഫൈലിൽ നിന്ന് റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാനം പ്രചരിപ്പിക്കുന്നു
ഒന്നിലധികം വിന്യാസം, തുടർന്ന് അടുത്ത പ്രൊഫൈലിലേക്ക്. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--സിംഫ്രാക്
എപ്പോൾ ഒരു സമവായ കോളം നിർവ്വചിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ അവശിഷ്ട ഭിന്നസംഖ്യയുടെ പരിധി നിർവചിക്കുക
ഉപയോഗിച്ച് --വേഗത ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ഓരോ നിരയിലെയും ചിഹ്ന ഭിന്നസംഖ്യ
ആപേക്ഷിക ശ്രേണി വെയ്റ്റിംഗ് കണക്കിലെടുത്ത്, വിടവ് അവഗണിച്ചതിന് ശേഷം കണക്കാക്കുന്നു
സീക്വൻസ് ശകലങ്ങളുടെ അറ്റങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പ്രതീകങ്ങൾ (ആന്തരികത്തിന് വിപരീതമായി
ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ). ഇത് 0.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് അർത്ഥമാക്കുന്നത് ഓരോ വിന്യാസ കോളവും ചെയ്യും എന്നാണ്
സമവായമായി നിയോഗിക്കുക, ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും. ഇത് 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു
0 വിടവുകൾ (ആന്തരിക ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ) ഉൾപ്പെടുന്ന നിരകൾ മാത്രമായിരിക്കും എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്
സമവായമായി നിയോഗിച്ചു.

--ഫ്രാഗ്രെഷ്
വിന്യസിച്ച ക്രമം അറിയാമെങ്കിൽ മാത്രമേ ഞങ്ങൾ ടെർമിനൽ വിടവുകൾ ഇല്ലാതാക്കലായി കണക്കാക്കൂ
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ളതായിരിക്കണം, അതൊരു ശകലമാണെങ്കിൽ അല്ല (ഉദാഹരണത്തിന്, കാരണം അതിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രം
ക്രമീകരിച്ചു). ശകലങ്ങൾ അനുമാനിക്കാൻ HMMER ഒരു ലളിതമായ നിയമം ഉപയോഗിക്കുന്നു: സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യമാണെങ്കിൽ
L ഒരു ഭിന്നസംഖ്യയേക്കാൾ കുറവോ തുല്യമോ ആണ് നിരകളിലെ വിന്യാസ ദൈർഘ്യത്തിന്റെ ഇരട്ടി,
തുടർന്ന് ക്രമം ഒരു ശകലമായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ക്രമീകരണം
--ഫ്രാഗ്രെഷ്0 ഒരു ശകലമായി നോ (ശൂന്യമല്ലാത്ത) ക്രമം നിർവചിക്കും; നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത വിന്യാസം നിങ്ങൾക്ക് ലഭിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് നിങ്ങൾക്കറിയാമെങ്കിൽ ഇത് ചെയ്യുക
ക്രമങ്ങൾ. ക്രമീകരണം --ഫ്രാഗ്രെഷ്1 എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ശകലങ്ങളായി നിർവ്വചിക്കും; നിങ്ങൾ ഒരുപക്ഷേ
നിങ്ങളുടെ വിന്യാസം പൂർണ്ണമായും ശകലങ്ങൾ അടങ്ങിയതാണെന്ന് നിങ്ങൾക്കറിയാമെങ്കിൽ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
മെറ്റാജെനോമിക് ഷോട്ട്ഗൺ ഡാറ്റയിൽ ചെറിയ വായനകൾ പരിഭാഷപ്പെടുത്തിയത് പോലെ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ആപേക്ഷികം ഭാരം

ഒന്നിലധികം വിന്യാസത്തിൽ നിന്ന് ഒരു പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിക്കപ്പെടുമ്പോഴെല്ലാം, HMMER ഒരു അഡ്‌ഹോക്ക് സീക്വൻസ് ഉപയോഗിക്കുന്നു
വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം മുതൽ ഡൗൺവെയ്റ്റ് അടുത്ത് ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസുകളും ഉയർന്ന ഭാരവും വിദൂരവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതുമാണ്
ഒന്ന്. അസമമായ ഫൈലോജെനെറ്റിക് വഴി മോഡലുകളെ പക്ഷപാതം കുറയ്ക്കുന്നതിന്റെ ഫലമാണിത്
പ്രാതിനിധ്യം. ഉദാഹരണത്തിന്, സമാനമായ രണ്ട് സീക്വൻസുകൾക്ക് സാധാരണയായി ഓരോന്നിനും പകുതി ലഭിക്കും
ഒരു ശ്രേണിയുടെ ഭാരം (അതുകൊണ്ടാണ് ജാക്ക്ഹമ്മർ എപ്പോഴും ആശങ്കപ്പെടുന്നില്ല
ഓരോ ആവർത്തനത്തിന്റെയും വിന്യാസത്തിൽ നിങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ അന്വേഷണ ക്രമം ഉൾപ്പെടെ, അത് കണ്ടെത്തിയാലും
നിങ്ങൾ തിരയുന്ന ഡാറ്റാബേസിൽ വീണ്ടും). ഏത് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.

--wpb Henikoff പൊസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക [Henikoff, Henikoff,
ജെ. മോൾ. ബയോൾ. 243:574, 1994]. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക [Gerstein et al, J. Mol.
ബയോൾ. 235:1067, 1994].

--wblosum
BLOSUM കണക്കാക്കുന്നതിൽ ഡാറ്റ വെയ്റ്റ് ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിച്ച അതേ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക
സബ്സിറ്റ്യൂഷൻ മെട്രിക്സ് [ഹെനിക്കോഫ് ആൻഡ് ഹെനിക്കോഫ്, പ്രോസി. നാറ്റ്ൽ. അക്കാഡ്. ശാസ്ത്രം 89:10915, 1992].
സീക്വൻസുകൾ ഒരു ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡിൽ ഒറ്റ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62; കാണുക
--വിശാലം) കൂടാതെ സി സീക്വൻസുകളുടെ ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനുള്ളിലും, ഓരോ സീക്വൻസിനും ആപേക്ഷിക ഭാരം ലഭിക്കുന്നു
1/c.

--സ്വന്തം
ആപേക്ഷിക ഭാരം ഇല്ല. എല്ലാ സീക്വൻസുകൾക്കും ഏകീകൃത ഭാരം നിശ്ചയിച്ചിരിക്കുന്നു.

--വിശാലം
ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ സിംഗിൾ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുന്നു --wblosum.
മറ്റേതെങ്കിലും വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീമിനൊപ്പം അസാധുവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62 ആണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഫലപ്രദമാണ് അനുക്രമം NUMBER

ആപേക്ഷിക ഭാരം നിർണ്ണയിച്ച ശേഷം, അവ മൊത്തത്തിലുള്ള ഫലപ്രാപ്തിയിലേക്ക് നോർമലൈസ് ചെയ്യുന്നു
ക്രമസംഖ്യ, eff_nseq. ഈ സംഖ്യയിലെ ക്രമങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ സംഖ്യയായിരിക്കാം
വിന്യാസം, പക്ഷേ അത് മിക്കവാറും എപ്പോഴും അതിനേക്കാൾ ചെറുതാണ്. ഡിഫോൾട്ട് എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ്
രീതി (--eent) വിവര ഉള്ളടക്കം കുറയ്ക്കുന്നതിന് ഫലപ്രദമായ ക്രമസംഖ്യ കുറയ്ക്കുന്നു
(ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി അല്ലെങ്കിൽ യഥാർത്ഥ ഹോമോലോഗുകളിൽ ശരാശരി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്കോർ) സമവായ സ്ഥാനത്തിന്. ദി
ടാർഗെറ്റ് ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി നിയന്ത്രിക്കുന്നത് രണ്ട് പാരാമീറ്റർ ഫംഗ്‌ഷനാണ്, അവിടെ രണ്ടും
പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു --ഇവിടെ ഒപ്പം --എസിഗ്മ.

--eent ഓരോന്നിനും ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി നേടുന്നതിന് ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ ക്രമീകരിക്കുക
സ്ഥാനം (കാണുക --ഇവിടെ). ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--എക്ലസ്റ്റ്
ഏക-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ എണ്ണത്തിലേക്ക് ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ സജ്ജമാക്കുക a
നിർദ്ദിഷ്ട ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ് (കാണുക --ഈദ്). ഈ ഓപ്ഷൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല; അതിനുള്ളതാണ്
പരീക്ഷണങ്ങൾ എത്രത്തോളം മികച്ചതാണെന്ന് വിലയിരുത്തുന്നു --eent ആണ്.

--എന്തോ
ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ നിർണ്ണയം ഓഫാക്കി യഥാർത്ഥ സംഖ്യ ഉപയോഗിക്കുക
ക്രമങ്ങൾ. നിങ്ങൾ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാവുന്ന ഒരു കാരണം ബന്ധുവിനെ പരമാവധിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുക എന്നതാണ്
നിങ്ങളുടെ മോഡലിന്റെ എൻട്രോപ്പി/സ്ഥാനം, ഇത് ഹ്രസ്വ മോഡലുകൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമായേക്കാം.

--സെറ്റ്
എല്ലാ മോഡലുകൾക്കും ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ വ്യക്തമായി സജ്ജമാക്കുക .

--ഇവിടെ
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി/സ്ഥാന ലക്ഷ്യം ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക . ആവശ്യമാണ് --eent. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ക്രമം അക്ഷരമാലയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു; പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്ക്, ഇത് 0.59 ബിറ്റുകൾ/സ്ഥാനമാണ്.

--എസിഗ്മ
ഒരു മുഴുവൻ മോഡൽ വിന്യാസത്തിലൂടെ സംഭാവന ചെയ്ത ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി സജ്ജീകരിക്കുന്നു
അതിന്റെ മുഴുവൻ നീളവും. ഹ്രസ്വ മോഡലുകൾക്ക് ഉയർന്ന ആപേക്ഷികത ഉണ്ടാക്കുന്നതിന്റെ ഫലമാണിത്
ഓരോ സ്ഥാനത്തേക്കാളും എൻട്രോപ്പി --ഇവിടെ ഒറ്റയ്ക്ക് കൊടുക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി 45.0 ബിറ്റുകളാണ്.

--ഈദ്
ഇതുപയോഗിച്ച് സിംഗിൾ ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫ്രാക്ഷണൽ പെയർവൈസ് ഐഡന്റിറ്റി കട്ട്ഓഫ് സജ്ജീകരിക്കുന്നു
The --എക്ലസ്റ്റ് ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62 ആണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു PRIORS

പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മാണത്തിൽ, ഡിഫോൾട്ടായി, വെയ്റ്റഡ് കൗണ്ടുകൾ അർത്ഥമാക്കുന്നത് പിൻഗാമിയായി പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടുന്നു
Dirichlet priors എന്ന മിശ്രിതം ഉപയോഗിച്ച് പ്രോബബിലിറ്റി പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് മിശ്രിതം Dirichlet
പ്രോട്ടീൻ മോഡലുകൾക്കും ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് (ആർഎൻഎ, ഡിഎൻഎ) മോഡലുകൾക്കുമുള്ള മുൻ പാരാമീറ്ററുകൾ നിർമ്മിച്ചിട്ടുണ്ട്
ഇൻ. ഡിഫോൾട്ട് പ്രിയറുകൾ അസാധുവാക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.

--pnone മുൻകരുതലുകളൊന്നും ഉപയോഗിക്കരുത്. പ്രോബബിലിറ്റി പാരാമീറ്ററുകൾ ലളിതമായി നിരീക്ഷിക്കപ്പെടും
ആപേക്ഷിക ക്രമം വെയ്റ്റിംഗിന് ശേഷം ആവൃത്തികൾ.

--സ്ഥലം ഡിഫോൾട്ട് മിശ്രിതമായ Dirichlet prior-ന്റെ സ്ഥാനത്ത് ഒരു Laplace +1 prior ഉപയോഗിക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു E-VALUE കാലിബ്രേഷൻ

MSV ഫിൽട്ടറിനായി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്കോർ വിതരണങ്ങൾക്കായുള്ള ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കുന്നു
സ്‌കോറുകൾ, വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ സ്‌കോറുകൾ, ഫോർവേഡ് സ്‌കോറുകൾ എന്നിവയ്‌ക്ക് മൂന്ന് ഹ്രസ്വ റാൻഡം സീക്വൻസ് ആവശ്യമാണ്
അനുകരണങ്ങൾ.

--എംഎൽ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--എംഎൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvL
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvN
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
Viterbi ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EfL
ടൗ ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 100 ആണ്.

--ഇഎഫ്എൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--ഇഫ്റ്റ്
ലൊക്കേഷൻ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ ചേരുന്നതിന് ടെയിൽ മാസ് ഫ്രാക്ഷൻ സജ്ജീകരിക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് മൂല്യനിർണ്ണയത്തിനുള്ള പരാമീറ്റർ tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.04 ആണ്.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--nonull2
പക്ഷപാതപരമായ രചനയ്ക്കായി null2 സ്കോർ തിരുത്തലുകൾ ഓഫാക്കുക.

-Z നിങ്ങളുടെ തിരയലുകളിലെ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ആകെ എണ്ണം ആണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക , ആവശ്യങ്ങൾക്കായി
ടാർഗെറ്റുകളുടെ യഥാർത്ഥ എണ്ണത്തേക്കാൾ, ഓരോ ശ്രേണിയിലും ഇ-മൂല്യ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ
കണ്ടു.

--domZ
നിങ്ങളുടെ തിരയലുകളിലെ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ആകെ എണ്ണം ആണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക , ആവശ്യങ്ങൾക്കായി
ടാർഗെറ്റുകളുടെ എണ്ണത്തിന് പകരം ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ
അത് റിപ്പോർട്ടിംഗ് പരിധികൾ കടന്നു.

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. എങ്കിൽ >0 ആണ്, ഏതെങ്കിലും
സ്ഥായിയായ അനുകരണങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; അതേ കമാൻഡ് അത് തന്നെ നൽകും
ഫലം. എങ്കിൽ 0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സിമുലേഷനുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
വിത്ത് 42 ആണ്.

--qformat
ഇൻപുട്ട് എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുക query_seqfile ഫോർമാറ്റിലാണ് . സ്വീകരിച്ച സീക്വൻസ് ഫയൽ
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, SELEX എന്നിവ ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയം കണ്ടെത്തുക എന്നതാണ്.

--tformat
ഇൻപുട്ട് എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുക target_seqdb ഫോർമാറ്റിലാണ് . സ്വീകരിച്ച സീക്വൻസ് ഫയൽ
FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm, SELEX എന്നിവ ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയം കണ്ടെത്തുക എന്നതാണ്.

--സിപിയു
സമാന്തര തൊഴിലാളി ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, HMMER ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ അത് കണ്ടെത്തുന്ന സിപിയു കോറുകളുടെ എണ്ണം - അതായത്, അത് പരമാവധിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ ലഭ്യമായ പ്രോസസർ കോറുകളുടെ ഉപയോഗം. ക്രമീകരണം എണ്ണത്തേക്കാൾ ഉയർന്നത്
ലഭ്യമായ കോറുകൾക്ക് എന്തെങ്കിലും മൂല്യമുണ്ടെങ്കിൽ അത് വളരെ കുറവായിരിക്കും, എന്നാൽ നിങ്ങൾക്കത് എന്തെങ്കിലും സജ്ജമാക്കാൻ താൽപ്പര്യമുണ്ടാകാം
കുറവ്. ഒരു പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ സജ്ജീകരിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഈ നമ്പർ നിയന്ത്രിക്കാനും കഴിയും,
HMMER_NCPU.

HMMER POSIX ത്രെഡുകൾ പിന്തുണയോടെ സമാഹരിച്ചതാണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമാകൂ.
ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്, എന്നാൽ നിങ്ങളുടെ സൈറ്റിനായുള്ള കംപൈൽ സമയത്ത് ഇത് ഓഫാക്കിയിരിക്കാം
അല്ലെങ്കിൽ ചില കാരണങ്ങളാൽ യന്ത്രം.

-- സ്റ്റാൾ
MPI മാസ്റ്റർ/വർക്കർ പതിപ്പ് ഡീബഗ്ഗ് ചെയ്യുന്നതിനായി: പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കാൻ ആരംഭിച്ചതിന് ശേഷം താൽക്കാലികമായി നിർത്തുക
റണ്ണിംഗ് മാസ്റ്ററിലേക്കും വർക്കർ(കൾ) പ്രക്രിയകളിലേക്കും ഡീബഗ്ഗറുകൾ അറ്റാച്ചുചെയ്യാൻ ഡവലപ്പർ. അയക്കുക
താൽക്കാലികമായി നിർത്താൻ SIGCONT സിഗ്നൽ. (ജിഡിബിക്ക് കീഴിൽ: (ജിഡിബി) സിഗ്നൽ അടുത്തത്) (മാത്രം
കംപൈൽ സമയത്ത് ഓപ്ഷണൽ MPI പിന്തുണ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്.)

--mpi ഉപയോഗിച്ച്, MPI മാസ്റ്റർ/വർക്കർ മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക എംപിരുൺ. (ഓപ്ഷണൽ MPI ആണെങ്കിൽ മാത്രം ലഭ്യമാണ്
കംപൈൽ സമയത്ത് പിന്തുണ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി.)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് jackhmmer ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക